RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析
使用 RACE 方法和新一代测序仪对圆形和非圆形肉瘤进行融合基因分析
基本信息
- 批准号:21K09314
- 负责人:
- 金额:$ 2.58万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2021
- 资助国家:日本
- 起止时间:2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
2023年3月現在、約300症例の肺組織由来のRNAを用いたRNAシーケンスデータ解析により、1年間でさらに複数のin frame融合遺伝子候補を集積した。融合遺伝子は、in frame融合遺伝子でリード数を10リード以上とし、ダイレクトシーケンス法にて融合遺伝子の存在を確認した。また、in silicoの機能解析として、新たなパイプラインを利用し、oncogenic annotationを行い候補遺伝子の絞り込みを行っている段階である。蓄積症例は、2023年3月の時点で肺由来の肉腫での切除標本を約30症例まで増やした上、遺伝子抽出及び核酸の品質チェックを終えている。解析の対象候補を転移性の、確定診断に至っていないspindle cell tumorに特化して融合遺伝子解析を施行する予定で、コホートの選別を終え、病理組織所見及び臨床データや免疫組織学的初見などのデータ化を終えている。近々、Fusion Plexによるシーケンスを施行予定である。また、協力研究機関において、候補融合遺伝子の機能解析も併せて施行中であり、2023年3月現在、cell lineの解析で融合遺伝子を導入したモデルを化を終え、機能解析中である。
In March 2023, about 300 cases now の lung tissue origin の RNA を with い た RNA シ ー ケ ン ス デ ー タ parsing に よ り, 1 years で さ ら に plural の frame in fusion heritage 伝 alternate を set product し た. Traces of traces of fusion 伝 は, frame in the fusion 伝 son で リ ー ド を 10 リ ー ド more と し, ダ イ レ ク ト シ ー ケ ン ス method に て fusion heritage 伝 son の exist を confirm し た. ま た, in silico の function analytical と し て, new た な パ イ プ ラ イ ン を using し, oncogenic annotation line を い alternate heritage 伝 son の ground り 込 み を line っ て い る Duan Jie で あ る. Accumulate cases は and ordering で pulmonary origin in March 2023 の の meat swollen で の resection specimen を about 30 cases ま で raised や し た, but 伝 extraction and び nucleic acid の quality チ ェ ッ ク を eventually え て い る. Parsing の as alternate を seaborne planning moves の, definite diagnosis に to っ て い な い spindle cell tumor に specialized し て fusion heritage 伝 son parsing を imposed す る designated で, コ ホ ー ト の choose don't を eventually え, histopathological and clinical デ び ー タ や immune histological first な ど の デ ー タ change を eventually え て い る. Recently, 々, Fusion Plexによるシ ケ ケ スを implement である. ま た, together to study machine masato に お い て, standby fusion but 伝 の function and analytic も せ て in the implementation of で あ り, now in March 2023, the cell line の parsing で fusion heritage 伝 son を import し た モ デ ル を を eventually え, function parses で あ る.
项目成果
期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Biological Difference between L858R and Exon 19 Deletion Contributes to Recurrence-Free Survival of Resected Non-Small Cell Lung Cancer
- DOI:10.1159/000526973
- 发表时间:2022-09
- 期刊:
- 影响因子:3.5
- 作者:K. Masago;H. Kuroda;S. Fujita;E. Sasaki;Yusuke Takahashi;S. Shinohara;H. Matsushita
- 通讯作者:K. Masago;H. Kuroda;S. Fujita;E. Sasaki;Yusuke Takahashi;S. Shinohara;H. Matsushita
がん遺伝子パネル検査のための核酸品質評価におけるDNA Integrity Number(DIN)値の有用性と限界について
DNA 完整性数 (DIN) 值在癌症基因组检测核酸质量评估中的有用性和局限性
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:平松 可帆;松田 千秋;二村 元子;上岡 亜子;柴田 典子;真砂 勝泰;細田 和貴
- 通讯作者:細田 和貴
Weak-evidence Fusion Candidates Detected by a FusionPlex Assay Using the Ion Torrent System
使用 Ion Torrent 系统通过 FusionPlex 检测检测到弱证据融合候选物
- DOI:10.21873/invivo.12342
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:2.3
- 作者:FUJITA SHIRO;MASAGO KATSUHIRO;SASAKI EIICHI;TSUKUSHI SATOSHI;HORIO YOSHITSUGU;KURODA HIROAKI;HIDA TOYOAKI
- 通讯作者:HIDA TOYOAKI
Association of the KRAS genotype and clinicopathologic findings of resected non-small-cell lung cancer: A pooled analysis of 179 patients
- DOI:10.1016/j.cancergen.2022.09.004
- 发表时间:2022-09-28
- 期刊:
- 影响因子:1.9
- 作者:Masago, Katsuhiro;Kuroda, Hiroaki;Matsushita, Hirokazu
- 通讯作者:Matsushita, Hirokazu
Comparison between Fluorimetry (Qubit) and Spectrophotometry (NanoDrop) in the Quantification of DNA and RNA Extracted from Frozen and FFPE Tissues from Lung Cancer Patients: A Real-World Use of Genomic Tests.
- DOI:10.3390/medicina57121375
- 发表时间:2021-12-17
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Masago K;Fujita S;Oya Y;Takahashi Y;Matsushita H;Sasaki E;Kuroda H
- 通讯作者:Kuroda H
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真砂 勝泰其他文献
がんパネルシーケンスにおける病理所見と遺伝子変異頻度から判定した腫瘍細胞核含有量の比較
病理结果确定的肿瘤细胞核含量与癌症panel测序中基因突变频率的比较
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
真砂 勝泰; 瀬戸 克年;北村 淳子;中黒 匡人;服部 行紀;前田 永子;宮崎 龍彦;渡邊 和子;村上 秀樹;塚本 徹哉;山田 鉄也;藤田 史郎;谷田部 恭 - 通讯作者:
谷田部 恭
進行非扁平上皮非小細胞肺がん症例に対する一次治療前バイオマーカー検査の実態調査
晚期非鳞状非小细胞肺癌患者初次治疗前生物标志物检测现状调查
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
西野 和美;真砂 勝泰;倉田 宝保;神田 錦吾;矢吹 豊;秋田 弘俊 - 通讯作者:
秋田 弘俊
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