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山地性トカゲ類の進化・集団動態から迫る熱帯の高い種多様性と過去の気候変動の関係性

山地蜥蜴的进化和种群动态揭示了热带地区高物种多样性与过去气候变化之间的关系

基本信息

批准号：
20K15869
负责人：
栗田隆気
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Natural History Museum and Institute, Chiba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

標高による種分化ならびに地球規模での気候変動が熱帯域において高い種多様性を創出した要因になっているのではないかという仮説を検討するために、熱帯地方の低地から高地にかけて複数の種が生息するトカゲ類をモデルに、過去の集団動態を解明することが本課題の主目的である。令和４年度はアガマ科トビトカゲ亜科のトカゲ類であるPelturagonia属の全ゲノム解析を実施した。マレーシア領サバ州およびサラワク州の標高1200m以上の高地にのみ生息する２種３個体について、ショートリードシーケンサーを用いてホールゲノムショットガンデータを取得し、現段階では仮ではあるがゲノムアセンブリを行ってドラフトゲノムを構築した。500塩基対以上のコンティグに限定すると約18億塩基対、コンティグ数約74万本、N50が4227塩基対となった。また、BUSCOによるドラフトゲノム完成度評価として、完全長が得られた遺伝子座は27.6%、断片化した遺伝子座は27.9%、検出できなかった遺伝子座は44.6%となり、現段階では完成度はそれほど高くない状態となった。この点については今後ロングリードシーケンサーから出力されたデータとショートリードデータを合わせて解析することにより飛躍的に改善すると考えられるため、令和５年度はドラフトゲノムの質の向上と、今回ショートリードデータを取得したPelturagonia属トカゲ類２種データからゲノムワイドな一塩基多型データを取得して、それらに基づいた集団動態解析を実施する予定である。

The main purpose of this project is to investigate the climate change of species differentiation and earth-scale, the diversity of species in the hot zone, the main causes of the diversity of species in the hot zone, the lowland and the highland, the diversity of species in the past and the explanation of the collective dynamics of species in the past. In the fourth year of the year, the Pelturagonia family was analyzed and implemented. In the highlands above 1200m in elevation, there are two kinds of living space, three kinds of living space and three kinds of living space. About 1.8 billion U.S. dollars were spent in the first half of this year, and about 740,000 U.S. dollars were spent in the second half of this year. In addition, BUSCO's completion rating is 27.6% for complete length, 27.9% for fragmentation, 44.6% for detection, and 47.6% for current level. In the future, the Pelturagonia family will have two kinds of output, one kind of output and one kind of multi-type output, and the other kind of output will have two kinds of output and one kind of multi-type output. The group dynamics analysis is performed according to a predetermined set of parameters.