Annotation und funktionale Genomik der Gene des Substrat-Katabolismus bei Clostridium beijerinckii

拜氏梭菌底物分解代谢基因的注释和功能基因组学

• 批准号: 29673309
• 负责人: Dr. Wolfgang H. Schwarz
• 金额: --
• 依托单位国家: 德国
• 项目类别: Research Grants
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 德国
• 起止时间: 2005-12-31 至 2007-12-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/29673309?language=en
• 关键词: Annotation; und; funktionale; Genomik; der

Im Rahmen einer internationalen Kooperation soll in diesem Genomik-Projekt die Genomsequenz des lösungsmittel-produzierenden Bakteriums Clostridium beijerinckii annotiert werden, und zwar die Leserahmen, die für die Substrat-Verwertung, nämlich den hydrolytischen Poly- und Oligosaccharid-Abbau kodieren. Ziel ist die funktionale Analyse der Substrat- Abbauwege von pflanzlichen Polymeren wie Cellulose, Hemicellulose und Stärke in Bezug auf die Verwendung von Clostridium beijerinckii für die Produktion der Lösungsmittel Butanol und Aceton aus nachwachsenden Rohstoffen. Die Genom-Annotation wird verifiziert durch einen proteomischen Ansatz, in dem das Subproteom des Kulturüberstandes analysiert wird. Extrazelluläre hydrolytische Enzymkomponenten werden durch MALDI-TOF identifiziert. Die extrazellulären enzymatischen Aktivitäten werden bestimmt und mit den identifizierten Leserahmen und deren vermutlicher Aktivität in Beziehung gesetzt. Die substrat-abhängige Expression der extrazellulären Hydrolasen wird auf Proteinebene analysiert. Die Ergebnisse sollen zusammen mit den Kooperationspartnern zur Veröffentlichung vorbereitet werden.

在国际上，有一个合作项目，该项目旨在对韦尔登进行基因组测序，并对底物进行纯化，而不是对聚合物和寡糖进行水解。这是一种功能性的纤维素、半纤维素和淀粉类聚合物基质的分析方法，用于分析拜氏梭菌对从罗氏梭菌中生产丁醇和丙酮的影响。基因组注释将通过蛋白质组学分析在文化分析的子蛋白质组中进行验证。通过MALDI-TOF鉴定额外的水解酶组成韦尔登。这些额外的酶活性韦尔登被估计出来，并在Beziehung gesetzt中识别出这些酶活性。将对额外水解的底物表达进行蛋白质分析。这项工作必须与合作伙伴一起完成，以确保韦尔登。