大規模並列レポーターアッセイ法による転移因子進化メカニズムの解明

使用大规模并行报告基因检测阐明转座元件进化机制

• 批准号: 21K06119
• 负责人: 井上 詞貴
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06119/
• 关键词: エンハンサー; 転移因子; MPRA; ゲノム進化; エピゲノム; iPS細胞; 神経前駆細胞

本研究では、転移因子機能の進化を明らかとするため、大規模並列レポーターアッセイ法（lentiMPRA）を用い、iPS細胞、神経前駆細胞における転移因子のエンハンサー活性を大規模並列的に解析する。先行研究で行ったエピゲノム解析から、MER11、MER34、MER52が iPS細胞および神経前駆細胞においてエンハンサー活性を持つと予想されたため、これらの転移因子ファミリーのバリアント合計約17,000配列を含むMPRAライブラリを作製した。これをヒトiPS細胞および神経前駆細胞へ導入し、細胞から回収したDNAおよびRNAバーコードについてNextSeqによるシークエンシングを行った。バイオインフォマティクス解析パイプライン（MPRAflowおよびMPRAnalyze）を用い、DNAおよびRNAバーコードを定量した。3実験群で高度に再現性があること、ポジティブコントロール配列、ネガティブコントロール配列が予想通りの挙動であること、既知のエピジェネティック修飾と相関があることを確認した。MER11の多くがiPS細胞において特異的に高いエンハンサー活性を持つことを見出した。従って、MER11サブファミリーの詳細な系統樹を作成し、その分岐とエンハンサー活性の獲得・消失の関連を解析した。

In this study, the transfer factor machine can be used to improve the accuracy, large scale and listing of the lentiMPRA method, the iPS cell, the pre-cell cycle, the transfer factor, and the analytical model. In this paper, we first study the cell analysis, MER11, MER34, MER52

项目成果

京都大学ASHBi 井上研究室（Bourqueグループ）

京都大学 ASHBi 井上实验室（Bourque Group）

マギル大学(カナダ)

麦吉尔大学（加拿大）

High-throughput characterization of the role of non-B DNA motifs on promoter function

• DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100111
• 发表时间: 2022-04-13
• 期刊: CELL GENOMICS
• 作者: Georgakopoulos-Soares, Ilias;Victorino, Jesus;Ahituv, Nadav
• 通讯作者: Ahituv, Nadav

転移因子エンハンサーバリアントの大規模機能解析

转座元件增强子变体的大规模功能分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 八木 宏昌;葛西 卓磨;Elisa Rioual;池谷 鉄兵;木川 隆則;井上詞貴
• 通讯作者: 井上詞貴

大規模並列レポーターアッセイによるノンコーディングゲノム解読

使用大规模并行报告基因检测进行非编码基因组解码

• 发表时间: 2022
• 作者: 八木 宏昌;葛西 卓磨;Elisa Rioual;池谷 鉄兵;木川 隆則;井上詞貴;奥村久士;井上詞貴
• 通讯作者: 井上詞貴