進化系統学的分類を用いたE. albertiiの同定法確立及び感染経路解明の研究

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令和4年度は、大腸菌で実用化されている幾つかの遺伝子型別（①～④）を用いてEscherichia albertiiを解析し、令和5年度も引き続き、その結果に基づいたGroupingを進めている。①Multilocus sequence typingの解析対象となるHouse keeping遺伝子の塩基配列が、大腸菌とE. albertiiで大きく異なっており、各遺伝子をコードに変換できなかった。そこで、菌株間での塩基配列比較により一塩基多型を抽出した後、系統樹を作成することで対応した。②指標遺伝子を利用した系統分類、及び③病原因子遺伝子の保有状況に基づく型別については、解析対象の遺伝子の大部分が大腸菌と相同性が低かったため、PCR法プライマーの再設計及び反応条件の変更を行った。④O-genotypingについては、供試菌株の半数以上が何らかのO血清型に型別された。PCR法を用いたリポ多糖コア領域の型別も試みたが、解析系が上手く機能せずに断念した。一方で、遺伝子型別によるGroupingと並行して生化学性状試験を実施している。今後、各Groupに特異的な遺伝子の組み合わせ、及び共通する生化学性状の発見を目指す。