IgG4関連疾患におけるRNA-Seqを用いた遺伝子発現解析と新規治療標的の開発
使用 RNA-Seq 进行基因表达分析并开发 IgG4 相关疾病的新治疗靶点
基本信息
- 批准号:21K08471
- 负责人:
- 金额:$ 2.66万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
RNA-Seqを用いて、IgG4関連疾患(IgG4-RD)の病変局所と末梢血間でT/B細胞特異的発現変動遺伝子(DEG)を明らかにするため、以下の解析を行った。無治療のIgG4-RD確診例(2011年包括診断基準による)(N=3)から、組織学的基準を満たす顎下腺、末梢血単核球(PBMC)を採取し、Magnetic-Activated Cell Separation(MACS)でCD3+T細胞、CD19+B細胞を分離した。顎下腺とPBMCの間で、T/B細胞の遺伝子発現をRNA-Seqで比較し、1)主成分分析(PCA)によるクラスタリングとDEGの抽出、2)Ingenuity Pathway Analysis(IPA)を用いたパスウェイ解析、3)抽出したDEGに関して定量PCRによるvalidationを行った。1)PCAでは顎下腺T/B細胞と末梢血T/B細胞の遺伝子発現パターンはそれぞれ異なっていた。末梢血と比較し、顎下腺T細胞で発現増加したDEGは214個、減少したDEGは50個、顎下腺B細胞で発現増加したDEGは630個、減少したDEGは109個であった。顎下腺で発現増加したDEGには、複数のサイトカイン、ケモカイン、転写因子が含まれていた。2)顎下腺T細胞ではTh1、Th2、IL-17、全身性エリテマトーデス(SLE)、Toll like receptor(TLR)、wound healingシグナルの亢進が認められた。顎下腺B細胞ではSLE、補体経路、線維化、IL-8、IL-15シグナルの亢進が認められた。3)顎下腺T細胞では、末梢血と比較して、IL-21、EGR2のmRNA発現は有意に増加していた。以上の結果より、RNA-Seqを用いてIgG4-RD病変局所のT/B細胞で発現変動した遺伝子が同定され、病態への関与が示唆されるパスウェイが抽出された。
With the use of RNA-Seq, T/B cell-specific expression of motor genes (DEG) in the pathogenesis of IgG4-related diseases (IgG4-RD) and peripheral blood will be clarified. The following analysis will be carried out. No treatment-confirmed cases of IgG4-RD (2011 including diagnostic criteria)(N = 3), histological criteria, submandibular glands, peripheral blood mononuclear cells (PBMC) sampling, magnetic-activated cell separation (MACS), CD3 + T cells, CD19 + B cells isolation RNA-Seq comparison of submandibular gland and PBMC, T/B cell gene expression, 1) principal component analysis (PCA), 2) Ingenuity Pathway Analysis (IPA), and 3) validation of DEG. 1) PCA is the expression of T/B cells in mandibular gland and T/B cells in peripheral blood. The number of DEG T cells in peripheral blood increased by 214, while the number of DEG B cells decreased by 50. The number of DEG B cells increased by 630, while the number of DEG B cells decreased by 109. Submandibular gland development increases DEG, multiple submandibular gland development increases DEG, submandibular gland 2) Submandibular T cells Th1, Th2, IL-17, systemic SLE, Toll like receptor (TLR), wound healing, hyperactivity Submandibular B cells are hyperactive in SLE, complement pathway, angiogenesis, IL-8 and IL-15. 3) The expression of IL-21 and EGR-2 mRNA in T cells of mandibular gland increased significantly in comparison with that in peripheral blood. The results showed that RNA-Seq was used to detect T/B cells in IgG4-RD, and the expression of T/B cells in IgG4-RD was stable.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
RNA-Seqを用いたIgG4関連疾患病変局所のT/B細胞特異的発現変動遺伝子の同定
使用 RNA-Seq 鉴定 IgG4 相关疾病病变中 T/B 细胞特异性表达可变基因
- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:坪井洋人;本田文香;安部沙織;高橋広行;近藤裕也;松本功;住田孝之
- 通讯作者:住田孝之
RNA-Seqを用いたIgG4関連唾液腺炎病変局所のT/B細胞特異的発現変動遺伝子の同定とパスウェイ解析
利用RNA-Seq鉴定IgG4相关唾液腺炎病变中T/B细胞特异性差异表达基因并进行通路分析
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:坪井洋人;浅島弘充;東光裕史;本田文香;安部沙織;高橋広行;近藤裕也;松本功;住田孝之
- 通讯作者:住田孝之
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- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Hiroto Tsuboi;Fumika Honda;Hirofumi Toko;Ayako Kitada;Yuya Kondo;Takayuki Sumida;and Isao Matsumoto
- 通讯作者:and Isao Matsumoto
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- DOI:
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:田渕大貴;坪井洋人;杉田稔貴;西山泰平;寺崎真由;岡本翔太;寺崎俊彦;清水優;本田文香;栁下瑞希;藏田泉;大山綾子;安部沙織;長田侑;髙橋広行;萩原晋也;近藤裕也;住田孝之;松本功
- 通讯作者:松本功
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