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Diversity and Specificity on the Crystals of Tetrahedral Molecules

Diversity and Specificity on the Crystals of Tetrahedral Molecules
四面体分子晶体的多样性和特异性
批准号:
21H01047
负责人:
松本 正和
金额:
$8.07万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2021-04-01 至 2026-03-31

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项目成果

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メタンに代表される、正四面体型の分子の結晶構造を俯瞰的に調査する。水分子は4面体型ネットワークにより、19種類もの結晶構造を持つことが知られており、単成分の単純な物質としては異常に多様な相があると言われている。しかし、水素結合の向きの乱雑性に起因する水素無秩序性の効果を除くと、実質的には6種類(I,II,III,V,VI,VII)の安定結晶相を持つ。一方、水分子よりもさらに対称性が高く単純な分子と言えるメタンには、実に9種類の安定結晶相が知られている。また、単純な分子の結晶構造は単純とは限らず、メタンB相は単位胞に29分子を含み、最も複雑な高圧氷相である氷Vの28分子を凌ぐ超複雑結晶を持つと言われている。四面体型分子の結晶が複雑になる原因の一つは、立体構造のパッキングしにくさにあると考えられる。実際、剛体正四面体の最密充填構造は準結晶になると言われている。メタンを含む正四面体型分子は、球と正四面体剛体の中間構造とみなすことができ、どのように結晶構造が決定されるのかが興味深い。昨年来、幅広い温度圧力範囲におけるメタンの結晶構造を計算機シミュレーションにより調査を続けているが、計算機シミュレーションではなかなか完全な単結晶が得られず、構造解析が困難であった。四面体分子は球形に近いため、高圧では凝集して高密度配置になるまではすみやかなのだが、そこから立体障害を調整し、最適な配置に至るのに非常に時間がかかるようだ。そのため、単純なアニーリング手法に代えて、レプリカ交換分子動力学などの並列的最適化手法を検討するとともに、複雑な分子配置のなかから規則性を見出す、新たなアルゴリズムと特徴量を検討した。
期刊论文(10)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: 10.1063/5.0065215
发表时间: 2021
期刊: The Journal of Chemical Physics
影响因子: --
作者: [Matsumoto Masakazu, Yagasaki Takuma, Tanaka Hideki]
通讯作者: Tanaka Hideki
氷生成ツールGenIceのリポジトリ
制冰工具GenIce存储库
DOI: --
发表时间:
期刊:
影响因子: --
作者: []
通讯作者:
氷生成ツール GenIce
制冰工具GenIce
DOI: --
发表时间: 2022
期刊: アンサンブル: 分子シミュレーション研究会会誌
影响因子: --
作者: [Ohki Daigo, Yoshimi Kazuyoshi, Kobayashi Akito, Misawa Takahiro, 松本正和]
通讯作者: 松本正和
DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00440
发表时间: 2021
期刊: Journal of Chemical Information and Modeling
影响因子: 5.6
作者: [Matsumoto Masakazu, Yagasaki Takuma, Tanaka Hideki]
通讯作者: Tanaka Hideki
9
    正四面体型分子結晶の多様性と特異性
    • 批准号:
      23K20830
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额:
      $3.0万
    • 财政年份:
      2024
    • 负责人:
      松本 正和
    • 依托单位:
    過冷却液体の準安定相転移と物性の間の相互作用の理論研究
    • 批准号:
      20038024
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额:
      $1.92万
    • 财政年份:
      2008
    • 负责人:
      松本 正和
    • 依托单位:
    ネットワーク性液体の理論研究
    • 批准号:
      19029018
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额:
      $1.22万
    • 财政年份:
      2007
    • 负责人:
      松本 正和
    • 依托单位:
    均一核生成の化学:結晶化の動的過程の理論研究
    • 批准号:
      15685002
    • 项目类别:
      Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
    • 资助金额:
      $13.31万
    • 财政年份:
      2003
    • 负责人:
      松本 正和
    • 依托单位:
    海外基金