ゲノミクス系統地理情報を基にした淡水魚類の保全戦略マップの作成

基于基因组系统发育地理学信息创建淡水鱼类保护策略图

• 批准号: 21K14869
• 负责人: 田畑 諒一
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Lake Biwa Museum
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K14869/
• 关键词: 淡水魚; MIG-seq; mtDNA; 系統地理; 遺伝的集団構造; 日本; 東アジア; ゲノミクス; 保全

本研究では、ゲノムワイドな核DNA情報を用いて、日本を中心とした東アジア地域の淡水魚類の多数種を対象にした遺伝的集団構造の把握と保全戦略の策定を検討する。種内における遺伝的に固有な地域集団（遺伝的集団）を把握することは、生物多様性の保全や生物資源の管理には必要不可欠である。申請者はこれまでミトコンドリアDNA （mtDNA）を用いた琵琶湖産魚類を中心とした淡水魚の系統解析や遺伝的集団構造把握、進化生物学的研究を行い、その中で比較のために用いた核ゲノム解析から複数の種における核ゲノムとmtDNAによる遺伝的集団構造での不一致を見出してきた。これまで多くの生物でmtDNAによる分析が行われてきた。そのため、現在、各地で行われている生息域外保全、系統保存がそのデータに基づいており、申請者が見出してきたmtDNAと核ゲノムの不一致から考えれば、地域集団の、ひいては種の絶滅を防ぐためには、核ゲノムデータを用いた真の遺伝的集団構造も加味した保全戦略を策定することが緊急の課題となっている。本年度は、昨年度実施した種の補完的な実験に加えて、新たに複数の種類についてMIG-seq法を用いた系統地理解析および集団遺伝分析を行った。その中には水族館等で継代飼育している個体群の素性が本当に正しいのか、また今後個体群の入れ替えを行う際に元の個体群がきちんと管理されていた個体群（交雑個体が入っていない個体群）かを確かめたものもある。一部種群では、解析が概ね終了したため、順次成果公表に向けての準備に入っている。また、イワナについては、国際学術誌に論文が公表された。

This study で は, ゲ ノ ム ワ イ ド な nuclear DNA intelligence を with い て, Japan を center と し た east ア ジ ア regional の の most kinds of freshwater fish を like に seaborne し た but 伝 set 団 tectonic の grasp と preservation 戦 の draw up slightly を beg す 検 る. Intraspecific に お け る but 伝 に 団 natural な region (but 伝 団) を grasp す る こ と は, biological sex of others more の preservation や の management of biological resources に は need not owe で あ る. Applicant: れまで れまで トコ ドリア ドリアDNA (mtDNA) を い た pipa lake fish を production center と し た freshwater fish の system analytic や but 伝 団 structural grasp, evolutionary biology research を い, そ の で compare の た め に with い た nuclear ゲ ノ ム parsing か ら plural の kind に お け る nuclear ゲ ノ ム と mtDNA に よ る but 伝 set 団 tectonic で の inconsistent を shows し て き た. <s:1> れまで multiple く <s:1> biological でmtDNAによる analysis が rows われて た た た. そ の た め around, now, line で わ れ て い る live outside security, system save が そ の デ ー タ に base づ い て お り, applicants が see し て き た mtDNA と nuclear ゲ ノ ム の inconsistent か ら exam え れ ば, regional set 団 の, ひ い て は kind の extinction を anti ぐ た め に は, nuclear ゲ ノ ム デ ー タ を with い た is の but 伝 set 団 tectonic も flavored し た Security strategy を plan する とが とが emergency response issues となって る る る. は this year and last year be し た の fill out of な be 験 に plus え て, new た に plural の kinds に つ い て を MIG - seq method with い た system geographical parsing お よ び set 団 heritage 伝 line analysis を っ た. In そ の に は aquarium etc で 継 generations rearing し て い る individual group of の primality が に the transgression is し い の か, ま た の individual group into the future for え れ を line う interstate に yuan の individual group of が き ち ん と management さ れ て い た individual group (pay 雑 individual が into っ て い な い individual group か を か indeed め た も の も あ る. At the end of a population で は, parse が almost ね し た た め, progressive results table に to け て の prepare に into っ て い る. Youdaoplaceholder0, ワナに ワナに に て て, に paper in the Journal of International Studies が public form された.

项目成果

滋賀県のミナミメダカにおける遺伝的集団構造とその撹乱

滋贺县南部青鳉遗传种群结构及其扰动

• 发表时间: 2021
• 作者: Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木 剛・富永浩史・中島 淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;国松翔太・山﨑 曜・田畑諒一・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;田畑諒一・鵜飼菜香・金尾滋史・大槻達郎
• 通讯作者: 田畑諒一・鵜飼菜香・金尾滋史・大槻達郎

ゲノムワイドデータに基づく琵琶湖周辺のシマドジョウ属の遺伝的集団構造

基于全基因组数据的琵琶湖周围Shimadojo属的遗传种群结构

• 发表时间: 2022
• 作者: Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木 剛・富永浩史・中島 淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;国松翔太・山﨑 曜・田畑諒一・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏
• 通讯作者: 三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏

日本に広域分布するコイ科魚類3種の比較系統地理と遺伝子流動パターン

日本广泛分布的三种鲤鱼的系统发育地理学和基因流模式比较

• 发表时间: 2022
• 作者: Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木 剛・富永浩史・中島 淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏
• 通讯作者: アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏

シロヒレタビラの遺伝的集団構造

白鳍金枪鱼的遗传种群结构

• 发表时间: 2021
• 作者: 伊藤玄;小山直人;野口亮太;田畑諒一;川瀬成吾;北村淳一;古屋康則
• 通讯作者: 古屋康則

分布重複域におけるニゴイとコウライニゴイの遺伝的隔離と遺伝子流動

重叠分布区日本鲤鱼和日本鲤鱼的遗传分离和基因流动

• 发表时间: 2022
• 作者: 田畑諒一;福家悠介;川瀬成吾;Kim Sang-Ki;佐々木剛;富永浩史;中島淳;半澤直人;日比野友亮;渡辺勝敏
• 通讯作者: 渡辺勝敏