Exploring the genetic marker of M. tuberculosis to predict the transmissibility and latency

探索结核分枝杆菌的遗传标记以预测其传播性和潜伏期

基本信息

批准号：
21K10433
负责人：
岩本朋忠
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Kobe Institute of Health
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

結核菌感染後の発病様式を予測する結核菌遺伝マーカーの探索における基盤データとなる遺伝系統間の感染動態の異質性の解明を目指した。神戸市で2016-2018年の3年間に新規登録された培養陽性結核患者の87％をカバーする結核菌550株の全ゲノム解析を行い、Lineage 2の亜株間の感染動態の異質性をゲノムクラスターの形成率、terminal branches length (TBL)分布、および患者背景（年齢、性別、出生国）の側面から評価し、下記の知見を得た。また、本研究により、研究計画時の菌株選定論拠に用いた遺伝型別解析法では同一クローンによる感染拡大を正確に識別することが困難であることが分かった。１）日本固有のL2.2.A亜系統は、主として高齢患者の長期潜伏からの再活性化による発病で占められており、最近の感染伝播による発病は限定的であった。２）世界的な感染拡大株であるL2.2.Modern亜系統は、他の系統よりも若年層や外国生まれの患者との関連が強い。L2.2.ModernのTBL分布は2峰性であり、最近の感染による発病とコミュニティからの頻繁な出入りの2面性を示唆するものであった。感染伝播力の高いL2.2.Modern系統の高齢者への感染拡大を最低限にとどめることが、公衆衛生的な結核対策上の優先事項となる。３）L2.2.AA2、L2.2.AA3.1、L2.2.AA3.2は、異なるSNP閾値で連続的にクラスター率が上昇しており、長期間にわたる連続的な感染が地域内で維持されていることを示唆する。集団における特定のクローン／菌株からの子孫の拡大、すなわち、流行株の拡大という潜在的なリスクとなりうる。

我们的目的是阐明遗传系统之间感染动态的异质性，这是寻找结核分枝杆菌遗传标记的基础数据，这些数据预测结核分枝杆菌感染后的发病机理。整个基因组分析在2016年至2018年的三年中，覆盖了科比市新注册培养的阳性结核病患者的550个菌株，覆盖了87％的新注册培养的阳性结核病患者，并且在谱系2 substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substruc- substrouc- 根据基因组簇的形成率，末端分支长度（TBL）分布和患者背景（年龄，性别，出生国）评估，并获得了以下发现。此外，这项研究表明，使用使用基因型分析方法作为选择菌株在研究项目期间选择菌株的基础，很难准确地确定由同一克隆引起的感染的传播。 1）流行的L2.2.A主要是由日本特有的Sublineage，主要是由老年患者长期潜伏期再活化引起的疾病所解释的，最近感染的发作受到限制。 2）L2.2。与其他菌株相比，全球散布菌株现代sublineage与年轻和外国出生的患者更相关。 L2.2的TBL分布是双峰的，这表明最近感染发作和社区频繁摄入的双峰性。通过L2.2.具有较高传播潜力的现代线将感染传播到老年人的传播是结核病公共卫生控制的优先事项。 3）l2.2.aa2，l2.2.aa3.1和l2.2.aa3.2在不同的SNP阈值下连续提高了集群率，这表明该地区内长期连续感染。这可能是人群中特定克隆/海峡的后代扩张的潜在风险，即普遍菌株的扩张。

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

結核クラスターの感染伝播予測に対するゲノムデータベース数理モデルの活用

利用基因组数据库数学模型预测结核病聚集性感染传播

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
大西玲於;重村克巳;大澤佳代;梁英敏;前田光毅;谷本啓;大沼健一郎;中野雄造;宮良高維;藤澤正人;谷本佳彦，有川健太郎，藤山理世，小野綾子，大西南，田丸亜貴，山本香織，吉田志緒美，荻田堅一，岩本朋忠
通讯作者：
谷本佳彦，有川健太郎，藤山理世，小野綾子，大西南，田丸亜貴，山本香織，吉田志緒美，荻田堅一，岩本朋忠

比較ゲノム解析による集団感染事例の感染伝播の検討

使用比较基因组分析检查群体感染病例中的感染传播情况

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
山本香織;蒲田脩圭里;米田佳美;永石真知子;小向潤;吉田英樹;有川健太郎;岩本朋忠;村瀬良朗;御手洗聡;和田崇之
通讯作者：
和田崇之

結核菌全ゲノム解析によるVNTRクラスターの信頼性の検証

结核分枝杆菌全基因组分析验证VNTR簇的可靠性

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
岩本朋忠;藤山理世;村瀬良朗;御手洗聡;有川健太郎
通讯作者：
有川健太郎

大阪湾岸地域で高頻度に検出されるリファンピシン単独耐性結核菌のゲノム疫学的考察

大阪湾地区多发利福平单耐药结核杆菌的基因组流行病学

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kaida Yuko;Kanbayashi Daiki;Kurata Takako;Mori Haruyo;岩本朋忠，有川健太郎．田丸亜紀，山本香織，吉田志緒美，藤山理世，楠信也
通讯作者：
岩本朋忠，有川健太郎．田丸亜紀，山本香織，吉田志緒美，藤山理世，楠信也

神戸市における外国生まれ結核患者の感染場所の推定

神户市外国出生结核病患者感染地点的推算