高機能ペトリネットによる動的生命パスウェイモデルの視覚的デバッグ手法の開発と適用

高性能Petri网动态生命路径模型可视化调试方法的开发与应用

• 批准号: 18700285
• 负责人: 長崎 正朗
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18700285/
• 关键词: ペトリネット; マイクロアレイ; パラメータ推定; モデル選択; 視覚的デバッグ

蛋白質の強制発現、遺伝子破壊、活性型あるいは抑制型変異蛋白質の発現、強制リン酸化、移行シグナルドメインの削除、薬剤の投与などの一般的な生物実験によってでてくる、タンパク質の相互作用、局在情報、タンパク質・DNA相互作用情報のさまざまな計測結果が、どのような生物学的な特性を計測したものであり、どの程度の信頼度に分類され、どのような制限規則として利用ができるのかを数学的に定式化し整理することを推進した。さらに、この定式化された情報を元にペトリネットのもつ視覚的に表現できるという特徴を最大限に活かしてこれらの事実を簡潔にパスウェイの制限規則として表現できる方式と理論を申請者が開発した高機能ペトリネットHFPNeを発展させることを検討した。高機能ペトリネットを用い、EGF刺激によるシグナル伝達経路のモデルを学術論文を精読することで構築し、さらにSILAC法によって計測されたプロテオミクス時系列データを利用することで、より適切なモデルを推定する方法論と実装を開発し成果をあげてきた。本研究課題ではさらに、生体内パスウェイをペトリネットで効率よくモデル化できるように、オントロジー言語の規格の1つOWLを用いて動的なパスウェイをモデル化するための規則を策定した。この規格に基づき、ヒトパスウェイデータベースの公共データベースの1つ、Reactomeで採用されているパスウェイデータベースを、変換し動的なパスウェイデータベースとして変換する方法を考案し、本研究課題の目的とする、動的生命パスウェイモデルの視覚的デバッグができる環境に取り込むことを達成した。

Protein stress development, protein breakdown, active-type or repression-type variant protein development, stress acidification, removal of migration factors, drug administration, general biological conditions, protein interactions, local information, protein and DNA interaction information, measurement results, measurement of biological characteristics The degree of information classification, the degree of control rules and the use of mathematical formalization In this paper, we discuss the characteristics of the system, the maximum limit of the system, the simplicity of the system, the limit of the system, the mode of the system, the theory of the system, the development of the system, and the high performance of the system. High function, high efficiency, low cost, low This research topic is to determine the rules of the application of OWL in the selection of speech patterns in vivo. This specification is based on the principle of "one country, two systems,""one country, two systems," one country, two systems, one country, two systems

项目成果

Identification of activated transcription factors from microarray gene expression data of Kampo-medicine treated mice

从汉方药物治疗小鼠的微阵列基因表达数据中鉴定激活的转录因子

• 发表时间: 2007
• 期刊: Genome Informatics 18
• 作者: R. Yamaguchi;et. al.(10名中3番目)
• 通讯作者: et. al.(10名中3番目)

A combined pathway to simulate CDK-dependent phosphorylation and ARF-dependent stabilization for p53 transcriptional activity

模拟 p53 转录活性的 CDK 依赖性磷酸化和 ARF 依赖性稳定的组合途径

• 发表时间: 2006
• 期刊: Genome Informatics 17・1
• 作者: Doi;A.;Nagasaki;M.;Ueno;K.;Matsuno;H.;Miyano;S.
• 通讯作者: S.

Computational genome-wide discovery of aberrant splice variations with exon expression profiles

具有外显子表达谱的异常剪接变异的计算全基因组发现

• 发表时间: 2007
• 期刊: Proc. IEEE 7th International Symposium on Bioinformatics & Bioengineering
• 作者: R. Yoshida;K.Numata;S. Imoto;M. Nagasaki;A. Doi;K. Ueno;S. Miyano
• 通讯作者: S. Miyano

Genomic data assimilation for estimating hybrid functional Petri net from time-course gene expression data.

• DOI: 10.11234/gi1990.17.46
• 发表时间: 2006
• 期刊: Genome informatics. International Conference on Genome Informatics
• 作者: Masao Nagasaki;R. Yamaguchi;Ryo Yoshida;S. Imoto;Atsushi Doi;Y. Tamada;H. Matsuno;S. Miyano;T. Higuchi

Cell System Ontology: Representation for modeling, visualizing, and simulating biological pathways

细胞系统本体：建模、可视化和模拟生物途径的表示

• 发表时间: 2007
• 期刊: In Silico Biology 7
• 作者: Jeong;E.;Nagasaki;M.;Saito;A.;Miyano;S.
• 通讯作者: S.