遺伝子発現解析によるマウス胎仔低酸素バイオマーカーの探索

通过基因表达分析寻找小鼠胎儿缺氧生物标志物

• 批准号: 15K19648
• 负责人: 飯田 渓太
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2015
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2015-04-01 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15K19648/
• 关键词: cell-free DNA; 低酸素ストレス; 遺伝子発現解析; 血液サンプル採取; 遺伝子発現ライブラリ作成

本研究の目的は、低酸素ストレスによる胎児脳出血の発症機序を解明するため、発症前から発症過程におけるマウス胎仔低酸素バイオマーカーを発見することである。その手段として、正常モデルマウス群（N群）、脳出血モデルマウス群(J群)、および慢性低酸素負荷群（H群）の網羅的遺伝子発現解析と、それによる母体血中の胎仔由来cell-free DNAの同定を行う予定である。平成27年度は、胎仔由来cell-free DNA採取のため、先行研究に倣い、正常胎盤、妊娠マウス母獣血液、産褥マウス母獣血液を採取した。採取方法、採取時期については研究代表者と協力者間で協議の上、決定した。また、段階的低酸素負荷による胎仔由来cell-free DNAの発現変化（と胎仔の状態）から虚血低酸素のバイオマーカーを発見するための準備として、低酸素に対する急性反応と慢性反応を区別して評価するためのシステムを構築した。他方、システム生物学関連の研究会に参加し情報収集を行うことで、遺伝子発現解析のための理論構築にも取り掛かった。しかし、27年度の前半、研究代表者の人事異動があったため、研究の実務的な着手が遅れた点も報告する。平成28年度前半は、N、J、H群の遺伝子発現ライブラリ作成のため、胎仔脳および母獣血を採取し、組織由来RNAおよび母獣血中cell-free DNAを抽出する段階まで実施した。しかし、年度の後半、再び研究代表者の人事異動があったため、研究時間の確保が極めて困難となった。そこで、28年度後半は、27年度に作成した遺伝子発現解析のための理論構築をさらに進め、発現量のばらつき、および細胞数を考慮した新規数理モデルを構築した。このモデルにより、従来の回帰分析などの統計学的手法に加え、分散の程度から遺伝子発現ネットワークを推定するアイディアを得ることができた。今後は実験との比較を行いたいと考えている。

The aim of this study was to understand the pathogenesis of fetal hemorrhage before and after hypoacidemia. The identification of fetal derived cell-free DNA in maternal blood was determined by the analysis of gene expression in groups N, J, H and C. In 2007, cell-free DNA samples were collected from fetuses, normal placentas, pregnant women's blood, and puerperium. Method, time, research, cooperation, agreement, decision The development of fetal cell-free DNA in the presence of hypoxemia and hypoxemia is a critical component of the development of acute and chronic reactions. Other parties and organizations participate in the study of biological relations, information collection, genetic analysis and theoretical construction. In the first half of 2017, the personnel changes of research representatives and the commencement of research work were reported. In the first half of 2008, the gene expression of the N, J, H groups was developed, the fetal DNA and maternal blood samples were collected, and the cell-free DNA from the tissue and maternal blood samples was extracted. The second half of the year, the personnel changes of the research representative, the research time and the guarantee of the extremely difficult. In the second half of 2018 and 2017, the theoretical construction of the discovery analysis of the gene was carried out, and the number of cells was considered. The statistical method of analysis of the data and the results of the analysis is to increase the degree of dispersion, to estimate the occurrence of the data and to obtain the results. In the future, we'll compare them.

项目成果

Complex systems found in life systems

生命系统中发现的复杂系统

• 发表时间: 2016
• 作者: Dousatsu Sakata;Akihiro Haga;Satoshi Kida;and Yoshitaka Masutani;Keita Iida and Yoshitaka Kimura
• 通讯作者: Keita Iida and Yoshitaka Kimura