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ナノポアDNAシーケンサーを応用したハイスループット結核菌遺伝子型別法の開発

利用纳米孔DNA测序仪开发高通量结核分枝杆菌基因分型方法

基本信息

批准号：
21K12721
负责人：
村瀬良朗
金额：
$ 2.66万
依托单位：
公益財団法人結核予防会結核研究所
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

従来の結核菌遺伝子型別法(VNTR法)では、施設間で使用する解析装置に違いがあり、データの精度保証が難しい、多検体処理が困難なため低コスト化が難しい、菌株識別能が不十分である、などの課題がある。これらの課題を克服するため、一度に複数菌株のVNTR分析を簡便かつ安価に実施するための手法を確立する。2年目は、本研究課題の目的であるナノポア・VNTR法の確立を目指して、菌株選定、ゲノムDNA精製、ナノポア・シーケンス、ナノポア・VNTR法の評価を行った。菌株については、当初の研究目的に加えて薬剤感受性予測を同時に実施することを考慮し、多剤耐性結核菌を中心とした96株を選定した。これらについて、昨年度に確立されたナノポア・シークエンスに適したゲノムDNAの精製を行った。ナノポア・シークエンスについては、シークエンス精度が改善されたR10.4.1フローセルを用いたランを実施し、96株のデータ取得を完了した。ナノポア・VNTR法の評価については、従来法とナノポア・VNTR法の一致率を比較することで実施した。本邦あるいは国際的に使用されている32VNTR領域のうちの27領域の一致率は100%であり、5領域では一致率が81.4%から98.8%であった。2年目は、本研究で必要とされる大半のデータ取得を完了した。3年目は、2年目に取得されたデータについて詳細な解析を進め、ナノポア・VNTR法の精度向上とナノポア・シークエンスに基づく薬剤感受性予測精度の評価を実施する予定である。

The VNTR method has been used in the analysis equipment during the implementation period. It is difficult to ensure the accuracy of the analysis equipment. It is difficult to handle multiple samples. It is difficult to reduce the accuracy of the analysis equipment. It is difficult to identify strains. The problem of VNTR analysis of multiple strains was solved, and the method of VNTR analysis was established. In 2002, the purpose of this research project was to establish the VNTR method, select strains, purify DNA, evaluate the VNTR method. 96 strains of multiple-resistant TB were selected for the purpose of predicting their susceptibility. This is the first time that we've established a DNA purification system. The accuracy of the test was improved by R10.4.1 and 96 strains were obtained. The evaluation of the VNTR method and the comparison of the agreement rate of the VNTR method are carried out. The agreement rate of 27 fields in the VNTR field is 100% and that of 5 fields is 81.4% and 98.8% respectively. 2 years, this study is necessary to complete most of the research. The accuracy of the VNTR method is improved, and the accuracy of the sensitivity prediction is evaluated.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

In vitro activity of tedizolid and linezolid against multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis: a comparative study using microdilution broth assay and genomics

DOI：
10.1016/j.diagmicrobio.2022.115714
发表时间：
2022-05-18
期刊：
DIAGNOSTIC MICROBIOLOGY AND INFECTIOUS DISEASE
影响因子：
2.9
作者：
Aono, Akio;Murase, Yoshiro;Mitarai, Satoshi
通讯作者：
Mitarai, Satoshi

Non-amplification nucleic acid detection with thio-NAD cycling

使用硫代 NAD 循环进行非扩增核酸检测

DOI：
10.1016/j.mimet.2022.106647
发表时间：
2023
期刊：
Journal of Microbiological Methods
影响因子：
2.2
作者：
Yamura Sou;Kawada Naoki;Yamakado Shinnosuke;Kyosei Yuta;Watabe Satoshi;Yoshimura Teruki;Murase Yoshiro;Mitarai Satoshi;Ito Etsuro
通讯作者：
Ito Etsuro

抗酸菌DNAクロロホルムビーズ破砕抽出法におけるビーズ径の影響

珠粒直径对抗酸菌DNA氯仿珠粉碎提取方法的影响