線虫初期胚の反応現象を記述・シミュレーションするための言語モデルと実装系の開発

开发用于描述和模拟早期线虫胚胎反应现象的语言模型和实现系统

• 批准号: 01J60015
• 负责人: 長崎 正朗
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01J60015/
• 关键词: シミュレーション; ペトリネット; 言語モデル

申請者は、インタラクションとコミュニケーションの言語モデルとして作られたπ-calculusやjoin-calculusを基に、記述のルールの中に意味論(semantics)を選択できるsemantics-typeという項をもつ言語を提案してきた。本研究の目的は、この言語を基に、細胞内の分子反応から、細胞間の相互反応、さらには、細胞内の器官合成と移動という3次元的物理反応を統一して記述し計算機シミュレーションできる言語と実装系を開発することであった。この目的のため、線虫の初期胚における以下の3つの生命現象に対し研究を展開した。(1)蛋白質、遺伝子間などの分子間相互作用の現象、(2)初期胚における細胞運命決定の現象、(3)1細胞期における受精後の雄性前核と雌性前核が移動し接触する現象。前年度はこれらの現象を記述し計算機シミュレーションする過程で得た着想を、既に(1)に対して成果をあげている始めにあげた言語に還元し発展することで本研究の目的を達成した。本年度ではさらに、π-calculusやjoin-calculusなどを発展させることで得られていた研究成果と、(1),(2),(3)などの表現に適した表現ができるよう拡張した言語を、インタラクションとコミュニケーションを表現しシミュレーションすることができる言語モデルの一つであるペトリネットを拡張することでモデル化し実装を行った。このモデル化、実装系を開発する課程で得られた知見を、イタリアで行われたワークショップ(Computational Methods in Systems Biology 2003)で発表し、実際にこの言語が生命現象を記述、シミュレーションする上で有効であるという研究評価を得ることができた。また、同研究成果は国内、国外誌に投稿、掲載された。

The applicant, the applicant In this study, the purpose of this study is to analyze the physical response system of the three dimensions of the synthesis and movement of intracellular organs, such as molecular reaction, molecular reaction, interaction, synthesis and movement of organs in the cell. the computer system is used to analyze the computer system. In the early stage of the worm, the embryo of the worm was born in the early stage, and the following three parts of life were studied. The main results are as follows: (1) the interaction between protein and protein molecules, (2) the cell life-determining image of the early embryo, and (3) the female anterior nucleus of the male and female after fertilization. In the previous year, it has been recorded that the computer system has achieved a lot of success in the process of computer training, both (1) the results of the study have been improved, and the results have been improved. This year, the results of this year's research, (1), (2), (1), (2), (1), (2), (1), (2), (1), (2) (3) if you don't know what you're going to say, you can see that you don't know what's going on. (3) you can see that you don't know what to say. The information is changed, the equipment is completed, the information is received, the information is displayed in the Computational Methods in Systems Biology 2003 table, the record of life is recorded, and there is a review of the information and research results. The same research results have been submitted both at home and abroad.

项目成果

Masao Nagasaki: "Recreating Biopathway Databases towards Simulation"Computational Methods in Systems Biology. LNCS 2602. 168-169 (2003)

Masao Nagasaki：“重新创建模拟生物途径数据库”系统生物学中的计算方法。

長崎 正朗: "バイオパスウェイモデリングとシミュレーションを実現するためのシステム-Genomic Object Net-"人工知能学会誌. Vol18.No.1. 8-13 (2003)

Masaaki Nagasaki：“实现生物通路建模和模拟的系统-基因组对象网络-”人工智能学会杂志第18卷第13期（2003年）。