RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析

使用 RACE 方法和新一代测序仪对圆形和非圆形肉瘤进行融合基因分析

• 批准号: 21K09314
• 负责人: 真砂 勝泰
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Aichi Cancer Center Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K09314/
• 关键词: 融合遺伝子; 次世代シーケンサー; 肉腫; 肺; 次世代シーケンス

2023年3月現在、約300症例の肺組織由来のRNAを用いたRNAシーケンスデータ解析により、1年間でさらに複数のin frame融合遺伝子候補を集積した。融合遺伝子は、in frame融合遺伝子でリード数を10リード以上とし、ダイレクトシーケンス法にて融合遺伝子の存在を確認した。また、in silicoの機能解析として、新たなパイプラインを利用し、oncogenic annotationを行い候補遺伝子の絞り込みを行っている段階である。蓄積症例は、2023年3月の時点で肺由来の肉腫での切除標本を約30症例まで増やした上、遺伝子抽出及び核酸の品質チェックを終えている。解析の対象候補を転移性の、確定診断に至っていないspindle cell tumorに特化して融合遺伝子解析を施行する予定で、コホートの選別を終え、病理組織所見及び臨床データや免疫組織学的初見などのデータ化を終えている。近々、Fusion Plexによるシーケンスを施行予定である。また、協力研究機関において、候補融合遺伝子の機能解析も併せて施行中であり、2023年3月現在、cell lineの解析で融合遺伝子を導入したモデルを化を終え、機能解析中である。

In March 2023, about 300 cases of lung tissue-derived RNA were analyzed, and multiple in frame fusion gene candidates were accumulated in one year. The fusion gene is identified by the fusion gene method with a number of fusion genes above 10. In silico, the function analysis, oncogenic annotation, candidate annotation, etc. The accumulation of disease cases, March 2023 time point, lung origin of flesh swelling, removal of Li, about 30 cases, increase in the number of cases, gene extraction and nucleic acid quality, the final period of time. Analysis of candidate images is based on qualitative and quantitative diagnosis, spindle cell tumor characterization, fusion gene analysis, and selection of candidate images. Pathological findings and clinical findings are included in the analysis. Close to Fusion, the target is set. In March 2023, the analysis of cell line, the introduction of fusion gene, and the final analysis of function were carried out.

项目成果

Biological Difference between L858R and Exon 19 Deletion Contributes to Recurrence-Free Survival of Resected Non-Small Cell Lung Cancer

• DOI: 10.1159/000526973
• 发表时间: 2022-09
• 期刊: Oncology
• 影响因子: 3.5
• 作者: K. Masago;H. Kuroda;S. Fujita;E. Sasaki;Yusuke Takahashi;S. Shinohara;H. Matsushita

がん遺伝子パネル検査のための核酸品質評価におけるDNA Integrity Number(DIN)値の有用性と限界について

DNA 完整性数 (DIN) 值在癌症基因组检测核酸质量评估中的有用性和局限性

• 发表时间: 2022
• 期刊: 日本染色体遺伝子検査学会雑誌
• 作者: 平松 可帆;松田 千秋;二村 元子;上岡 亜子;柴田 典子;真砂 勝泰;細田 和貴
• 通讯作者: 細田 和貴

Weak-evidence Fusion Candidates Detected by a FusionPlex Assay Using the Ion Torrent System

使用 Ion Torrent 系统通过 FusionPlex 检测检测到弱证据融合候选物

• DOI: 10.21873/invivo.12342
• 发表时间: 2021
• 期刊: In Vivo
• 影响因子: 2.3
• 作者: FUJITA SHIRO;MASAGO KATSUHIRO;SASAKI EIICHI;TSUKUSHI SATOSHI;HORIO YOSHITSUGU;KURODA HIROAKI;HIDA TOYOAKI
• 通讯作者: HIDA TOYOAKI

Association of the KRAS genotype and clinicopathologic findings of resected non-small-cell lung cancer: A pooled analysis of 179 patients

• DOI: 10.1016/j.cancergen.2022.09.004
• 发表时间: 2022-09-28
• 期刊: CANCER GENETICS
• 影响因子: 1.9
• 作者: Masago, Katsuhiro;Kuroda, Hiroaki;Matsushita, Hirokazu
• 通讯作者: Matsushita, Hirokazu

Comparison between Fluorimetry (Qubit) and Spectrophotometry (NanoDrop) in the Quantification of DNA and RNA Extracted from Frozen and FFPE Tissues from Lung Cancer Patients: A Real-World Use of Genomic Tests.

• DOI: 10.3390/medicina57121375
• 发表时间: 2021-12-17
• 期刊: Medicina (Kaunas, Lithuania)
• 作者: Masago K;Fujita S;Oya Y;Takahashi Y;Matsushita H;Sasaki E;Kuroda H
• 通讯作者: Kuroda H