RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析

使用 RACE 方法和新一代测序仪对圆形和非圆形肉瘤进行融合基因分析

基本信息

  • 批准号:
    21K09314
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.58万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-04-01 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

2023年3月現在、約300症例の肺組織由来のRNAを用いたRNAシーケンスデータ解析により、1年間でさらに複数のin frame融合遺伝子候補を集積した。融合遺伝子は、in frame融合遺伝子でリード数を10リード以上とし、ダイレクトシーケンス法にて融合遺伝子の存在を確認した。また、in silicoの機能解析として、新たなパイプラインを利用し、oncogenic annotationを行い候補遺伝子の絞り込みを行っている段階である。蓄積症例は、2023年3月の時点で肺由来の肉腫での切除標本を約30症例まで増やした上、遺伝子抽出及び核酸の品質チェックを終えている。解析の対象候補を転移性の、確定診断に至っていないspindle cell tumorに特化して融合遺伝子解析を施行する予定で、コホートの選別を終え、病理組織所見及び臨床データや免疫組織学的初見などのデータ化を終えている。近々、Fusion Plexによるシーケンスを施行予定である。また、協力研究機関において、候補融合遺伝子の機能解析も併せて施行中であり、2023年3月現在、cell lineの解析で融合遺伝子を導入したモデルを化を終え、機能解析中である。
In March 2023, about 300 cases now の lung tissue origin の RNA を with い た RNA シ ー ケ ン ス デ ー タ parsing に よ り, 1 years で さ ら に plural の frame in fusion heritage 伝 alternate を set product し た. Traces of traces of fusion 伝 は, frame in the fusion 伝 son で リ ー ド を 10 リ ー ド more と し, ダ イ レ ク ト シ ー ケ ン ス method に て fusion heritage 伝 son の exist を confirm し た. ま た, in silico の function analytical と し て, new た な パ イ プ ラ イ ン を using し, oncogenic annotation line を い alternate heritage 伝 son の ground り 込 み を line っ て い る Duan Jie で あ る. Accumulate cases は and ordering で pulmonary origin in March 2023 の の meat swollen で の resection specimen を about 30 cases ま で raised や し た, but 伝 extraction and び nucleic acid の quality チ ェ ッ ク を eventually え て い る. Parsing の as alternate を seaborne planning moves の, definite diagnosis に to っ て い な い spindle cell tumor に specialized し て fusion heritage 伝 son parsing を imposed す る designated で, コ ホ ー ト の choose don't を eventually え, histopathological and clinical デ び ー タ や immune histological first な ど の デ ー タ change を eventually え て い る. Recently, 々, Fusion Plexによるシ ケ ケ スを implement である. ま た, together to study machine masato に お い て, standby fusion but 伝 の function and analytic も せ て in the implementation of で あ り, now in March 2023, the cell line の parsing で fusion heritage 伝 son を import し た モ デ ル を を eventually え, function parses で あ る.

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Biological Difference between L858R and Exon 19 Deletion Contributes to Recurrence-Free Survival of Resected Non-Small Cell Lung Cancer
  • DOI:
    10.1159/000526973
  • 发表时间:
    2022-09
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    K. Masago;H. Kuroda;S. Fujita;E. Sasaki;Yusuke Takahashi;S. Shinohara;H. Matsushita
  • 通讯作者:
    K. Masago;H. Kuroda;S. Fujita;E. Sasaki;Yusuke Takahashi;S. Shinohara;H. Matsushita
がん遺伝子パネル検査のための核酸品質評価におけるDNA Integrity Number(DIN)値の有用性と限界について
DNA 完整性数 (DIN) 值在癌症基因组检测核酸质量评估中的有用性和局限性
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    平松 可帆;松田 千秋;二村 元子;上岡 亜子;柴田 典子;真砂 勝泰;細田 和貴
  • 通讯作者:
    細田 和貴
Weak-evidence Fusion Candidates Detected by a FusionPlex Assay Using the Ion Torrent System
使用 Ion Torrent 系统通过 FusionPlex 检测检测到弱证据融合候选物
  • DOI:
    10.21873/invivo.12342
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    2.3
  • 作者:
    FUJITA SHIRO;MASAGO KATSUHIRO;SASAKI EIICHI;TSUKUSHI SATOSHI;HORIO YOSHITSUGU;KURODA HIROAKI;HIDA TOYOAKI
  • 通讯作者:
    HIDA TOYOAKI
Association of the KRAS genotype and clinicopathologic findings of resected non-small-cell lung cancer: A pooled analysis of 179 patients
  • DOI:
    10.1016/j.cancergen.2022.09.004
  • 发表时间:
    2022-09-28
  • 期刊:
  • 影响因子:
    1.9
  • 作者:
    Masago, Katsuhiro;Kuroda, Hiroaki;Matsushita, Hirokazu
  • 通讯作者:
    Matsushita, Hirokazu
Comparison between Fluorimetry (Qubit) and Spectrophotometry (NanoDrop) in the Quantification of DNA and RNA Extracted from Frozen and FFPE Tissues from Lung Cancer Patients: A Real-World Use of Genomic Tests.
  • DOI:
    10.3390/medicina57121375
  • 发表时间:
    2021-12-17
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Masago K;Fujita S;Oya Y;Takahashi Y;Matsushita H;Sasaki E;Kuroda H
  • 通讯作者:
    Kuroda H
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  • 通讯作者:
    谷田部 恭
進行非扁平上皮非小細胞肺がん症例に対する一次治療前バイオマーカー検査の実態調査
晚期非鳞状非小细胞肺癌患者初次治疗前生物标志物检测现状调查
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西野 和美;真砂 勝泰;倉田 宝保;神田 錦吾;矢吹 豊;秋田 弘俊
  • 通讯作者:
    秋田 弘俊

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