Quantifying and clarifying gene regulatory structure from single-cell level data
Quantifying and clarifying gene regulatory structure from single-cell level data
从单细胞水平数据量化和阐明基因调控结构
批准号：
20K14361
负责人：
飯田 渓太
金额：
$2.58万
依托单位：
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
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英文摘要
2022年度は、遺伝子発現の確率モデルの生物パラメータの推定問題に取り組み、原核生物および真核生物のシングルセル遺伝子発現データから、分子の崩壊係数以外のすべてのモデルパラメータ（転写のオンオフの遷移確率、最大転写効率、転写バーストサイズ）をロバストに同時推定する方法を開発した。これまでは、転写のオンオフの遷移確率のみが推定の対象であったが、この方法では最大転写効率などが公開データなどから事前にわかっている遺伝子にしか適用できなかった。そこで、ベイズ事前確率を導入し、さらにモデルパラメータに細胞間での多様性を考慮することで、事前知識の必要性を大幅に緩和することができた。その結果、従来以上の推定精度を実現することができ、確率モデルとパラメータ推定法の汎用性が向上した。今後は、単一細胞RNAシークエンスや空間トランスクリプトームなどの網羅的な遺伝子発現データからも生物パラメータを推定する問題に挑戦する。
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記号学と数理情報科学にもとづく遺伝子発現データの多層解析
基于符号学和数学信息科学的基因表达数据多层次分析
基于符号学和数学信息科学的基因表达数据多层次分析
DOI：
--
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
作者：
[今倉 暁, 保國 惠一, 高安 亮紀, 三浦達哉, 岡本葵, 飯田渓太]
通讯作者：
飯田渓太
遺伝子発現の１細胞データ解析
基因表达的单细胞数据分析
基因表达的单细胞数据分析
DOI：
--
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Yi-Shu Du, Ken Hayami, Ning Zheng, Keiichi Morikuni, Jun-Feng Yin, 岡本葵，Tadahiro Oh，Leonardo Tolomeo, Liu Yikan, 飯田 渓太]
通讯作者：
飯田 渓太
一般超幾何関数を用いた遺伝子発現モデルの解析
使用一般超几何函数分析基因表达模型
使用一般超几何函数分析基因表达模型
DOI：
--
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Shinpei Imori, Dietrich von Rosen, Ryoya Oda, Hiroyuki Sato, 飯田渓太]
通讯作者：
飯田渓太
生体の科学 2023年 4月号 特集 未病の科学
生物科学 2023 年 4 月专题：症状前疾病的科学
生物科学 2023 年 4 月专题：症状前疾病的科学
DOI：
--
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
作者：
[van Meurs Patrick, Tanaka Ken'ichiro, 保國 惠一, 若生将史, 飯田 渓太]
通讯作者：
飯田 渓太
遺伝子発現調節の確率モデリングとパラメータ推定
基因表达调控的随机建模和参数估计
基因表达调控的随机建模和参数估计
DOI：
--
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
作者：
[K. Furukawa, Y. Giga, M. Hieber, A. Hussein, T. Kashiwabara and M. Wrona, Mamoru Okamoto, 飯田 渓太]
通讯作者：
飯田 渓太
共 8 条
遺伝子発現解析によるマウス胎仔低酸素バイオマーカーの探索
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批准号：15K19648
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项目类别：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额：$2.58万
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财政年份：2015
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负责人：飯田 渓太
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依托单位：
海外基金