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肺腺癌におけるドライバー遺伝子変異ごとの核異型と細胞像の特徴の解明

肺腺癌各驱动基因突变的核异型性和细胞图像特征的阐明

基本信息

批准号：
20K17738
负责人：
小林さやか
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Gunma University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K17738/
关键词：
肺腺癌細胞株 RNA抽出 micro RNA EGFR遺伝子変異 KRAS遺伝子変異フォイルゲン染色エメリンの免疫染色ラミンAの免疫染色画像解析核所見の連続変数データ各種種蛋白発現の陽性率ラミンB1の免疫染色臨床病理学的所見各種蛋白発現の陽性率核の形状変化ドライバー遺伝子異常

项目摘要

本研究の目的は、肺腺癌組織切除検体から遺伝子異常を検索し、遺伝子異常ごとの核の形状の特徴を画像解析手法によって明らかにすることである。補助事業期間延長承認申請および昨年度の研究実施状況報告書の研究の推進方策では、令和4年度前半にホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）ブロックからのDNA抽出、EGFR, KRAS遺伝子の変異部位を遺伝子増幅させ、その増幅産物から塩基配列を決定させ、両遺伝子の変異配列の有無を検索する計画であった。しかしEGFR, KRAS遺伝子変異の有無をある種のmicro RNAの発現量により予測することが可能であるという論文を発見し、当初計画の手技は比較的煩雑で時間も長く要することから、当初の手技ではなくmicro RNAによる両遺伝子変異の予測によって対象症例を変異群と非変異群に分類し画像解析結果の対比を行うこととした。そこで、まず当研究室が所有する肺腺癌細胞株9株のうち、EGFR, KRAS変異が不明である7株についてRNA抽出し、シークエンスの受託サービスにより両遺伝子変異の有無を検索した。これにより変異状態が不明であった細胞株の変異状態が明らかとなり、これらの細胞株を用いてmicro RNAの発現量が両遺伝子変異状態を反映しているか確認できるため意義深い。またこれらの細胞株を用いてmicro RNAの抽出法も検討し決定した。そして現在、両遺伝子の変異状態が明らかとなった細胞においてmiR-1253, 504, 26a-5p, 21, 594-5p, 594-3pの発現量を検索している。これらのmicro RNAの候補は、EGFR、KRAS遺伝子の変異状態を反映している可能性があるため、細胞株で両遺伝子の変異状態を反映していることが確認できれば、FFPEブロックを対象とした両遺伝子変異の検索の結果に信頼性が増すため意義深い。

The purpose of this study is to identify the abnormal features of lung adenocarcinoma tissue resection, to analyze the abnormal features of lung tissue, and to analyze the characteristics of lung tissue. The grant period extension application and the research implementation status report for the previous year were reviewed in the first half of 2004. The DNA extraction, EGFR, KRAS gene diversity site, gene amplification, gene base alignment, and gene diversity alignment were determined. For EGFR, KRAS gene variants, the presence or absence of microRNA species, the prediction of microRNA production, and the comparison of microRNA gene variants, the comparison of microRNA gene variants, and the comparison of microRNA gene variants, the comparison of microRNA gene variants, and the comparison of image analysis results. 9 lung adenocarcinoma cell lines in our laboratory were identified for EGFR, KRAS, and 7 for RNA extraction, EGFR, and KRAS. The expression of micro RNA in the cell line is reflected in the different status of the cell line. The cell lines were determined by microRNA extraction. The expression of miR-1253, 504, 26a-5p, 21, 594- 5p, 594- 3p was detected in different cell states. The possibility of reflecting the variant status of microRNA candidates, EGFR and KRAS genes, the possibility of reflecting the variant status of microRNA candidates, the possibility of confirming the variant status of microRNA candidates, the possibility of FFPE candidates reflecting the variant status of microRNA candidates, the possibility of FFPE candidates reflecting the variant status of FFPE candidates reflecting the variant