Parametric and nonparametric linkage analysis with dense marker maps.

使用密集标记图进行参数和非参数连锁分析。

• 批准号: 5310406
• 负责人: Professor Dr. Konstantin Strauch
• 金额: --
• 依托单位: Abteilung Molekulare Humangenetik (aufgelöst)
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Units
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2000-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/5310406?language=en
• 关键词: Parametric; nonparametric; linkage; analysis; dense

Die Genetische Epidemiologie befaßt sich mit der Identifizierung und Charakterisierung von Genen, die ursächlich an der Entstehung von Krankheiten beteiligt sind. Der erste Schritt dazu ist die Genkartierung, die heute meistens genom-weit durchgeführt wird. Eine solche Durchmusterung des Genoms nennt man auch Genom-Scan. Mittels der Kopplungsanalyse wird untersucht, ob bestimmte Markerausprägungen und Krankheitsphänotypen überproportional häufig gemeinsam vererbt werden. Ist dies der Fall, so spricht dies für die Existenz eines krankheitsverursachenden Gens in der chromosomalen Region. Technologischer wie methodischer Fortschritt haben gemeinsam dazu beigetragen, daß die Kartierung genetisch einfacher, also dominanter oder rezessiver Erbkrankheiten kein prinzipielles Problem mehr darstellt. Neben der Entdeckung hochpolymorpher Markersysteme war dabei die Implementation moderner Algorithmen und biometrisch-genetischer Verfahren in Computerprogramme von wesentlicher Bedeutung. Deutlich schwieriger ist die Genkartierung bei solchen Phänotypen, die keinem einfachen Mendelschen Erbgang unterliegen, sondern bei denen die Ausprägung von Umweltfaktoren oder zusätzlichen genetischen Faktoren abhängt. In solchen Fällen können Personen betroffen sein, ohne die betreffende Mutation zu haben (sporadische Fälle oder Phänokopien), oder umgekehrt gesund sein, obwohl sie die Mutation tragen (unvollständige Penetranz). Eine Besonderheit stellt das genomische Imprinting dar, das auch als parent-of-origin-Effekt bezeichnet wird. An Genorten, die dem Imprinting unterliegen, wird entweder das vom Vater oder das von der Mutter geerbte Allel ganz oder teilweise deaktiviert. Wenn dieses ein krankheitsverursachendes Allel ist, so kommt es nicht zur Krankheitsausprägung.In diesem methodischen Projekt geht es darum, mathematisch-statistische Methoden der Kopplungsanalyse für genetisch-komplexe Krankheiten weiterzuentwickeln, methodische Entwicklungen in Software zu implementieren und schließlich diese Hilfsmittel bei der Kartierung bestimmter Krankheiten anzuwenden. Geplant sind nichtparametrische Methoden (´allele-sharing´-Verfahren) für viele genetische Marker und komplexe Stammbäume, die das genomische Imprinting berücksichtigen. Darüberhinaus soll ein Hilfsmittel für die sogenannte exploratorische Kopplungsanalyse entwickelt werden, welches automatisch modell-basierte LOD-Scores über die Parameter des Krankheitsmodells maximiert. Ein anderer wichtiger Punkt ist die Möglichkeit, geschlechtsspezifische Markerabstände in Kopplungsanalyse-Programmen zu verwenden. Diese Erweiterungen haben das Ziel, genetisch bedingte Krankheiten adäquat zu modellieren und damit die Trennschärfe der Kopplungsanalyse zu erhöhen. Die Implementation, algorithmische Verfeinerung und Anwendung der neuen Entwicklungen bietet klinisch-genetischen Projekten, sowohl im Rahmen dieser Forschergruppe als auch in anderen Gruppen, eine fundierte methodische Unterstützung für den Bereich der Kopplungsanalyse und kommt ihnen damit direkt zugute.

遗传流行病学是根据基因的识别和特征来确定的，并且是由 Krankheiten 确定的。 Derste Schritt dazu ist die Genkartierung, die heute meistens genom-weit durchgeführt wrd。 Eine solche Durchmusterung des Genoms nennt man auch Genom-Scan。 Mittels der Kopplungs 分析了这种情况，以最佳的标记和 Krankheitsphänotypen 超比例的整体效果。它死在秋天，所以灵魂死在染色体区域的存在上。 Technologischer wie methodischer Fortschritt haben gemeinsam dazu beigetragen, daß die Kartierung Genetisch einfacher, alsodominer oder rezessiver Erbkrankheiten kein prinzipielles Problem mehr darstellt.在计算机程序中实现现代算法和生物统计学遗传验证。 Deutlich schwieriger ist die Genkartierung bei solchen Phänotypen, die keinem einfachen Mendelschen Erbgang unterliegen, sondern bei denen die Ausprägung von Umweltfaktoren oder zusätzlichen Genetischen Faktoren abhängt. 在 solchen Fällen können 人betroffen sein，ohne die betreffende Mutation zu haben (sporadische Fälle oder Phänokopien)，或 umgekehrt gesund sein，obwohl sie die Mutation tragen (unvollständige Penetranz)。 Eine Besonderheit stellt das genomische Imprinting dar, das auch als-parent-of-origin-Effekt bezeichnet wird. 一个 Genorten，die dem Imprinting unterliegen，wird entweder das vom Vater oder das von der Mutter geerbte Allel ganz oder teilweise deaktiviert。 Wenn dieses ein krankheitsverursachendes Allel ist, so kommt es nicht zur Krankheitsausprägung.In diesem methodischen Projekt geht es darum, mathematisch-statistische Methoden der Kopplungsanalysis für Genetisch-komplexe Krankheiten weiterzuentwickeln, methodische 软件的实施和设计中的关键问题是最好的 Krankheiten 和解决方案。 Geplant sind nichtparametrische Methoden（“等位基因共享”-Verfahren）用于不同的基因标记和复杂的Stammbäume，die das genomische Imprinting berücksichtigen。 Darüberhinaus soll ein Hilfsmittel for die sogenannte Kopplungs analysis entwickelt werden, welches automatisch modell-basierte LOD-Scores über die Parameter des Krankheitsmodells maximiert. Ein anderer wichtiger Punkt ist die Möglichkeit, geschlechtspezifische Markerabstände in Kopplungsanalysis-Programmen zu verwenden. 该模型是基于模型的起源，并且是基于 Kopplungsanalysis 的 Trennschärfe。实施、算法验证和新研究的实施、临床基因工程、Rahmen dieser Forschergruppe als auch in anderen Gruppen、eine Fundierte methodische Unterstützung für den Bereich der Kopplungsanalysis 和 kommt ihnen damit direkt zugute。