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大規模並列レポーターアッセイ法による転移因子進化メカニズムの解明

使用大规模并行报告基因检测阐明转座元件进化机制

基本信息

批准号：
21K06119
负责人：
井上詞貴
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06119/
关键词：
エンハンサー転移因子 MPRA ゲノム進化エピゲノム iPS細胞神経前駆細胞

项目摘要

本研究では、転移因子機能の進化を明らかとするため、大規模並列レポーターアッセイ法（lentiMPRA）を用い、iPS細胞、神経前駆細胞における転移因子のエンハンサー活性を大規模並列的に解析する。先行研究で行ったエピゲノム解析から、MER11、MER34、MER52が iPS細胞および神経前駆細胞においてエンハンサー活性を持つと予想されたため、これらの転移因子ファミリーのバリアント合計約17,000配列を含むMPRAライブラリを作製した。これをヒトiPS細胞および神経前駆細胞へ導入し、細胞から回収したDNAおよびRNAバーコードについてNextSeqによるシークエンシングを行った。バイオインフォマティクス解析パイプライン（MPRAflowおよびMPRAnalyze）を用い、DNAおよびRNAバーコードを定量した。3実験群で高度に再現性があること、ポジティブコントロール配列、ネガティブコントロール配列が予想通りの挙動であること、既知のエピジェネティック修飾と相関があることを確認した。MER11の多くがiPS細胞において特異的に高いエンハンサー活性を持つことを見出した。従って、MER11サブファミリーの詳細な系統樹を作成し、その分岐とエンハンサー活性の獲得・消失の関連を解析した。

This study is based on the evolution of the function of shifting factors and the large-scale parallel processing method (lentiMP). Large-scale parallel analysis of the activity of RA), iPS cells, and the activity of translocation factors in pre-existing cells. Advance research and analysis of MER11, MER34 and MER52 iPS cells are active and active A total of about 17,000 of the moving elements of Fantasia are produced by MPRA Radio.これをヒトiPS cells および神経前槆Cell introductionし、Cell recoveryしたDNAおよびRNAバーコードについてNextSeqによるシークエンシングを行った. MPRAflow M PRAnalyze) is used for quantification of DNA and RNA. 3実験集团highly reproducible があること, ポジティブコントロール arrangement, ネガティブコントロール arrangement List of がyu figured out であること, known のエピジェネティック modified and related があることをconfirmed した. MER11's multi-functional iPS cells have a specific high activity level and a high activity level.従って, MER11 サブファミリーのDetailed phylogenetic tree を Creation し, その Branching とエンハンサーActivity のAcquisition and disappearance of correlation を Analysis した.