Development of a simplified method for species identification of Acropora corals by genomic hybridization

通过基因组杂交开发鹿角珊瑚物种鉴定的简化方法

• 批准号: 21K05734
• 负责人: 田口 尚弘
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kochi Gakuen University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05734/
• 关键词: FISH; CGH; 蛍光ハイブリダイゼーション; 造礁性サンゴ; 比較ゲノムハイブリダイゼーション; 蛍光in situハイブリダイゼーション

本年度は，2種のゲノムDNAを異なる蛍光色素で標識したゲノムDNAプローブを等量混合し，染色体標本へ競合的に反応させるCGH (Comparative Genomic Hybridization) 法により，属内の類似性の高いミドリイシ属サンゴのゲノムDNAの種間差の相違が検出できるか検証した。クシハダミドリイシ（クシハダ）を染色体標本に使用し，クシハダとの相違を検出する種として，エンタクミドリイシ（エンタク）を比較種として使用した．精子から調製したゲノムDNAプローブについて，クシハダは赤色，スギノキとエンタクは緑色の蛍光色素で標識し，CGH法を用いた染色体観察を行った。2種のゲノムDNA上に存在する繰り返し配列の共通性が高いことを示す黄色の強いシグナルが，全ての染色体の動原体で観察された．クシハダ特有の繰り返し配列の存在を意味する赤色だけの強いシグナルは観察されなかったが，約20％の細胞において，1本の染色体上のみで緑色の強いシグナルが観察された．その位置には弱いながら，赤色のシグナルも観察された．エンタク標本でも，クシハダ標本と同様なシグナルが観察された．2種間の繰り返し配列の共通性が高いことを示す黄色の強いシグナルについては，クシハダとエンタクの間で，動原体に存在する繰り返し配列に違いはないと考えられた．クシハダDNAプローブの赤色のシグナルに対して，エンタクの緑色のシグナルが強く観察された理由については，染色体上のその位置に存在する繰り返し配列のコピー数が多いためと予想された．また，1本の染色体でのみ観察された理由については，相同染色体の間で，繰り返し配列のコピー数の差によるものと推測された．

This year, two kinds of DNA pigments are mixed in the same amount as in the same amount of light pigment labels. the anti-CGH (Comparative Genomic Hybridization) method for the combination of chromosome tags belongs to the internal similarity test, which is related to the difference between the two DNA labels. The chromosome tag of the traditional Chinese medicine (DNA) is used in this paper, and the color of the chromosome is different from each other, and the color of the chromosome is different from that of other drugs. The spermatozoa are sensitive to the color of the chromosome, the color is red and the color is red. The CGH method was used to examine the chromosome of the mouse. On the DNA, there is an array of common colors, which indicates that the color yellow is strong, and that the whole chromosome is unique. It means that the red color is strong, and the cell size is about 20%. 1 on the chromosome, the color is strong, the color is strong, the color is weak, the red is weak, the flag is red, and the label is the same as the other. 2, the common label is returned to each other, the common label is yellow, the color is yellow, the flag is yellow, and the flag is yellow. There is a reason for the presence of the pathogen, the location of the chromosome, the number of clones on the chromosome, the number of clones, the number of clones on the chromosome, the location of the clones on the chromosome. A copy of this book of chromosomes shows that the reason is the same chromosome, the same chromosome.

项目成果

Possible interspecies differences of repetitive sequences number in specific regions of the Acropora genome

鹿角珊瑚基因组特定区域中重复序列数可能存在种间差异

• 发表时间: 2023
• 作者: Rei Kawakami;Takahiro Taguchi;Takuma Mezaki，Joshua Vacarizas and Satoshi Kubota
• 通讯作者: Takuma Mezaki，Joshua Vacarizas and Satoshi Kubota

CGH法を用いた染色体観察によるゲノムDNA間の相違の検出

使用 CGH 方法通过染色体观察检测基因组 DNA 之间的差异

• 发表时间: 2022
• 作者: Suzuki Nobuo;Honda Masato;Sekiguchi Toshio;Toriba Akira;Tang Ning;Edward Nagato Go;Zhang Lulu;Hayakawa Kazuichi;et all.;川上 玲，田口 尚弘，目﨑 拓真，Joshua Vacarizas，久保田 賢
• 通讯作者: 川上 玲，田口 尚弘，目﨑 拓真，Joshua Vacarizas，久保田 賢

アマクサオオトゲキクメイシの染色体マッピング

西天草染色体作图

• 发表时间: 2022
• 作者: Sawayama Eitaro;Handa Yoshihiro;Nakano Koichiro;Noguchi Daiki;Takagi Motohiro;Akiba Yosuke;Sanada Shuwa;Yoshizaki Goro;Usui Hayato;Kawamoto Kenta;Suzuki Miwa;Asahina Kiyoshi;田口尚弘，伊藤真澄，川上玲，Joshua VACARIZAS，目崎拓真，久保田賢
• 通讯作者: 田口尚弘，伊藤真澄，川上玲，Joshua VACARIZAS，目崎拓真，久保田賢