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eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の探索

使用 eCLIP 数据搜索功能性 RNA 重复序列

基本信息

批准号：
21K06133
负责人：
小野口真広
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

近年の報告により、遺伝子のイントロンや長鎖非翻訳RNA (long noncoding RNA; lncRNA)に含まれる反復配列がRNA結合タンパク質(RNA binding protein; RBP)の結合標的配列となることで、RNAのスプライシング制御やlncRNAの機能に重要な役割を果たすことが明らかにされつつある。これらの報告は、ゲノム中に散在する反復配列が「RNA機能ドメイン」として重要であることを示唆している。しかしながら反復配列の解析の困難さなどのため、どのような反復配列にどのような機能があるのか、その全容は十分にわかっていない。そこで本研究では、公共のデータベース(ENCODE, eCLIP)を用いてRNA反復配列に対するRBP結合配列を推定し、実験的な検証を加えることで、RNA反復配列の中から機能性RNA配列を探索することを目的とした。当該年度では、ENCODEのeCLIPデータベースについて独自のパイプラインを用いて解析を行い、反復配列内に存在する機能性RNA配列候補を網羅的に探索した。その結果、多数の機能性RNA配列候補を得ることに成功した。例えば、ヒトにおけるメジャーなトランスポゾンであるLINE1ファミリーの配列内に、ヘテロクロマチン形成に関与するRBP(SAFB)を含む複数のRBPが結合することが示唆された。この配列は2つのRNAヘアピン構造からなり、この配列を遺伝子内にもつ遺伝子の発現は、全ての遺伝子の発現量と比べて有意に抑制されていることが示唆された。これらの結果は遺伝子内に存在するLINE1配列の特定の断片が、内在の遺伝子発現の制御に関与している可能性を示している。本研究はRNA反復配列の新たな役割の解明の手がかりとなり、RNA配列中に存在する新たな「機能ドメイン」の発見に貢献することが期待される。

In recent years, there have been reports of repeated alignment of RNA binding protein (RBP) binding targets in long noncoding RNA (lncRNA) and RNA binding protein (lncRNA). This report is based on repeated assignments of RNA function and importance. The difficulty of analyzing the repeated arrangement is that the repeated arrangement is difficult to perform, and the function is difficult to perform. The purpose of this study is to explore the role of RNA repeat alignment in RBP binding and alignment. In the current year, ENCODE's eCLIP database will be used to analyze and re-align functional RNA alignment candidates. Most functional RNA alignment candidates were successful. For example, RBP (SAFB) is a combination of RBP(SAFB) and RBP(SAFB). The sequence of RNA molecules is composed of two parts: the structure of RNA molecules, the sequence of RNA molecules, the occurrence of RNA molecules, the occurrence of RNA molecules, and the intentional suppression of RNA molecules. The results show the possibility of specific fragments in the line1 configuration, the control of the occurrence of the intrinsic gene, and the possibility of the occurrence of the intrinsic gene. This study is expected to contribute to the discovery of novel RNA sequences and novel functional RNA sequences.