進化系統学的分類を用いたE. albertiiの同定法確立及び感染経路解明の研究

建立艾氏艾伯氏菌鉴定方法及进化系统发育分类阐明感染途径的研究

• 批准号: 20K18920
• 负责人: 平井 晋一郎
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: National Institute of Infectious Diseases
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K18920/
• 关键词: E. albertii; 遺伝子型別法; 全ゲノム解析; Escherichia albertii; 進化系統に基づく集団; 同定法の開発; 感染経路の推定

令和4年度は、大腸菌で実用化されている幾つかの遺伝子型別（①～④）を用いてEscherichia albertiiを解析し、令和5年度も引き続き、その結果に基づいたGroupingを進めている。①Multilocus sequence typingの解析対象となるHouse keeping遺伝子の塩基配列が、大腸菌とE. albertiiで大きく異なっており、各遺伝子をコードに変換できなかった。そこで、菌株間での塩基配列比較により一塩基多型を抽出した後、系統樹を作成することで対応した。②指標遺伝子を利用した系統分類、及び③病原因子遺伝子の保有状況に基づく型別については、解析対象の遺伝子の大部分が大腸菌と相同性が低かったため、PCR法プライマーの再設計及び反応条件の変更を行った。④O-genotypingについては、供試菌株の半数以上が何らかのO血清型に型別された。PCR法を用いたリポ多糖コア領域の型別も試みたが、解析系が上手く機能せずに断念した。一方で、遺伝子型別によるGroupingと並行して生化学性状試験を実施している。今後、各Groupに特異的な遺伝子の組み合わせ、及び共通する生化学性状の発見を目指す。

In the fourth year, Escherichia coli was used to analyze the sub-types (①~④) of Escherichia albertii, and in the fifth year, Escherichia coli was used to analyze the sub-types. (1) Multifocus sequence typing analysis target: House keeping gene base alignment, E. coli, E. coli. Alberti A comparison of gene alignment between strains is made by extracting multiple types and constructing phylogenetic trees. (2) Systematic classification of target genes, and (3) Basic classification of pathogen genes, analysis of most of the target genes, and redesigning of PCR and reverse transcription conditions. 4. O-genotyping is the most common type of O-genotype. More than half of the tested strains are O-genotype. PCR method is used to detect the type of polysaccharide in the field, and the analysis system is used to detect the type of polysaccharide. A side, a genetic sub-type, a Grouping, and a biochemical trait test. In the future, the development of group-specific genetic groups and common biochemical traits will be indicated.