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eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の探索

使用 eCLIP 数据搜索功能性 RNA 重复序列

基本信息

批准号：
21K06133
负责人：
小野口真広
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重要であることを示唆している。しかしながら反復配列の解析の困難さなどのため、どのような反復配列にどのような機能があるのか、その全容は十分にわかっていない。そこで本研究では、公共のデータベース(ENCODE, eCLIP)を用いてRNA反復配列に対するRBP結合配列を推定し、実験的な検証を加えることで、RNA反復配列の中から機能性RNA配列を探索することを目的とした。当該年度では、ENCODEのeCLIPデータベースについて独自のパイプラインを用いて解析を行い、反復配列内に存在する機能性RNA配列候補を網羅的に探索した。その結果、多数の機能性RNA配列候補を得ることに成功した。例えば、ヒトにおけるメジャーなトランスポゾンであるLINE1ファミリーの配列内に、ヘテロクロマチン形成に関与するRBP(SAFB)を含む複数のRBPが結合することが示唆された。この配列は2つのRNAヘアピン構造からなり、この配列を遺伝子内にもつ遺伝子の発現は、全ての遺伝子の発現量と比べて有意に抑制されていることが示唆された。これらの結果は遺伝子内に存在するLINE1配列の特定の断片が、内在の遺伝子発現の制御に関与している可能性を示している。本研究はRNA反復配列の新たな役割の解明の手がかりとなり、RNA配列中に存在する新たな「機能ドメイン」の発見に貢献することが期待される。

In recent years, it has been reported that long non-coding RNA (long noncoding RNA; lncRNA) and RNA binding protein (RNA binding protein) have been repeatedly arranged. RBP) binding target array and RNA binding The function of lncRNA is very important and the results are clear.これらのreportは、ゲノ中に日する Repeated arrangement of が"RNA function ドメイン" and としてimportant であることをshows している.しかしながらIt is difficult to analyze the repeated arrangement of さなどのため、どのような Repeated arrangement The performance of the column is high, and the full capacity is high.そこで本研究では、public のデータベース(ENCODE, eCLIP) is used to predict and prove the combination of RBP and RBP by repeated alignment of RNA. Adding えることで、RNA repeated arrangement の中からfunctional RNA arrangement をexploration することをpurpose とした. In that year, ENCODE's eCLIP データベースについて alone will be released Analyze the rows and explore the existence of functional RNA alignment candidates by repeating the alignment. As a result, most of the candidates for functional RNA alignment were successful. Examples: えば, ヒトにおけるメジャーなトランスポゾンであるLINE1ファミリーの配线内に, ヘテロThe combination of クロマチンに关 and するRBP (SAFB) をincluding むplural のRBP がすることが说円された.この配arrayは2つのRNAヘアピンSTRUCTUREからなり、この配arrayを伝子内にもつ伝子の発 appear は、全ての缝子の発现quantity と比べてIntentional restraint されていることがshows instigation された.これらの Result は伝子内にEXISTENCE するLINE1 arrangement のspecific fragment が, 内の缝子発 appear のcontrol に关 and しているpossibility を Show している. This study is about RNA repeated alignment, RNA alignment, and RNA alignment. There is a new one in "Functional Function" and a contribution is expected.