Annotation und funktionale Genomik der Gene des Substrat-Katabolismus bei Clostridium beijerinckii

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Im Rahmen einer internationalen Kooperation soll in diesem Genomik-Projekt die Genomsequenz des lösungsmittel-produzierenden Bakteriums Clostridium beijerinckii annotiert werden, und zwar die Leserahmen, die für die Substrat-Verwertung, nämlich den hydrolytischen Poly- und Oligosaccharid-Abbau kodieren. Ziel ist die funktionale Analyse der Substrat- Abbauwege von pflanzlichen Polymeren wie Cellulose, Hemicellulose und Stärke in Bezug auf die Verwendung von Clostridium beijerinckii für die Produktion der Lösungsmittel Butanol und Aceton aus nachwachsenden Rohstoffen. Die Genom-Annotation wird verifiziert durch einen proteomischen Ansatz, in dem das Subproteom des Kulturüberstandes analysiert wird. Extrazelluläre hydrolytische Enzymkomponenten werden durch MALDI-TOF identifiziert. Die extrazellulären enzymatischen Aktivitäten werden bestimmt und mit den identifizierten Leserahmen und deren vermutlicher Aktivität in Beziehung gesetzt. Die substrat-abhängige Expression der extrazellulären Hydrolasen wird auf Proteinebene analysiert. Die Ergebnisse sollen zusammen mit den Kooperationspartnern zur Veröffentlichung vorbereitet werden.