山地性トカゲ類の進化・集団動態から迫る熱帯の高い種多様性と過去の気候変動の関係性

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標高による種分化ならびに地球規模での気候変動が熱帯域において高い種多様性を創出した要因になっているのではないかという仮説を検討するために、熱帯地方の低地から高地にかけて複数の種が生息するトカゲ類をモデルに、過去の集団動態を解明することが本課題の主目的である。令和４年度はアガマ科トビトカゲ亜科のトカゲ類であるPelturagonia属の全ゲノム解析を実施した。マレーシア領サバ州およびサラワク州の標高1200m以上の高地にのみ生息する２種３個体について、ショートリードシーケンサーを用いてホールゲノムショットガンデータを取得し、現段階では仮ではあるがゲノムアセンブリを行ってドラフトゲノムを構築した。500塩基対以上のコンティグに限定すると約18億塩基対、コンティグ数約74万本、N50が4227塩基対となった。また、BUSCOによるドラフトゲノム完成度評価として、完全長が得られた遺伝子座は27.6%、断片化した遺伝子座は27.9%、検出できなかった遺伝子座は44.6%となり、現段階では完成度はそれほど高くない状態となった。この点については今後ロングリードシーケンサーから出力されたデータとショートリードデータを合わせて解析することにより飛躍的に改善すると考えられるため、令和５年度はドラフトゲノムの質の向上と、今回ショートリードデータを取得したPelturagonia属トカゲ類２種データからゲノムワイドな一塩基多型データを取得して、それらに基づいた集団動態解析を実施する予定である。