Comparative phylogeopraphy of river fishes using environmental DNA sequencing

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2022年度は、選定した調査対象河川を夏季に訪問し、環境DNA試料を得る予定だったが、COVID-19大流行の影響で遠距離の出張を見送らざるを得なかったため、結果として環境DNA試料を取得することができなかった。期間中、Molecular Ecology Resources誌に環境DNAを用いた淡水魚の系統地理復元がうまく行ったという日本の研究者による報告(https://doi.org/10.1111/1755-0998.13772)が掲載された。この研究は本研究課題と目的が一致しているため、内容を読んだ上で研究の類似性を検討した。この研究では、狭い分類群(属または近縁2属)ごとに専用のプライマーを開発してデータを取得している点が本研究課題とは大きく異なっている。つまり、研究目的に「少数種の淡水魚の系統地理復元」と「多数種の淡水魚の系統地理復元」という違いがあり、そのため使用する手法に「対象種の専用プライマーによるPCR増幅産物解読」と「種内変異に適した領域と種同定に適した領域を両端に持つPCR増幅産物を作成して解読」という違いがある。したがって、本研究課題が実現を目指している、目や科などの多数の魚種のデータを一度に取得する方法は新規性を失っておらず、本課題の研究は継続するべきだと考えられる。また、データ解析パイプラインの改善に取り組み、シーケンサ内で起きる由来サンプル識別用インデックス配列の入れ替え(インデックスホッピング)の検出を従来よりも高い精度で行うことができるようになった。