IgG4関連疾患におけるRNA-Seqを用いた遺伝子発現解析と新規治療標的の開発

RNA-Seqを用いて、IgG4関連疾患（IgG4-RD）の病変局所と末梢血間でT/B細胞特異的発現変動遺伝子（DEG）を明らかにするため、以下の解析を行った。無治療のIgG4-RD確診例（2011年包括診断基準による）（N=3）から、組織学的基準を満たす顎下腺、末梢血単核球（PBMC）を採取し、Magnetic-Activated Cell Separation（MACS）でCD3+T細胞、CD19+B細胞を分離した。顎下腺とPBMCの間で、T/B細胞の遺伝子発現をRNA-Seqで比較し、1）主成分分析（PCA）によるクラスタリングとDEGの抽出、2）Ingenuity Pathway Analysis（IPA）を用いたパスウェイ解析、3）抽出したDEGに関して定量PCRによるvalidationを行った。1）PCAでは顎下腺T/B細胞と末梢血T/B細胞の遺伝子発現パターンはそれぞれ異なっていた。末梢血と比較し、顎下腺T細胞で発現増加したDEGは214個、減少したDEGは50個、顎下腺B細胞で発現増加したDEGは630個、減少したDEGは109個であった。顎下腺で発現増加したDEGには、複数のサイトカイン、ケモカイン、転写因子が含まれていた。2）顎下腺T細胞ではTh1、Th2、IL-17、全身性エリテマトーデス（SLE）、Toll like receptor（TLR）、wound healingシグナルの亢進が認められた。顎下腺B細胞ではSLE、補体経路、線維化、IL-8、IL-15シグナルの亢進が認められた。3）顎下腺T細胞では、末梢血と比較して、IL-21、EGR2のmRNA発現は有意に増加していた。以上の結果より、RNA-Seqを用いてIgG4-RD病変局所のT/B細胞で発現変動した遺伝子が同定され、病態への関与が示唆されるパスウェイが抽出された。

RNA-Seqを用いて、IgG4関連疾患（IgG4-RD）の病変局所と末梢血間でT/B細胞特異的発現変動遺伝子（DEG）を明らかにするため、以下の解析を行った。無治療のIgG4-RD確診例（2011年包括診断基準による）（N=3）から、組織学的基準を満たす顎下腺、末梢血単核球（PBMC）を採取し、Magnetic-Activated Cell Separation（MACS）でCD3+T細胞、CD19+B細胞を分離した。顎下腺とPBMCの間で、T/B細胞の遺伝子発現をRNA-Seqで比較し、1）主成分分析（PCA）によるクラスタリングとDEGの抽出、2）Ingenuity Pathway Analysis（IPA）を用いたパスウェイ解析、3）抽出したDEGに関して定量PCRによるvalidationを行った。1）PCAでは顎下腺T/B細胞と末梢血T/B細胞の遺伝子発現パターンはそれぞれ異なっていた。末梢血と比較し、顎下腺T細胞で発現増加したDEGは214個、減少したDEGは50個、顎下腺B細胞で発現増加したDEGは630個、減少したDEGは109個であった。顎下腺で発現増加したDEGには、複数のサイトカイン、ケモカイン、転写因子が含まれていた。2）顎下腺T細胞ではTh1、Th2、IL-17、全身性エリテマトーデス（SLE）、Toll like receptor（TLR）、wound healingシグナルの亢進が認められた。顎下腺B細胞ではSLE、補体経路、線維化、IL-8、IL-15シグナルの亢進が認められた。3）顎下腺T細胞では、末梢血と比較して、IL-21、EGR2のmRNA発現は有意に増加していた。以上の結果より、RNA-Seqを用いてIgG4-RD病変局所のT/B細胞で発現変動した遺伝子が同定され、病態への関与が示唆されるパスウェイが抽出された。