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Development of muliplex, large-scale, and high-resolution genome editing technology using multi-class CRISPR system

利用多类CRISPR系统开发多重、大规模、高分辨率基因组编辑技术

基本信息

批准号：
21K06137
负责人：
佐久間哲史
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06137/
关键词：
ゲノム編集 CRISPR-Cas 遺伝子ノックイン

项目摘要

2022年度は、前年度に引き続き、マルチクラスCRISPRに用いるための各クラス・タイプのCRISPRシステムにおける技術基盤の更なる改良を進めた。クラス1システムにおいては、CRISPR-Cas3を用いた遺伝子ノックインの最適化を実施した。まず、ドナーベクターの構造として、ホモロジー配列の両外側にCRISPR-Cas3の標的配列を配し、挿入する遺伝子カセットがプラスミドベクターから切り出されるように設計することで、ノックインの効率が高まることを示した。また、Cas3とCascadeが単一のベクターから発現するように改良を加えたall-in-oneベクターの機能性を実証した。更に、様々なホモロジーアーム長でのノックインの検証を実施することで、効率的なノックインに必要となるホモロジー配列長を同定することに成功した。興味深いことに、必要なホモロジー配列長には、ゲノム上の標的配列のPAM側と逆側で差異が存在した。クラス2システムにおいては、過去に当グループが開発したゲノム編集の効率化技術であるLoADシステムを拡張し、従来使用していたMS2以外のRNAアプタマーおよびMS2コートタンパク質以外のRNA結合タンパク質のラインナップを整備した。これらを取り入れた拡張型LoADシステムの効果を検証したところ、使用するRNAアプタマーやRNA結合タンパク質によって編集結果に違いが生じることが明らかとなった。更に、先行研究においてゲノム編集パターンを変化させることが知られているT5exo-Cas9と拡張型LoAD法を組み合わせた検証を実施した結果、編集パターンの更なる変化が生じることも示された。

In 2022, the technical base of CRISPR was improved from the previous year. CRISPR-Cas3 is used in the optimization of information. The structure of CRISPR-Cas3 on the outside of CRISPR-C-Cas 3 on the outside of CRISPRISPR-C-C3 on the outside of CRISPR-C-Cas 3 on the outside of CRISPRISPR-C-C3 on the outside of CRISPRISPR- Cas3: Cascades are designed to enhance all-in-one functionality. In addition, the length of the array is determined by the length of the array. There is a difference between PAM side and reverse side in the arrangement of objects. In the past, when the system was developed, the efficiency technology of the system was developed, and the system was developed to use RNA profiles other than MS2 and RNA binding profiles other than MS2. The results of this study were analyzed using RNA binding assay and RNA binding assay. In addition, the first study is to compile the data from the database, and the second study is to compile the data from the database.

项目成果

期刊论文数量（24）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

培養細胞を用いたゲノム編集研究の最前線

使用培养细胞进行基因组编辑研究的前沿

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
井川武;鈴木誠;髙柳春希;荻野肇;佐久間哲史
通讯作者：
佐久間哲史

Cas9とTALEの協働によるC→TおよびA→Gの特異的で高効率な塩基編集

Cas9与TALE合作，对C→T和A→G进行特异性高效的碱基编辑

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
佐久間哲史;西堀奈穂子;吉間忠彦;山本卓
通讯作者：
山本卓

Highly specific and efficient C-to-T and A-to-G base editing by Cas9 and TALE cooperation

Cas9与TALE合作进行高度特异高效的C-to-T和A-toG碱基编辑

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tetsushi Sakuma;Nahoko Nishibori;Tadahiko Yoshima;Takashi Yamamoto
通讯作者：
Takashi Yamamoto

Transcription activator-like effector nuclease-mediated deletion safely eliminates the major egg allergen ovomucoid in chickens

转录激活剂样效应物核酸酶介导的删除安全地消除了鸡中主要的鸡蛋过敏原卵类粘蛋白

DOI：
10.1016/j.fct.2023.113703
发表时间：
2023
期刊：
Food and Chemical Toxicology
影响因子：
4.3
作者：
Ezaki Ryo;Sakuma Tetsushi;Kodama Daisuke;Sasahara Ryou;Shiraogawa Taichi;Ichikawa Kennosuke;Matsuzaki Mei;Handa Akihiro;Yamamoto Takashi;Horiuchi Hiroyuki
通讯作者：
Horiuchi Hiroyuki

Highly specific and efficient C-to-T and A-to-G base editing with TALE-deaminases assisted by Type I or Type II CRISPR systems

在 I 型或 II 型 CRISPR 系统的辅助下，使用 TALE 脱氨酶进行高度特异性和高效的 C 到 T 和 A 到 G 碱基编辑