Verbesserung des eukaryotischen Genvorhersageprogramms AUGUSTUS

真核基因预测程序AUGUSTUS的改进

• 批准号: 21317247
• 负责人: Professor Dr. Mario Stanke
• 金额: --
• 依托单位: Lehrstuhl für Bioinformatik
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Fellowships
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2004-12-31 至 2005-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/21317247?language=en
• 关键词: Verbesserung; des; eukaryotischen; Genvorhersageprogramms; AUGUSTUS

Das Programm AUGUSTUS, das proteinkodierende Gene in DNA-Sequenzen von Eukaryoten - höhere Lebewesen wie Tiere und Pflanzen - findet, soll weiter verbessert werden. Der Umfang der Vorhersage soll vergrößert und die Zuverlässigkeit der Vorhersage erhöht werden.Es sollen nicht nur wie bisher die proteinkodierenden Bereiche eines Gens vorhergesagt werden, sondern zusätzlich noch die nicht-kodierenden transkribierten Bereiche (5 -UTR und 3 -UTR). Hierfür muss das zugrundeliegende Modell um Exons und Introns in den nicht-kodierenden Bereichen erweitert werden. Die Vorhersagen von externen Programmen, die Promotorregionen suchen, sollen dann über eine bereits vorhandene Schnittstelle bei der Genvorhersage mitberücksichtigt werden. Diese Erweiterung soll die Nützlichkeit und Zuverlässigkeit der Vorhersagen erhöhen.Alignments des Zielgenoms mit genomischen Sequenzen von anderen Spezies sollen verwendet werden um die Vorhersagegenauigkeit möglichst stark zu verbessern. Der für die vergleichende Genvorhersage relevante Informationsgehalt eines Multi- Spezies-Alignments muss zunächst untersucht werden. Dann muss möglichst viel vom Informationsgehalt eines solchen Alignments als externe Hinweise auf die Genstruktur formuliert werden. Diese Hinweise werden in das vorhandene probabilistische Modell integriert werden um so zu einer Genvorhersage zu kommen, die gemeinsam sequenz-intrinsische Indizien und extrinsische Hinweise aus Genomvergleichen abwägt.

Das Programm AUGUSTUS, Das protein - kodierende Gene in DNA-Sequenzen von Eukaryoten - höhere Lebewesen wie Tiere and Pflanzen - findet, soll weiter verbessert werden。Der Umfang Der Vorhersage soll vergrößert and die Zuverlässigkeit Der Vorhersage erhöht werden。Es sollen night nurwie bisher die proteinkodierenden Bereiche eines Gens vorhergesagt werden, sondern zusätzlich noch die night -kodierenden transkribierten Bereiche （5 -UTR和3 -UTR）。研究对象为外显子和内含子。外部计划的发展，区域计划的发展，区域计划的发展，区域计划的发展，区域计划的发展，区域计划的发展。Diese Erweiterung soll die n<s:1> tzlichkeit und Zuverlässigkeit der Vorhersagen erhöhen。基因序列学研究：基因组序列学研究：基因序列学研究：基因序列学研究：基因序列学研究：基因序列学研究möglichst[4][1][1][1][1][1][1][1][1][1][1]。Dann muss möglichst vieel vom informationsgehaine solchen Alignments也外部的Hinweise audie Genstruktur公式。中国遗传基因遗传概率模型，中国遗传基因遗传概率模型，中国遗传基因遗传概率模型，中国遗传基因遗传概率模型，中国遗传基因遗传概率模型，中国遗传基因遗传概率模型。