Exploring the genetic marker of M. tuberculosis to predict the transmissibility and latency

探索结核分枝杆菌的遗传标记以预测其传播性和潜伏期

• 批准号: 21K10433
• 负责人: 岩本 朋忠
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Kobe Institute of Health
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K10433/
• 关键词: 結核菌; 全ゲノム解析; 比較ゲノム; 分子疫学; 遺伝系統解析; VNTR遺伝型別; ゲノム; ゲノムワイド関連解析; 結核分子疫学; 遺伝マーカ

結核菌感染後の発病様式を予測する結核菌遺伝マーカーの探索における基盤データとなる遺伝系統間の感染動態の異質性の解明を目指した。神戸市で2016-2018年の3年間に新規登録された培養陽性結核患者の87％をカバーする結核菌550株の全ゲノム解析を行い、Lineage 2の亜株間の感染動態の異質性をゲノムクラスターの形成率、terminal branches length (TBL)分布、および患者背景（年齢、性別、出生国）の側面から評価し、下記の知見を得た。また、本研究により、研究計画時の菌株選定論拠に用いた遺伝型別解析法では同一クローンによる感染拡大を正確に識別することが困難であることが分かった。１）日本固有のL2.2.A亜系統は、主として高齢患者の長期潜伏からの再活性化による発病で占められており、最近の感染伝播による発病は限定的であった。２）世界的な感染拡大株であるL2.2.Modern亜系統は、他の系統よりも若年層や外国生まれの患者との関連が強い。L2.2.ModernのTBL分布は2峰性であり、最近の感染による発病とコミュニティからの頻繁な出入りの2面性を示唆するものであった。感染伝播力の高いL2.2.Modern系統の高齢者への感染拡大を最低限にとどめることが、公衆衛生的な結核対策上の優先事項となる。３）L2.2.AA2、L2.2.AA3.1、L2.2.AA3.2は、異なるSNP閾値で連続的にクラスター率が上昇しており、長期間にわたる連続的な感染が地域内で維持されていることを示唆する。集団における特定のクローン／菌株からの子孫の拡大、すなわち、流行株の拡大という潜在的なリスクとなりうる。

N/med tuberculosis bacterium infection after の others type を 発 disease be す る traces of n/med tuberculosis bacterium 伝 マ ー カ ー の explore に お け る base plate デ ー タ と な る heritage 伝 の infection between system dynamic の heterogeneity の interpret を refers し た. God opens the city で に の 3 years in 2016-2018 new rules login さ れ た culture positive TB patients, 87% の を カ バ ー す る 550 strains of n/med tuberculosis bacterium の full ゲ ノ ム parsing を い, Lineage 2 の 亜 の infection between strain dynamic の heterogeneity を ゲ ノ ム ク ラ ス タ ー の formation rate, terminal branches The distribution of length (TBL), the background of および patients (year 齢, gender, country of birth), the side profile of <s:1> ら, the evaluation of 価 および, the following note, the knowledge and views of を and た. ま た, this study に よ り, research project の strains selected 拠 に with い た heritage type 伝 don't analytic method で は same ク ロ ー ン に よ る infection company, big を に correct identification す る こ と が difficult で あ る こ と が points か っ た. 1) Japan's inherent の L2.2. A は 亜 system, main と し て in patients with high 齢 の long-term latent か ら の again activeness に よ る で 発 disease of め ら れ て お り, に の recently infected 伝 よ る 発 disease は qualified で あ っ た. 2) company な infection of the world's great strain で あ る L2.2. Modern 亜 system は, he の よ り も if years layer や foreign ま れ の patients と の masato even strong が い. L2.2. Modern の TBL distribution は 2 peak sexual で あ り, の recently infected に よ る 発 disease と コ ミ ュ ニ テ ィ か ら の frequent な discrepancy り の 2 facets を in stopping す る も の で あ っ た. High infection 伝 sowing force の い L2.2. Modern system の high 齢 へ の infection company, big を minimalist に と ど め る こ と が, public health policy seaborne な tuberculosis の priorities と な る. 3) L2.2. AA2, L2.2. AA3.1, L2.2 AA3.2 は, different な る SNP threshold numerical で even 続 に ク ラ ス タ ー rate rising が し て お り, long-term に わ た る even 続 な infection で が geographical areas to maintain さ れ て い る こ と を in stopping す る. Set 団 に お け る specific の ク ロ ー ン / strain か ら の sons の company, big, す な わ ち, epidemic strains の company, big と い う potential な リ ス ク と な り う る.

项目成果

結核クラスターの感染伝播予測に対するゲノムデータベース数理モデルの活用

利用基因组数据库数学模型预测结核病聚集性感染传播

• 发表时间: 2023
• 作者: 大西 玲於;重村 克巳;大澤 佳代;梁 英敏;前田 光毅;谷本 啓;大沼 健一郎;中野 雄造;宮良 高維;藤澤 正人;谷本佳彦，有川健太郎，藤山理世，小野綾子，大西南，田丸亜貴，山本香織，吉田志緒美，荻田堅一，岩本朋忠
• 通讯作者: 谷本佳彦，有川健太郎，藤山理世，小野綾子，大西南，田丸亜貴，山本香織，吉田志緒美，荻田堅一，岩本朋忠

結核菌全ゲノム解析によるVNTRクラスターの信頼性の検証

结核分枝杆菌全基因组分析验证VNTR簇的可靠性

• 发表时间: 2021
• 作者: 岩本朋忠;藤山理世;村瀬良朗;御手洗聡;有川健太郎
• 通讯作者: 有川健太郎

比較ゲノム解析による集団感染事例の感染伝播の検討

使用比较基因组分析检查群体感染病例中的感染传播情况

• 发表时间: 2021
• 作者: 山本香織;蒲田脩圭里;米田佳美;永石真知子;小向 潤;吉田英樹;有川健太郎;岩本朋忠;村瀬良朗;御手洗聡;和田崇之
• 通讯作者: 和田崇之

大阪湾岸地域で高頻度に検出されるリファンピシン単独耐性結核菌のゲノム疫学的考察

大阪湾地区多发利福平单耐药结核杆菌的基因组流行病学

• 发表时间: 2022
• 作者: Kaida Yuko;Kanbayashi Daiki;Kurata Takako;Mori Haruyo;岩本朋忠，有川健太郎．田丸亜紀，山本香織，吉田志緒美，藤山理世，楠信也
• 通讯作者: 岩本朋忠，有川健太郎．田丸亜紀，山本香織，吉田志緒美，藤山理世，楠信也

神戸市における外国生まれ結核患者の感染場所の推定

神户市外国出生结核病患者感染地点的推算

• 发表时间: 2021
• 作者: 藤山理世;林朋子;松田真理;楠信也;樋口純子;千原三枝子;伊地智昭浩;有川健太郎;岩本朋忠
• 通讯作者: 岩本朋忠