遺伝子解析から考察するジュゴンの歴史的変遷

本研究では沖縄県の各遺跡から出土する古代骨試料ならびに、県下の博物館・資料館に保管されている近現代の骨標本から遺伝情報を獲得して現生ジュゴンの全ゲノム配列をリファレンスデータとして活用し、本種の遺伝的変遷の解析を進めることを目的としている。昨年度はこれまでに入手し抽出済みであった遺跡ジュゴンの全DNAとともに、新規のジュゴン遺跡骨を入手し、実験に加える予定であったが、続くコロナ禍の影響から現地にサンプリング出向くことが叶わず、手持ちのDNA試料を対象に研究を進めた。これまでの実験から、ショットガン・シークエンスでは対象とするミトコンドリアDNA由来の配列は得られるものの、先の分析を進めるほどの情報量が得られないことが判明していたため、Maricic et al.（2010）の手法等に従い、調整後のDNAライブラリの濃縮を２度行いNGS分析を行ったが、ライブラリの再度の濃縮でも回収されたDNA量は極めて少なかったことにより、詳細な分析まで行えていない。DNAライブラリの濃縮には、上述の自作のベイト（DNAライブラリを回収・濃縮するプローブ）を使用する以外に、すでに発表された動物種のDNA情報をベイトに使用するキットがarbor bioscienes社で開発されているため、選択できる動物種の中ではジュゴンと近縁であるアフリカゾウのベイトを使用し、現在、対象DNAの濃縮と分析を進めている。また、リファレンスデータに用いるジュゴン全ゲノム決定に関しては、2022年度の文科省科研費助成事業・先進ゲノム支援へ新規ゲノムの配列の決定、解析結果のアセンブルに関する情報解析の申請を行なったが当該年度も不採択であったため、現在、北海道システム・サイエンス社等に受託解析の依頼のため、ライブラリ試料の作成を進めており、本年度内での研究の推進を図る。

本研究では沖縄県の各遺跡から出土する古代骨試料ならびに、県下の博物館・資料館に保管されている近現代の骨標本から遺伝情報を獲得して現生ジュゴンの全ゲノム配列をリファレンスデータとして活用し、本種の遺伝的変遷の解析を進めることを目的としている。昨年度はこれまでに入手し抽出済みであった遺跡ジュゴンの全DNAとともに、新規のジュゴン遺跡骨を入手し、実験に加える予定であったが、続くコロナ禍の影響から現地にサンプリング出向くことが叶わず、手持ちのDNA試料を対象に研究を進めた。これまでの実験から、ショットガン・シークエンスでは対象とするミトコンドリアDNA由来の配列は得られるものの、先の分析を進めるほどの情報量が得られないことが判明していたため、Maricic et al.（2010）の手法等に従い、調整後のDNAライブラリの濃縮を２度行いNGS分析を行ったが、ライブラリの再度の濃縮でも回収されたDNA量は極めて少なかったことにより、詳細な分析まで行えていない。DNAライブラリの濃縮には、上述の自作のベイト（DNAライブラリを回収・濃縮するプローブ）を使用する以外に、すでに発表された動物種のDNA情報をベイトに使用するキットがarbor bioscienes社で開発されているため、選択できる動物種の中ではジュゴンと近縁であるアフリカゾウのベイトを使用し、現在、対象DNAの濃縮と分析を進めている。また、リファレンスデータに用いるジュゴン全ゲノム決定に関しては、2022年度の文科省科研費助成事業・先進ゲノム支援へ新規ゲノムの配列の決定、解析結果のアセンブルに関する情報解析の申請を行なったが当該年度も不採択であったため、現在、北海道システム・サイエンス社等に受託解析の依頼のため、ライブラリ試料の作成を進めており、本年度内での研究の推進を図る。