系統的に近縁関係の梅毒トレポネーマ株間を細分化する塩基置換候補の評価とその応用

碱基替换候选者的评估和应用以细分系统发育相关的梅毒螺旋体菌株

• 批准号: 21K09388
• 负责人: 中山 周一
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K09388/
• 关键词: 梅毒トレポネーマ; 系統分類; ゲノム解析とその代替法; 感染経路推定; 全ゲノム解析; 簡便系統分類法; ゲノム多様性; 系統細分化

昨年度報告したように、 2019年１月〜 2020年２月の間に国内で採取された梅毒トレポネーマ（以下、T.p）陽性検体由来の T.pの全ゲノム解析を試行し、解析可能であった 57株での結果を元に、日本国内で系統分けができる少なくとも４つの系統の梅毒トレポネーマが流通していることを見出し、更にこの系統は特定の単一遺伝子内の3ヶ所のSNPを決定することで特定できる可能性を提出した。この可能性の検討評価のため、2020年３月〜 2023年 4月採取の国内採取T.p陽性検体でこの3ヶ所のSNP情報を試行し、112検体分について情報が得られた。今後、上記可能性の検定のためこれら情報が得られた検体につき、実際のゲノム解析を試行する予定である。培養が基本的に不可能で、全ゲノム解析の成功率が高くないT.pに於いては、上記課題以外にもゲノム解析と代替可能で、より成功率が高く、かつ信頼性が高く、系統分類と良く相関するSNP解析や型別法の模索が、科学的根拠を持った感染ルート推定ツール開発に極めて重要である。この観点から、いくつかの方法を試行し、arp遺伝子内の繰り返し配列のリピート数にこの繰り返し配列内のSNPを加味したデータと系統分類結果が良く一致、対応することが判明し、論文として公表した（Front. Microbiol. (2022) Sep 20;13:1007056. doi: 10.3389/fmicb.2022.1007056. eCollection 2022.）。また、未発表であるが、繰り返し遺伝子群tprEGJのRFLP型の１つ、o型が国内流通系統の１つであるTEN系統と強く相関することも見出した。

Last year's annual report January 2019〜 February 2020 (T.p) The analysis of the total number of T.p positive samples from the origin of T.p was tried and analyzed, and the results of 57 strains were analyzed. In Japan, the system was divided into four groups. The number of syphilis strains in circulation was found, and the possibility of determining the SNP in the three groups in a specific group was proposed. This possibility was evaluated in March 2020, and in April 2023, the SNP information of 3 samples was tested in 112 samples. In the future, note the possibility of determining whether the information is available, whether the information is available, whether The success rate of SNP analysis is high, the reliability is high, the systematic classification is good, the model of SNP analysis is high, the scientific root is high, the infection is high, the development is very important. The results of systematic classification are consistent, and the results of systematic classification are consistent. Microbiol. (2022) Sep 20;13:1007056. doi: 10.3389/fmicb.2022.1007056. eCollection 2022.）。The RFLP patterns of TPREGJ and TPREGJ in the domestic circulation system are strongly correlated.

项目成果

High-throughput nanopore sequencing of Treponema pallidum tandem repeat genes arp and tp0470 reveals clade-specific patterns and recapitulates global whole genome phylogeny.

• DOI: 10.3389/fmicb.2022.1007056
• 发表时间: 2022
• 期刊: FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
• 影响因子: 5.2
• 作者: Lieberman, Nicole A. P.;Armstrong, Thaddeus D.;Chung, Benjamin;Pfalmer, Daniel;Hennelly, Christopher M.;Haynes, Austin;Romeis, Emily;Wang, Qian-Qiu;Zhang, Rui-Li;Kou, Cai-Xia;Ciccarese, Giulia;Dal Conte, Ivano;Cusini, Marco;Drago, Francesco;Nakayama, Shu-ichi;Lee, Kenichi;Ohnishi, Makoto;Konda, Kelika A.;Vargas, Silver K.;Eguiluz, Maria;Caceres, Carlos F.;Klausner, Jeffrey D.;Mitja, Oriol;Rompalo, Anne;Mulcahy, Fiona;Hook, Edward W.;Hoffman, Irving F.;Matoga, Mitch M.;Zheng, Heping;Yang, Bin;Lopez-Medina, Eduardo;Ramirez, Lady G.;Radolf, Justin D.;Hawley, Kelly L.;Salazar, Juan C.;Lukehart, Sheila A.;Sena, Arlene C.;Parr, Jonathan B.;Giacani, Lorenzo;Greninger, Alexander L.
• 通讯作者: Greninger, Alexander L.

梅毒 ： 迅速診断の展望と ゲノム解析結果から見える国内株の系統位置

梅毒：从基因组分析结果看国产毒株的快速诊断和系统发育地位的前景

• 发表时间: 2022
• 作者: 坂口敦美;田中陽一郎;酒巻里菜;松葉隆雄;栗原靖之;中山周一
• 通讯作者: 中山周一