ゲノミクス系統地理情報を基にした淡水魚類の保全戦略マップの作成

基于基因组系统发育地理学信息创建淡水鱼类保护策略图

基本信息

批准号：
21K14869
负责人：
田畑諒一
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Lake Biwa Museum
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K14869/
关键词：
淡水魚 MIG-seq mtDNA 系統地理遺伝的集団構造日本東アジアゲノミクス保全

项目摘要

本研究では、ゲノムワイドな核DNA情報を用いて、日本を中心とした東アジア地域の淡水魚類の多数種を対象にした遺伝的集団構造の把握と保全戦略の策定を検討する。種内における遺伝的に固有な地域集団（遺伝的集団）を把握することは、生物多様性の保全や生物資源の管理には必要不可欠である。申請者はこれまでミトコンドリアDNA （mtDNA）を用いた琵琶湖産魚類を中心とした淡水魚の系統解析や遺伝的集団構造把握、進化生物学的研究を行い、その中で比較のために用いた核ゲノム解析から複数の種における核ゲノムとmtDNAによる遺伝的集団構造での不一致を見出してきた。これまで多くの生物でmtDNAによる分析が行われてきた。そのため、現在、各地で行われている生息域外保全、系統保存がそのデータに基づいており、申請者が見出してきたmtDNAと核ゲノムの不一致から考えれば、地域集団の、ひいては種の絶滅を防ぐためには、核ゲノムデータを用いた真の遺伝的集団構造も加味した保全戦略を策定することが緊急の課題となっている。本年度は、昨年度実施した種の補完的な実験に加えて、新たに複数の種類についてMIG-seq法を用いた系統地理解析および集団遺伝分析を行った。その中には水族館等で継代飼育している個体群の素性が本当に正しいのか、また今後個体群の入れ替えを行う際に元の個体群がきちんと管理されていた個体群（交雑個体が入っていない個体群）かを確かめたものもある。一部種群では、解析が概ね終了したため、順次成果公表に向けての準備に入っている。また、イワナについては、国際学術誌に論文が公表された。

这项研究将使用全基因组核DNA信息来研究对东亚许多淡水鱼类的遗传种群结构和保护策略的理解。了解物种中遗传流行的局部人群（遗传种群）对于保护生物多样性和管理生物资源至关重要。申请人先前已经对淡水鱼类进行了系统发育分析，主要是使用线粒体DNA（mtDNA），掌握遗传种群结构和进化生物学研究的淡水鱼类，并发现了用于比较的核基因组中的多种物种中的核基因组和mtDNA之间的差异。到目前为止，在许多生物体中都进行了MTDNA分析。因此，目前在各个区域执行的数据基于数据，并考虑了申请人发现的mtDNA和核基因组之间的不一致性，以防止局部人群灭绝，而物种又是一个紧迫的问题，是一种制定一种使用核基因数据的真实遗传人群结构的保护策略。除了去年进行的物种的互补实验外，我们还使用MIG-SEQ方法对几种新物种进行了植物地理学分析和种群遗传分析。已经检查了其中的一些，以查看在水族馆和其他地方被传递的人群的身份是否真的正确，以及在未来改变人口时（不包含交叉个人的人口）时，原始人口是否得到了正确管理。对于某些物种群体，分析通常已经完成，因此正在做准备，以便将结果彼此发布。此外，关于Char的论文发表在国际学术期刊上。

项目成果

期刊论文数量（12）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

滋賀県のミナミメダカにおける遺伝的集団構造とその撹乱

滋贺县南部青鳉遗传种群结构及其扰动

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木　剛・富永浩史・中島　淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;国松翔太・山﨑　曜・田畑諒一・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;田畑諒一・鵜飼菜香・金尾滋史・大槻達郎
通讯作者：
田畑諒一・鵜飼菜香・金尾滋史・大槻達郎

ゲノムワイドデータに基づく琵琶湖周辺のシマドジョウ属の遺伝的集団構造

基于全基因组数据的琵琶湖周围Shimadojo属的遗传种群结构

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木　剛・富永浩史・中島　淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;国松翔太・山﨑　曜・田畑諒一・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏
通讯作者：
三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏

日本に広域分布するコイ科魚類3種の比較系統地理と遺伝子流動パターン

日本广泛分布的三种鲤鱼的系统发育地理学和基因流模式比较

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yamamoto Shoichiro;Morita Kentaro;Kitano Satoshi;Tabata Ryoichi;Watanabe Katsutoshi;Maekawa Koji;田畑諒一・福家悠介・川瀬成吾・KIMSang-Ki・佐々木　剛・富永浩史・中島　淳・半澤直人・日比野友亮・渡辺勝敏;三内悠吾・田畑諒一・富永浩史・北川忠生・渡辺勝敏;アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏
通讯作者：
アジマン優仁・田畑諒一・富永浩史・渡辺勝敏

分布重複域におけるニゴイとコウライニゴイの遺伝的隔離と遺伝子流動

重叠分布区日本鲤鱼和日本鲤鱼的遗传分离和基因流动