Analyse der Evolution von bakteriellen metabolischen Netzwerken durch Verbindung von Systembiologie mit vergleichender Genomik

通过系统生物学与比较基因组学的结合分析细菌代谢网络的进化

• 批准号: 15805619
• 负责人: Professor Dr. Martin Lercher
• 金额: --
• 依托单位: Institut für Zellbiologie
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2009-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/15805619?language=en
• 关键词: Analyse; der; Evolution; von; bakteriellen

Die gegenwärtige evolutionäre Dynamik metabolischer Netzwerke ist weitgehend unverstanden. Die wichtigsten genetischen Mechanismen in diesem Prozess sind Genduplikation und horizontale Gentransfers zwischen Bakterienstämmen. Überraschenderweise zeigen unsere Vorarbeiten, dass Genduplikationen nur wenig zur jüngeren Netzwerkevolution in E. coli beigetragen haben. Mit Ansätzen der vergleichenden Genomik werden wir Genduplikationen, horizontale Gentransfers sowie Genverluste innerhalb von 50+ vollständig sequenzierten Bakterienstämmen identifizieren. Mit einem systembiologischen Ansatz werden wir dann die Verteilung von Metabolitenströmen im rekonstruierte Netzwerk von E. coli bestimmen, und damit den Einfluss von Genzugängen und Genverlusten auf das Netzwerk untersuchen. Weiterhin werden wir bestimmen, inwieweit die evolutionären Schicksale von interagierenden Genen verbunden sind, und wie die Genomzusammensetzung die Fähigkeit einer Bakterienart beeinflusst, sich neuen Umgebungen anzupassen. Schließlich werden wir die Transkriptionsregulation von Genen charakterisieren, die erst in jüngerer Zeit in das metabolische Netzwerk integriert wurden.

Die gegenwärtige evolutionäre Dynamik metabolischer Netzwerke ist weitgehend unverstanden.该过程中最重要的遗传机制是遗传复制和水平遗传转移。因此，在E. coli beigetragen haben. Mit Ansätzen der vergleichenden Genomik韦尔登wir Genduplikationen，horizontale Gentransfer sowie Genverluste innerhalb von 50+ vollständig sequenzierten Bakterienstämmen identifizieren.通过系统生物学分析韦尔登，我们可以在E.大肠杆菌感染，并破坏了对神经元和神经元的影响。在韦尔登，我们估计，由于基因组相互作用的进化，基因组对一个Bakterienart的影响是巨大的，这是一个新的Umgebungen anzupassen。Schließlich韦尔登我们对基因特征的转录调控，最初是在代谢网络整合的年轻时代。