Comparative phylogeopraphy of river fishes using environmental DNA sequencing

使用环境 DNA 测序对河流鱼类进行比较系统发育

• 批准号: 20K06782
• 负责人: 田邉 晶史
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06782/
• 关键词: 環境DNA; 系統地理; 魚類

2022年度は、選定した調査対象河川を夏季に訪問し、環境DNA試料を得る予定だったが、COVID-19大流行の影響で遠距離の出張を見送らざるを得なかったため、結果として環境DNA試料を取得することができなかった。期間中、Molecular Ecology Resources誌に環境DNAを用いた淡水魚の系統地理復元がうまく行ったという日本の研究者による報告(https://doi.org/10.1111/1755-0998.13772)が掲載された。この研究は本研究課題と目的が一致しているため、内容を読んだ上で研究の類似性を検討した。この研究では、狭い分類群(属または近縁2属)ごとに専用のプライマーを開発してデータを取得している点が本研究課題とは大きく異なっている。つまり、研究目的に「少数種の淡水魚の系統地理復元」と「多数種の淡水魚の系統地理復元」という違いがあり、そのため使用する手法に「対象種の専用プライマーによるPCR増幅産物解読」と「種内変異に適した領域と種同定に適した領域を両端に持つPCR増幅産物を作成して解読」という違いがある。したがって、本研究課題が実現を目指している、目や科などの多数の魚種のデータを一度に取得する方法は新規性を失っておらず、本課題の研究は継続するべきだと考えられる。また、データ解析パイプラインの改善に取り組み、シーケンサ内で起きる由来サンプル識別用インデックス配列の入れ替え(インデックスホッピング)の検出を従来よりも高い精度で行うことができるようになった。

In 2022, the selected survey was conducted to investigate the impact of the COVID-19 pandemic on environmental DNA samples. A report by Japanese researchers (https://doi.org/10.1111/1755-0998.13772) was published in the journal Molecular Ecology Resources. This study is consistent with the purpose of this study, and similar to the content of this study. The taxa of this study are classified into two genera (genus and genus). The taxa of this study are classified into two genera: genus and genus. The purpose of this study is to "Phylogeographic Reconstruction of a Few Species of Freshwater Fish" and "Phylogeographic Reconstruction of Most Species of Freshwater Fish". This research project is aimed at achieving the objectives of this project, and the methods for obtaining the data of most species in this project are new and innovative. The research of this project is aimed at achieving the objectives of this project. The improvement of the analysis of the information is based on the selection of the group, the origin of the information, the arrangement of the information for identification, the replacement of the information, the detection of the information, the high accuracy of the information, and the selection of the information.

项目成果

アンプリコンシーケンスデータ用の新しいインデックスホッピング検出法

一种新的扩增子序列数据索引跳跃检测方法

• 发表时间: 2022
• 作者: Rozewicki John;Li Songling;Katoh Kazutaka;Standley Daron M.;田辺晶史
• 通讯作者: 田辺晶史

ClaidentとRによる環境DNA「定量」メタバーコーディング分析講座

Claident 和 R 的环境 DNA“定量”元条形码分析课程

• 发表时间: 2021
• 作者: 澤 真歩;福井 眞生子;田辺 晶史
• 通讯作者: 田辺 晶史

ClaidentとRによる環境DNAメタバーコーディング分析講座

Claident 和 R 的环境 DNA 元条形码分析课程

• 发表时间: 2020
• 作者: Szucsich N;U.、Bartel D.、Blanke A.、Boehm A.、Donath A.、Fukui M.、Grove S.;Liu S.、Macek O.、Machida R.、Misof .Bl、Nakagaki Y.、Podsiadlowski L.、Sekiya K.、Tomizuka S.;Von Reumont B.;M.、Waterhouse R. M.、Walzl M.、Meng G.、Zhou X.、Pass G.、Meusemann K.;田辺 晶史
• 通讯作者: 田辺 晶史

イルミナシーケンサーにおけるインデックスホッピングの検出と除去

检测并消除 Illumina 测序仪上的索引跳跃

• 发表时间: 2021
• 作者: Ueda;M.T.;Kryukov;K.;Mitsuhash;S;Mitsuhash;H;Imanishi;T;Nakagawa;S.;Kazutaka Katoh;田辺 晶史
• 通讯作者: 田辺 晶史

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