分裂酵母とヒトの３Ｄゲノム構造とその形成機構の解明

阐明裂殖酵母和人类的3D基因组结构及其形成机制

• 批准号: 20K23376
• 负责人: 野間 健一
• 金额: $ 35.69万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Home-Returning Researcher Development Research)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-02-18 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K23376/
• 关键词: 3Dゲノム構造; クロマチンドメイン; 分裂酵母; 細胞老化; 転写制御; ゲノミクス; コンデンシン; ヒト

【課題 ① 分裂酵母ゲノムのドメイン構造とその形成機構の解明】in situ Hi-C実験を行い、これまでの検出限界を超える超高解像度の3Dゲノム構造情報を獲得した。また、その結果を解析し、数kbの非常に小さいクロマチンドメイン構造(遺伝子ドメイン)を検出した(投稿準備中)。更には、変異型コンデンシン因子を発現させた細胞を用いてin situ Hi-C実験を行い、3Dゲノム構造を解析した所、コンデンシンと転写関連因子間の結合が、コンデンシンの遺伝子領域への導入と、クロマチンドメイン形成の両方に関与するという非常に興味深い3Dゲノム構造の形成機構に関する知見が得られた(投稿準備中)。【課題 ② ヒト老化細胞の3Dゲノム構造とその形成機構の解明】in situ Hi-C実験を行い、老化細胞に形成される3Dゲノム構造を高解像度で決定することが出来た。その結果を新たなアルゴリズムで解析し、遺伝子のプロモーター領域とエンハンサー領域間の相互作用を網羅的に推定することが出来た。また、RNA-seq実験によって、老化遺伝子の転写活性化を検出できた。更には、3Dゲノム構造と老化遺伝子の転写活性化の関係性を調べたところ、興味深いことに、遺伝子のプロモーター領域が複数のエンハンサーと相互作用しており、その相互作用の数が転写活性化に寄与していることが推察された。

The subject (1) split yeast ゲ ノ ム の ド メ イ ン tectonic と そ の form institutions の interpret 】 the in situ Hi - C be 験 を い, こ れ ま で の 検 out limit を super え る ultra-high resolution の 3 d ゲ ノ ム structure intelligence を get し た. Analytical し ま た, そ の results を, small number of KB の very に さ い ク ロ マ チ ン ド メ イ ン structure (legacy 伝 son ド メ イ ン) を 検 out し た (contribute to). More に コ, variant コ デ デ シ シ コ factors を occurrence させた cells を use に てin situ Hi - C be 験 を い, 3 d ゲ ノ ム tectonic analytical し を た, コ ン デ ン シ ン と planning write masato even factor between の が, コ ン デ ン シ ン の heritage 伝 sub-fields へ の import と, ク ロ マ チ ン ド メ イ ン form の struck party に masato and す る と い う very deep に tumblers い 3 d ゲ ノ の ム structure which agency に masato す る knowledge が must ら れ た contribute (prepare) . The subject (2) ヒ ト senescent cells の 3 d ゲ ノ ム tectonic と そ の form institutions の interpret 】 the in situ Hi - C be 験 に を い, aging cells forming さ れ る 3 d ゲ ノ ム tectonic を high resolution で decided す る こ と が た. そ の results を new た な ア ル ゴ リ ズ ム で parsing し, but 伝 の プ ロ モ ー タ ー field と エ ン ハ ン サ ー の を interaction between a net in the field of presumption に す る こ と が た. Youdaoplaceholder0, RNA-seq experiment によって, aging progeny 伝 転 write 転 to activate を検 to で た た た. More に は, 3 d ゲ ノ ム structure aging と heritage 伝 son の planning write activeness の masato is sexual を adjustable べ た と こ ろ, deep interest い こ と に, but 伝 の プ ロ モ ー タ ー field が plural の エ ン ハ ン サ ー と interaction し て お り, そ の interaction の number が planning write activeness に send し て い る こ と が push examine さ れ た.

项目成果

オレゴン大学(米国)

俄勒冈大学（美国）