日本人集団ゲノムワイドクロマチン相互作用情報と構造多型との関連解析と疾患要因探索

分析日本人群全基因组染色质相互作用信息与结构多态性之间的关联并寻找疾病因素

• 批准号: 21H02681
• 负责人: 長崎 正朗
• 金额: $ 11.4万
• 依托单位: Kyushu University (2023)Kyoto University (2021-2022)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21H02681/
• 关键词: 構造多型; クロマチン構造; 大規模ゲノム情報解析; 長鎖型シークエンサ

近年の研究の進展により、DNAの核内の配置（クロマチン相互作用に伴う立体構造）が転写制御、複製、DNA修復など色々な影響を与えること、また、構造は細胞種特異的であることが知られている。一方、長鎖型シークエンサの開発が進み、短鎖型シークエンサでは困難であった全ゲノムレベルでの構造多型のプロファイルの取得が可能となっている。また、クロマチン相互作用は遺伝的な要因によって個人差があることが知られている。さらに、その差が疾患に影響を与える報告もある。そこで本研究では「ゲノムワイドクロマチン相互作用を取得することができるHi-C技術と長鎖型シークエンサによって得られる構造多型プロファイルを組み合わせることで、日本人集団におけるゲノムワイドクロマチン相互作用の差異の検討をするとともに、同集団中に含まれる頻度５%以上の一塩基多型、および、構造多型のうちどの多型がこの染色体上の各クロマチン相互作用にどのように影響を与えるのか、さらに、その多型が疾患にどのように影響をしているのかについて検討するとともに、これらの公開可能なデータベースを構築すること」を目的とし本課題に以下のような課題を設定し研究を推進している。【課題１】日本人集団のゲノムワイドクロマチン構造プロファイルの取得と集団内での比較【課題２】日本人集団の構造多型プロファイルの整備【課題３】SNVとゲノムワイドクロマチン構造プロファイルとの関連解析と評価【課題４】欠失とゲノムワイドクロマチン構造プロファイルとの関連解析と評価【課題５】複雑な構造多型とゲノムワイドクロマチン構造プロファイルとの関連解析と評価【課題６】【課題１－２】のプロファイルおよび、【課題３－５】で得られる関連性のデータベースとしての整備【課題７】国際データベースに登録されている疾患遺伝要因と【課題６】で構築するデータベースとの比較による疾患要因の同定と実験検証

Recent advances in research on DNA nuclear configuration (interaction with stereo structure), control, replication, DNA repair, color, influence, structure, and cell species-specific structure have been reported. One side, long lock type, short lock type, difficult to develop, all kinds of structural polytype, easy to obtain. The main reason for the interaction between the two is the difference between the two individuals. The difference between the two is that In this study, Hi-C technology and long-lock technology were used to obtain the structural polytype interaction and to combine the structural polytype interaction. The Japanese population had a polytype interaction with a frequency of more than 5% and a polytype interaction with a frequency of more than 5% The purpose of this project is to set up and advance the research on the following topics. [Topic 1] Comparison of the acquisition and intra-cluster analysis of the structural polymorphism of the Japanese group [Topic 2] Analysis and evaluation of the correlation between SNV and structural polymorphism of the Japanese group [Topic 3] Analysis and evaluation of the correlation between SNV and structural polymorphism of the Japanese group [Topic 4] Analysis and evaluation of the correlation between SNV and structural polymorphism of the Japanese group [Topic 5] Related Analysis and Evaluation of Complex Structural Polymorphism [Topic 6][Topic 1-2][Topic 3-5][Topic 7][Topic 6][Topic 6][Topic 1-2][Topic 3-5][Topic 7][Topic 6][Topic 7][Topic 7][Topic 8][Topic 7][Topic 7][