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Methods and algorithms for haplotype-based linkage and association analysis of rare genetic variants

基于单倍型的稀有遗传变异连锁和关联分析的方法和算法

基本信息

批准号：
179606676
负责人：
Professor Dr. Konstantin Strauch
金额：
--
依托单位：
Institut für Medizinische Biometrie, Epidemiologie und Informatik (IMBEI)
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2010
资助国家：
德国
起止时间：
2009-12-31 至 2021-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/179606676?language=en
关键词：
Methods algorithms haplotype based linkage

项目摘要

Ziel dieses Projektes ist die Weiterentwicklung und Implementation von Methoden derhaplotypbasierten Kopplungs- und Assoziationsanalyse für die genetische Kartierungkomplexer Krankheiten. Der erste Projektteil befasst sich mit der Entwicklung eineslikelihoodbasierten, MOD-Score-ähnlichen Ansatzes, welcher Haplotypinformationenverwendet, um eine gemeinsame Kopplungs- und Assoziationsanalyse durchzuführen. UnsereGruppe hat die MOD-Score-Analyse bei dichotomen und quantitativen Phänotypenimplementiert. Im Rahmen dieses neuen Projektantrags ist geplant, die MOD-Score- Methodeso zu erweitern, dass der parametrische Likelihoodquotient nicht nur eine Funktion derKrankheitsmodellparameter (Penetranzen und Krankheitsallelfrequenz) ist, sondern zusätzlichin Abhängigkeit der Multilocus-Haplotypfrequenzen für die beobachteten Marker und denunbekannten Krankheitsgenort modelliert wird. Auf diese Weise können Kopplungs- undAssoziationsinformationen einer Stichprobe in einem gemeinsamen Test genutzt werden,wodurch sich die Power erhöht, ein krankheitsverursachendes Gen zu finden. Mitzunehmender Verfügbarkeit von Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien wird dies vorallem bei der genetischen Kartierung seltener Varianten mit mittelgroßem Effekt von Vorteilsein. Der zweite Projektteil hat die Entwicklung von Modellen zum Gegenstand, mit derenHilfe das Risiko für eine bestimmte Krankheit unter Berücksichtigung von Multi-Marker-Haplotypen in mehreren genetischen Regionen ermittelt werden kann. Diese Modelle werdenHaupteffekte und Wechselwirkungen von Haplotypen in verschiedenen Regionen sowieInteraktionen zwischen Haplotypen und Umweltfaktoren beinhalten. Sie erlauben nicht nurdas Testen auf Signifikanz, sondern auch eine Schätzung sowie Prädiktion desKrankheitsrisikos für Träger einer bestimmten Mehr-Region-Haplotypkombination.

Ziel dieses Projektes ist die Weiterentwicklung und Implementation von Methoden derhaplotypbasedierten Kopplungs- und Assoziationsanalysis für die genetische Kartierungkomplexer Krankheiten.第一个项目首先需要一个可能性分析、MOD评分分析、单倍型信息分析以及一个共同的Kopplungs- und Assoziationsanalysis durchzuführen。UnsereGruppe负责MOD分数分析的二分法和量化Phänotypenimplementiert。在此基础上，提出了一种新的项目评分方法，即MOD评分法，其参数似然系数并不仅仅是Krankheitsmodellparameter（Penetranzen und Krankheitsallelfrequenz）的一个函数，而是一种基于多位点单倍型频率（Multilocus-Haplotypfrequenzen）的用于标记物的标记物识别和非标记Krankheitsgenort模型。在此期间，我们将在一个共同的测试中使用一个针探针进行测试，韦尔登的结果将是一个高功率的测试。Hochdurchsatz-Sequenzierungtechnologien的微处理器Verfügbarkeit将在具有Vorteilsein的微处理器效应的遗传Kartierung seltener Varianten中得到验证。第二个项目是建立遗传学模型，并帮助风险评估在大多数遗传学地区进行多标记单倍型的最佳选择。该模型可用于不同地区的单倍型诊断和筛选，并可用于单倍型诊断和环境因素分析。她不需要对Signifikanz进行测试，因此也需要一个用于Trger的最佳区域单倍型组合的Krankheitsrisikos预测。