Structural basis of activation of a novel tumor progression signaling involving Wnt signaling proteins and supression by antibodies.

涉及 Wnt 信号蛋白和抗体抑制的新型肿瘤进展信号激活的结构基础。

• 批准号: 21H02420
• 负责人: 柴田 直樹
• 金额: $ 8.32万
• 依托单位: University of Hyogo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02420/
• 关键词: X線構造解析; 単粒子解析; CKAP4; Dikkopf; モノクローナル抗体; 構造生物学; Wntシグナル伝達経路; 結晶構造解析; クライオ電子顕微鏡; 癌; がん; 抗体; シグナル伝達

R4年度は，研究計画調書に記した４項目のうち主に以下の３項目，① CKAP4-DKK複合体の構造解析，② CKAP4細胞外領域全体の構造解析，③ CKAP4-抗体フラグメント複合体の構造解析について研究を遂行した。以下にこれまでの結果について概要を示す。① CKAP4とDKK cysteine rich domain (DKK_CRD1)試料をそれぞれ別々に調製したものを混合し結晶化スクリーニングキットを用いて結晶化条件の検討を行ったところ，１条件において結晶が得られた。② CKAP4細胞外領域（128-602）のうち，431-602の領域について新たに発現系を構築し，結晶を得ることができた。放射光施設において回折実験を行ったところ，約 4オングストローム分解能のデータを得ることに成功した。③ ４種類の抗CKAP4モノクローナル抗体のFabフラグメントとCKAP4細胞外領域との複合体を調製した。結晶化スクリーニングを行うために十分な量の複合体試料を得ることが困難であったため，結晶構造解析法よりも少量での構造解析が可能なクライオ電子顕微鏡による単粒子解析を目指して測定を行った。その結果，ほとんどの粒子がグリッド上で気液界面に集合していることが判明した。得られた画像データから単粒子解析を行ったが，明瞭な三次元再構成像を得ることが困難であった。二次元でのクラスタリングではCKAP4-Fab複合体と思われる像が得られたため，グリッド作成法の検討により明瞭な三次元再構成像を得ることは可能であると思われる。

Annual は R4, research projects the book に remember し た 4 project の う ち master に の below 3 items, 1 CKAP4 - DKK complex の structure, (2) all the の CKAP4 extracellular domain structure, (3) CKAP4 - antibody フ ラ グ メ ン ト complex の structure に つ い を て research carries out し た. The following に す れまで れまで <s:1> results に て て summary を shows す. 1) CKAP4 と DKK cysteine rich domain (DKK_CRD1) sample を そ れ ぞ れ don't 々 に modulation し た も の を mixed し crystallization ス ク リ ー ニ ン グ キ ッ ト を with い て crystallization conditions の 検 line for を っ た と こ ろ, 1 conditions に お い て crystallization が must ら れ た. (2) CKAP4 extracellular domain (128-602) の う ち, 431-602 の field に つ い て new た に 発 now を build し, crystallization を must る こ と が で き た. Ray facilities に お い て inflexion be 験 を line っ た と こ ろ, about 4 オ ン グ ス ト ロ ー ム can decompose の デ ー タ を must る こ と に successful し た. (3) 4 kinds の resistance CKAP4 モ ノ ク ロ ー ナ の ル antibody Fab フ ラ グ メ ン ト と CKAP4 extracellular domain と の complex を modulation し た. Crystallization ス ク リ ー ニ ン グ を line う た め に very な quantity の complex sample を have る こ と が difficult で あ っ た た め, crystal structure analytic method よ り も small で の structure が may な ク ラ イ オ electronic 顕 micromirror に よ る 単 particle analytical を refers し て line measurement を っ た. そ の results, ほ と ん ど の particle が グ リ ッ ド on で 気 fluid collection interface に し て い る こ と が.at し た. Portraits have ら れ た デ ー タ か ら 単 particle analytical line を っ た が, clear な three dimensional form again like a を る こ と が difficult で あ っ た. Secondary yuan で の ク ラ ス タ リ ン グ で は CKAP4 - Fab complex と think わ れ る as が ら れ た た め, グ リ ッ ド consummate method の beg に 検 よ り clear な three dimensional form again as を る こ と は may で あ る と think わ れ る.

项目成果

Structural insights into the very low activity of the homocoenzyme B12 adenosylmethylcobalamin in coenzyme B12-dependent diol dehydratase and ethanolamine ammonia-lyase

对辅酶 B12 依赖性二醇脱水酶和乙醇胺氨裂解酶中同型辅酶 B12 腺苷甲基钴胺素极低活性的结构见解

• DOI: 10.1002/chem.202202196
• 发表时间: 2022
• 期刊: Chem. Eur. J.
• 作者: Shibata;N.;Higuchi;Y.;Krautler;B.;Toraya;T.
• 通讯作者: T.

Structural basis for activation of cobalt-carbon bond and control of adenosyl radical in coenzyme B12 catalysis

辅酶B12催化中钴碳键活化和腺苷自由基控制的结构基础

• DOI: 10.1002/cbic.202300021
• 发表时间: 2023
• 期刊: ChemBioChem
• 影响因子: 3.2
• 作者: Shibata;N.;Toraya;T.
• 通讯作者: T.

X-ray crystallographic and mutational analysis of the NylC precursor: catalytic mechanism of autocleavage and substrate hydrolysis of nylon hydrolase

• DOI: 10.1111/febs.16755
• 发表时间: 2023-03-01
• 期刊: FEBS JOURNAL
• 影响因子: 5.4
• 作者: Negoro，Seiji;Shibata，Naoki;Higuchi，Yoshiki
• 通讯作者: Higuchi，Yoshiki