Molecular mechanisms for resistance to kinase inhibitors in soft tisuue sarcomas

染色体非転座型の肉腫検体から得られたRNAシークエンスデータを解析し、従来は融合遺伝子陰性腫瘍とされてきた肉腫の中に相当数（15%程度）のチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子を有するものが存在することを見出した。多くはout-of-frameであったが、一部はin-frame fusionであったことから、融合遺伝子形成に繋がる染色体転座という現象は実際のところかなり多くの肉腫で起こっていることが推察された。一方、in-frame fusionについては、RT-PCRによる融合遺伝子の確認とともに融合遺伝子に含まれるチロシンキナーゼ受容体のタンパク質発現を免疫染色でも確認することが出来た。これらのチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子については、一部について機能解析も行い、腫瘍形成能やチロシンキナーゼ阻害剤による抗腫瘍効果についても確認した。研究成果の一部は学術論文として投稿中である。また一方で、チロシンキナーゼ受容体に対する有用な免疫染色抗体がないため見過ごされていたが、前年度までの研究により肉腫にもチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子腫瘍が潜んでいる可能性が示唆された。今年度はチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子の効率的な検出方法について探索し、その１つにNanoStringを用いたRNAレベルでの遺伝子発現不均衡解析を試みた。これはチロシンキナーゼ受容体遺伝子の5'-サイドと3'-サイドに各々プローブ設定を行い、その発現量の違いを調べることから融合遺伝子形成の可能性を探索するものであるが、融合遺伝子形成の多様性からこの解析方法では検出出来ないような例や偽陽性となってくる症例もかなりあることもわかり、融合遺伝子形成の最終産物としての免疫染色による検出方法に加え、遺伝子発現不均衡解析にもプローブ設定の位置や数について次年度に向けて修正を加えていく必要性を感じている。

染色体非転座型の肉腫検体から得られたRNAシークエンスデータを解析し、従来は融合遺伝子陰性腫瘍とされてきた肉腫の中に相当数（15%程度）のチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子を有するものが存在することを見出した。多くはout-of-frameであったが、一部はin-frame fusionであったことから、融合遺伝子形成に繋がる染色体転座という現象は実際のところかなり多くの肉腫で起こっていることが推察された。一方、in-frame fusionについては、RT-PCRによる融合遺伝子の確認とともに融合遺伝子に含まれるチロシンキナーゼ受容体のタンパク質発現を免疫染色でも確認することが出来た。これらのチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子については、一部について機能解析も行い、腫瘍形成能やチロシンキナーゼ阻害剤による抗腫瘍効果についても確認した。研究成果の一部は学術論文として投稿中である。また一方で、チロシンキナーゼ受容体に対する有用な免疫染色抗体がないため見過ごされていたが、前年度までの研究により肉腫にもチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子腫瘍が潜んでいる可能性が示唆された。今年度はチロシンキナーゼ受容体を含む融合遺伝子の効率的な検出方法について探索し、その１つにNanoStringを用いたRNAレベルでの遺伝子発現不均衡解析を試みた。これはチロシンキナーゼ受容体遺伝子の5'-サイドと3'-サイドに各々プローブ設定を行い、その発現量の違いを調べることから融合遺伝子形成の可能性を探索するものであるが、融合遺伝子形成の多様性からこの解析方法では検出出来ないような例や偽陽性となってくる症例もかなりあることもわかり、融合遺伝子形成の最終産物としての免疫染色による検出方法に加え、遺伝子発現不均衡解析にもプローブ設定の位置や数について次年度に向けて修正を加えていく必要性を感じている。