Analysis of one morecule RNA methylation in HNSCC

DNAメチル化などの塩基修飾が癌化機構など多様な影響を与えることが広く認識されている。なかでも次世代シークエンサーの登場で近年分子生物学が発展し、RNA領域におけるエピトランスクリプトーム研究は広がりを見せている。我々はこれまで頭頸部癌において、腫瘍・正常検体を用いDNAメチル化を特に研究してきた。最近は、蛍光法を使ったRNAメチル化解析に取り組んだ。蛍光m6A測定法(EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit; Epigentek Group Inc.)にて頭頸部癌では癌部でm6A比率が高く、高m6A比率群は予後不良である結果を得ることができた。さらに、関連遺伝子群の解析及びノックダウン頭頸部癌細胞株を作成済みである。RNA修飾に関しての研究はまだ発展途上の分野である。我々は、頭頸部癌におけるRNA修飾に関して先駆的研究グループである。さらなる次世代とよばれるナノポアシークエンサーは、酵素反応を必要とせず、さらにcDNAを経ず、RNAそのものが直接１分子ごとにナノ孔を通過する際に生じる微弱な電流を計測することで塩基分子を識別することが可能である。今回我々はRNAを直接測定することでRNA修飾を損なわずに行え、ナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立（Direct RNA-seq）を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見を蓄積していきたい。本研究は、RNAを直接測定することでRNA修飾を損なわず、1分子ごと効率的に識別できるナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見蓄積を目的としている。

DNAメチル化などの塩基修飾が癌化機構など多様な影響を与えることが広く認識されている。なかでも次世代シークエンサーの登場で近年分子生物学が発展し、RNA領域におけるエピトランスクリプトーム研究は広がりを見せている。我々はこれまで頭頸部癌において、腫瘍・正常検体を用いDNAメチル化を特に研究してきた。最近は、蛍光法を使ったRNAメチル化解析に取り組んだ。蛍光m6A測定法(EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit; Epigentek Group Inc.)にて頭頸部癌では癌部でm6A比率が高く、高m6A比率群は予後不良である結果を得ることができた。さらに、関連遺伝子群の解析及びノックダウン頭頸部癌細胞株を作成済みである。RNA修飾に関しての研究はまだ発展途上の分野である。我々は、頭頸部癌におけるRNA修飾に関して先駆的研究グループである。さらなる次世代とよばれるナノポアシークエンサーは、酵素反応を必要とせず、さらにcDNAを経ず、RNAそのものが直接１分子ごとにナノ孔を通過する際に生じる微弱な電流を計測することで塩基分子を識別することが可能である。今回我々はRNAを直接測定することでRNA修飾を損なわずに行え、ナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立（Direct RNA-seq）を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見を蓄積していきたい。本研究は、RNAを直接測定することでRNA修飾を損なわず、1分子ごと効率的に識別できるナノポアシークエンサーを使用したRNAメチル化解析法の確立を行い、よりRNA修飾の実態にそった頭頸部癌におけるRNAメチル化と癌化機構についての知見蓄積を目的としている。