系統的に近縁関係の梅毒トレポネーマ株間を細分化する塩基置換候補の評価とその応用

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昨年度報告したように、 2019年１月〜 2020年２月の間に国内で採取された梅毒トレポネーマ（以下、T.p）陽性検体由来の T.pの全ゲノム解析を試行し、解析可能であった 57株での結果を元に、日本国内で系統分けができる少なくとも４つの系統の梅毒トレポネーマが流通していることを見出し、更にこの系統は特定の単一遺伝子内の3ヶ所のSNPを決定することで特定できる可能性を提出した。この可能性の検討評価のため、2020年３月〜 2023年 4月採取の国内採取T.p陽性検体でこの3ヶ所のSNP情報を試行し、112検体分について情報が得られた。今後、上記可能性の検定のためこれら情報が得られた検体につき、実際のゲノム解析を試行する予定である。培養が基本的に不可能で、全ゲノム解析の成功率が高くないT.pに於いては、上記課題以外にもゲノム解析と代替可能で、より成功率が高く、かつ信頼性が高く、系統分類と良く相関するSNP解析や型別法の模索が、科学的根拠を持った感染ルート推定ツール開発に極めて重要である。この観点から、いくつかの方法を試行し、arp遺伝子内の繰り返し配列のリピート数にこの繰り返し配列内のSNPを加味したデータと系統分類結果が良く一致、対応することが判明し、論文として公表した（Front. Microbiol. (2022) Sep 20;13:1007056. doi: 10.3389/fmicb.2022.1007056. eCollection 2022.）。また、未発表であるが、繰り返し遺伝子群tprEGJのRFLP型の１つ、o型が国内流通系統の１つであるTEN系統と強く相関することも見出した。