比較ゲノムとプロテオタイピングによる非定型下痢原性大腸菌の系統分類

代表的な非定型下痢原性大腸菌である astA 保有大腸菌は、大規模食中毒の原因となるが、astAを保有する株が必ずしも下痢原性を有するわけではなく、病原性株と非病原性株の実態は不明の点が多い。本研究では、astA保有大腸菌などの非定型下痢原性大腸菌の比較ゲノム解析と MALDI-TOF MS （Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）を用いたプロテオタイピングによる系統分類を行い、下痢原性大腸菌としてのカテゴリーを確立させることを目的とする。R3年度までに、家畜、食品、ヒトから分離された非定型下痢原性大腸菌についてRAPD（random Amplicication Polymorphic DNA）法により株間の関連性を検討した。R4年度はRAPD法による解析結果を基に、ゲノム情報の少ないヒト由来astA保有株のゲノム情報を充実させるために、下痢症との関連性のないヒト由来astA陽性大腸菌18株のゲノム解析を開始することとした。次世代シークエンス解析に供した検体では十分なカバー率のリードからドラフト配列が得られ、ゲノム解析を進めている。MALDI-TOF MSによるプロテオタイピングに関しては、定法のrRNA以外に系統分類をできるマーカーの同定はできていない。R5年度は、18株全ての配列を取得し、これらの株とデータベース上に存在する株の比較解析による系統分類を行い、非定型の下痢原性大腸菌として鑑別に必要なマーカー遺伝子もしくはプロテオタイピングの標的分子の同定を目指す。

代表的な非定型下痢原性大腸菌である astA 保有大腸菌は、大規模食中毒の原因となるが、astAを保有する株が必ずしも下痢原性を有するわけではなく、病原性株と非病原性株の実態は不明の点が多い。本研究では、astA保有大腸菌などの非定型下痢原性大腸菌の比較ゲノム解析と MALDI-TOF MS （Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry）を用いたプロテオタイピングによる系統分類を行い、下痢原性大腸菌としてのカテゴリーを確立させることを目的とする。R3年度までに、家畜、食品、ヒトから分離された非定型下痢原性大腸菌についてRAPD（random Amplicication Polymorphic DNA）法により株間の関連性を検討した。R4年度はRAPD法による解析結果を基に、ゲノム情報の少ないヒト由来astA保有株のゲノム情報を充実させるために、下痢症との関連性のないヒト由来astA陽性大腸菌18株のゲノム解析を開始することとした。次世代シークエンス解析に供した検体では十分なカバー率のリードからドラフト配列が得られ、ゲノム解析を進めている。MALDI-TOF MSによるプロテオタイピングに関しては、定法のrRNA以外に系統分類をできるマーカーの同定はできていない。R5年度は、18株全ての配列を取得し、これらの株とデータベース上に存在する株の比較解析による系統分類を行い、非定型の下痢原性大腸菌として鑑別に必要なマーカー遺伝子もしくはプロテオタイピングの標的分子の同定を目指す。