权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

Unbiased search for structure/function correlates in K+ channels - Exploiting viral molecular evolution to study ion channel functionality

无偏见地搜索 K 通道中的结构/功能相关性 - 利用病毒分子进化来研究离子通道功能

基本信息

批准号：
212097693
负责人：
Professor Dr. Kay Hamacher
金额：
--
依托单位：
Arbeitsgruppe Plant Membrane Biophysics
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2012
资助国家：
德国
起止时间：
2011-12-31 至 2016-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/212097693?language=en
关键词：
Unbiased search structure function correlates

项目摘要

The function of a K+-channel is mainly determined by its structure. The relevant complex and synergistic structure/function correlates, which operate in the folded protein, are commonly studied by comparing the function of structurally diverse orthologs. Here we propose a new approach, which should provide an unpreceeded high variability of K+-channel orthologs. The strategy is based on isolation and functional characterization of viral K+-channels from environmental samples, where Chlorella viruses are abundant. Nearly all these viruses contain a gene for a very small K+-channel under high selective pressure, as these channels are essential for host infection. In this project we will a) isolate viral DNA from diverse environmental samples, b) amplify contained viral K+-channel genes by specific viral K+-channel primers; c) build a rich sequence library of K+-channel orthologs; d) annotated these functionally by yeast complementation; e) determine in silico the (co)evolutionary signatures in the sequences and thus boundaries of evolutionary dynamics; f) build a library of necessary molecular dynamical details beyond simple structural insight, which are necessary for functional K+-channels; and g) gain insight into the evolutionary origins of viral proteins.

钾离子通道的功能主要由其结构决定。相关的复杂性和协同作用的结构/功能的相关性，在折叠的蛋白质，通常通过比较结构不同的直系同源物的功能进行研究。在这里，我们提出了一种新的方法，它应该提供一个前所未有的高变异性的K+通道直系同源。该策略基于从小球藻病毒丰富的环境样本中分离病毒K+通道并对其进行功能表征。几乎所有这些病毒都含有在高选择压力下的非常小的K+通道的基因，因为这些通道对于宿主感染是必需的。本项目将a）从不同的环境样品中分离病毒DNA，B）通过特异性的病毒K+通道引物扩增所含的病毒K+通道基因，c）构建丰富的K+通道同源序列库，d）通过酵母互补法对这些同源序列进行功能注释，e）通过计算机模拟确定序列中的（共）进化特征，从而确定进化动力学的边界; f）建立一个必要的分子动力学细节库，而不仅仅是简单的结构洞察力，这是功能性K+通道所必需的;和g）深入了解病毒蛋白质的进化起源。

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Viruses infecting marine picoplancton encode functional potassium ion channels.

DOI：
10.1016/j.virol.2014.05.002
发表时间：
2014-10
期刊：
Virology
影响因子：
3.7
作者：
F. Siotto;C. Martin;O. Rauh;J. V. Van Etten;I. Schroeder;A. Moroni;G. Thiel
通讯作者：
F. Siotto;C. Martin;O. Rauh;J. V. Van Etten;I. Schroeder;A. Moroni;G. Thiel

Cotranslational Intersection between the SRP and GET Targeting Pathways to the Endoplasmic Reticulum of Saccharomyces cerevisiae

SRP 和 GET 靶向酿酒酵母内质网途径之间的共翻译交叉