Exploring the genetic marker of M. tuberculosis to predict the transmissibility and latency

探索结核分枝杆菌的遗传标记以预测其传播性和潜伏期

基本信息

  • 批准号:
    21K10433
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-04-01 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

結核菌感染後の発病様式を予測する結核菌遺伝マーカーの探索における基盤データとなる遺伝系統間の感染動態の異質性の解明を目指した。神戸市で2016-2018年の3年間に新規登録された培養陽性結核患者の87%をカバーする結核菌550株の全ゲノム解析を行い、Lineage 2の亜株間の感染動態の異質性をゲノムクラスターの形成率、terminal branches length (TBL)分布、および患者背景(年齢、性別、出生国)の側面から評価し、下記の知見を得た。また、本研究により、研究計画時の菌株選定論拠に用いた遺伝型別解析法では同一クローンによる感染拡大を正確に識別することが困難であることが分かった。1)日本固有のL2.2.A亜系統は、主として高齢患者の長期潜伏からの再活性化による発病で占められており、最近の感染伝播による発病は限定的であった。2)世界的な感染拡大株であるL2.2.Modern亜系統は、他の系統よりも若年層や外国生まれの患者との関連が強い。L2.2.ModernのTBL分布は2峰性であり、最近の感染による発病とコミュニティからの頻繁な出入りの2面性を示唆するものであった。感染伝播力の高いL2.2.Modern系統の高齢者への感染拡大を最低限にとどめることが、公衆衛生的な結核対策上の優先事項となる。3)L2.2.AA2、L2.2.AA3.1、L2.2.AA3.2は、異なるSNP閾値で連続的にクラスター率が上昇しており、長期間にわたる連続的な感染が地域内で維持されていることを示唆する。集団における特定のクローン/菌株からの子孫の拡大、すなわち、流行株の拡大という潜在的なリスクとなりうる。
N/med tuberculosis bacterium infection after の others type を 発 disease be す る traces of n/med tuberculosis bacterium 伝 マ ー カ ー の explore に お け る base plate デ ー タ と な る heritage 伝 の infection between system dynamic の heterogeneity の interpret を refers し た. God opens the city で に の 3 years in 2016-2018 new rules login さ れ た culture positive TB patients, 87% の を カ バ ー す る 550 strains of n/med tuberculosis bacterium の full ゲ ノ ム parsing を い, Lineage 2 の 亜 の infection between strain dynamic の heterogeneity を ゲ ノ ム ク ラ ス タ ー の formation rate, terminal branches The distribution of length (TBL), the background of および patients (year 齢, gender, country of birth), the side profile of <s:1> ら, the evaluation of 価 および, the following note, the knowledge and views of を and た. ま た, this study に よ り, research project の strains selected 拠 に with い た heritage type 伝 don't analytic method で は same ク ロ ー ン に よ る infection company, big を に correct identification す る こ と が difficult で あ る こ と が points か っ た. 1) Japan's inherent の L2.2. A は 亜 system, main と し て in patients with high 齢 の long-term latent か ら の again activeness に よ る で 発 disease of め ら れ て お り, に の recently infected 伝 よ る 発 disease は qualified で あ っ た. 2) company な infection of the world's great strain で あ る L2.2. Modern 亜 system は, he の よ り も if years layer や foreign ま れ の patients と の masato even strong が い. L2.2. Modern の TBL distribution は 2 peak sexual で あ り, の recently infected に よ る 発 disease と コ ミ ュ ニ テ ィ か ら の frequent な discrepancy り の 2 facets を in stopping す る も の で あ っ た. High infection 伝 sowing force の い L2.2. Modern system の high 齢 へ の infection company, big を minimalist に と ど め る こ と が, public health policy seaborne な tuberculosis の priorities と な る. 3) L2.2. AA2, L2.2. AA3.1, L2.2 AA3.2 は, different な る SNP threshold numerical で even 続 に ク ラ ス タ ー rate rising が し て お り, long-term に わ た る even 続 な infection で が geographical areas to maintain さ れ て い る こ と を in stopping す る. Set 団 に お け る specific の ク ロ ー ン / strain か ら の sons の company, big, す な わ ち, epidemic strains の company, big と い う potential な リ ス ク と な り う る.

项目成果

期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
結核クラスターの感染伝播予測に対するゲノムデータベース数理モデルの活用
利用基因组数据库数学模型预测结核病聚集性感染传播
  • DOI:
  • 发表时间:
    2023
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    大西 玲於;重村 克巳;大澤 佳代;梁 英敏;前田 光毅;谷本 啓;大沼 健一郎;中野 雄造;宮良 高維;藤澤 正人;谷本佳彦,有川健太郎,藤山理世,小野綾子,大西南,田丸亜貴,山本香織,吉田志緒美,荻田堅一,岩本朋忠
  • 通讯作者:
    谷本佳彦,有川健太郎,藤山理世,小野綾子,大西南,田丸亜貴,山本香織,吉田志緒美,荻田堅一,岩本朋忠
結核菌全ゲノム解析によるVNTRクラスターの信頼性の検証
结核分枝杆菌全基因组分析验证VNTR簇的可靠性
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岩本朋忠;藤山理世;村瀬良朗;御手洗聡;有川健太郎
  • 通讯作者:
    有川健太郎
比較ゲノム解析による集団感染事例の感染伝播の検討
使用比较基因组分析检查群体感染病例中的感染传播情况
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    山本香織;蒲田脩圭里;米田佳美;永石真知子;小向 潤;吉田英樹;有川健太郎;岩本朋忠;村瀬良朗;御手洗聡;和田崇之
  • 通讯作者:
    和田崇之
大阪湾岸地域で高頻度に検出されるリファンピシン単独耐性結核菌のゲノム疫学的考察
大阪湾地区多发利福平单耐药结核杆菌的基因组流行病学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Kaida Yuko;Kanbayashi Daiki;Kurata Takako;Mori Haruyo;岩本朋忠,有川健太郎.田丸亜紀,山本香織,吉田志緒美,藤山理世,楠信也
  • 通讯作者:
    岩本朋忠,有川健太郎.田丸亜紀,山本香織,吉田志緒美,藤山理世,楠信也
神戸市における外国生まれ結核患者の感染場所の推定
神户市外国出生结核病患者感染地点的推算
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    藤山理世;林朋子;松田真理;楠信也;樋口純子;千原三枝子;伊地智昭浩;有川健太郎;岩本朋忠
  • 通讯作者:
    岩本朋忠
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

岩本 朋忠其他文献

GWASアプローチによる肺MAC症の病態に関連する細菌側因子の探索
使用 GWAS 方法寻找与肺部 MAC 疾病病理相关的细菌因素
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    矢野 大和;西内 由紀子;有川 健太郎;大田 篤;三木 真理;丸山 史人;木田 博;北田 清悟;岩本 朋忠
  • 通讯作者:
    岩本 朋忠
ルシフェラーゼ発現リコンビ;ナントBCGによる新規結核薬の迅速スクリーニング系の確立と実践
荧光素酶表达重组南特抗结核新药快速筛选体系的建立与实施
  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    尾関 百合子;山口 雄大;Shymaa Enany;五十嵐 雅之;西内 由紀子;岡 真優子;岩本 朋忠;小椋 義俊;林 哲也;立石 善隆;西山 晃史;松本 壮吉
  • 通讯作者:
    松本 壮吉
地域特性を疑う新規同定抗酸菌Mycobacterium shigaenseの特徴とその感染源についての調査研究
一株新发现的疑似区域性志贺分枝杆菌特征及感染源研究
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    深野 華子;吉田 光範;鹿住 祐子;有川 健太郎;岩本 朋忠;星野 仁彦
  • 通讯作者:
    星野 仁彦
地域特異性の高いMycobacterium shigaenseのロングリードシークエンサーを使用した比較ゲノム解析
使用长读长测序仪对志贺分枝杆菌进行高区域特异性比较基因组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    深野 華子;吉田 光範;鈴木 仁人;于 連升;有川 健太郎;岩本 朋忠;星野 仁彦
  • 通讯作者:
    星野 仁彦
シフェラーゼ発現リコンビナントBCGによる新規結核薬の迅速スクリーニング系の確立と実践
表达荧光素酶的重组卡介苗抗结核新药快速筛选体系的建立与实施
  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    尾関 百合子;山口 雄大;Shymaa Enany;五十嵐 雅之;西内 由紀子;岡 真優子;岩本 朋忠;小椋 義俊;林 哲也;立石 善隆;西山 晃史;松本 壮吉
  • 通讯作者:
    松本 壮吉

岩本 朋忠的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

相似海外基金

全ゲノム解析による発光周期の異なるゲンジボタルの遺伝的多様性の解明
通过全基因组分析阐明不同发光周期的源氏萤火虫的遗传多样性
  • 批准号:
    24K08952
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析とネットワーク分析による医療施設から市中への結核伝播の実態の解明
通过全基因组分析和网络分析阐明结核病从医疗机构传播到社区的实际状况
  • 批准号:
    24K20250
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
遺伝性網膜疾患患者の全ゲノム解析で同定したスプライス変異と構造変異の機能評価
通过遗传性视网膜疾病患者的全基因组分析确定的剪接和结构变异的功能评估
  • 批准号:
    24K12796
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析を基盤とした薬剤感受性試験による流行ESBL産生大腸菌早期検出法の開発
基于全基因组分析的药敏检测流行性产ESBL大肠杆菌早期检测方法的开发
  • 批准号:
    24K13345
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
全ゲノム解析基盤による機能・情報統合解析と新規心筋症遺伝子の同定および機序解明
基于全基因组分析的综合功能/信息分析、新型心肌病基因的鉴定和机制的阐明
  • 批准号:
    23K24328
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
骨軟部腫瘍全ゲノム解析データに基づく遺伝子異常の機能解析と治療標的の同定
基于骨和软组织肿瘤全基因组分析数据的遗传异常功能分析和治疗靶点识别
  • 批准号:
    23K24468
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
全ゲノム解析およびシングルセル解析による歯根短小症に関わる遺伝要因の網羅的解析
利用全基因组分析和单细胞分析综合分析与短根相关的遗传因素
  • 批准号:
    24K20051
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
周産期心筋症の全ゲノム解析と予後予測バイオマーカーの病態関連解明研究
围产期心肌病的全基因组分析以及阐明预后预测生物标志物之间关系的研究
  • 批准号:
    24K11258
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
蔵付き酵母の全ゲノム解析から探る清酒銘醸地の産地特性
通过酿酒酵母全基因组分析探索著名清酒酿造地区的特征
  • 批准号:
    23K11589
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
小児骨肉腫全ゲノム解析データを活用した腫瘍抑制遺伝子の網羅的解析
利用小儿骨肉瘤全基因组分析数据综合分析抑癌基因
  • 批准号:
    23K19555
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了