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Development of anti-scirrhous stomach cancer produced by the deep-sea actinomyces

深海放线菌抗硬胃癌的开发

基本信息

批准号：
21H03007
负责人：
坪内泰志
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Osaka Metropolitan University (2022-2023)Osaka City University (2021)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

令和4年度では研究課題対象である抗スキルス胃癌活性を呈する深海・海洋性放線菌32株のうち3株に対して、活性物質の精製法確立および、生産菌ゲノム解析を行なった。評価した3株のうち、非タンパク質性の活性化合物を生産するものが1株、ペプチド性の活性化合物を生産するものが2株と見積もられた。非タンパク質性の活性候補分子は常法に従い、C18固相抽出、酢酸エチルを用いた液液分画、C18系Preparative HPLCシステムを用い、ほぼ単一ピークになるまで精製するに至った。ペプチド性の活性化合物は硫酸アンモニウム濃縮、親水性クロマトグラフィーの一種であるHILIC系Preparative HPLCシステムを用い、精製を進めた。活性評価には弊学附属病院で樹立した培養細胞（正常線維芽細胞及びスキルス胃癌細胞株7株のうち4株）を用い、精製各段階での活性の追跡、および比活性算出に用いた。同活性化合物群を対象とするOrbitrap-MSを用いた精密質量分析では、それらのm/zが300~800の範囲内に収まることから、分析対象とする4活性化合物は低中分子化合物であることが明らかとなった。生産菌ゲノム解析では、long read dataにはONT社MinIONシステム、short read dataにはIllumina社NovaSeq、ないしはMGI社　のDNBSEQ T7を遂行し、2プラットフォームを採用した。得られた各データからopen source codeによるバイオインフォマティクス手法でwhole genome配列を構築することに成功した。決定した6株分のゲノム配列はそのゲノムサイズが6Gb~11Gbと幅広く、コードされている16S rRNA遺伝子を指標とした分析からはいずれも新種株に相当することが見出された。解析したゲノム配列は公共データベースであるDDBJに登録申請済みである。

In 2010 and 2014, the research topic was: Anti-gastric cancer activity of 32 strains of deep-sea and marine actinomycetes, identification of active substances, and analysis of production bacteria. Three plants were evaluated for production of qualitatively active compounds, one plant for production of qualitatively active compounds and two plants for production of qualitatively active compounds. Non-qualitatively active candidate molecules include conventional methods, C18 solid-phase extraction, acid extraction, liquid-liquid separation, C18 system Preparatory HPLC system, and purification. HILIC is a kind of HILIC system for the preparation and purification of sulfuric acid and its active compounds. Activity evaluation: Cultured cells (normal cell line, 7 gastric cancer cell lines and 4 gastric cancer cell lines) were established in Affiliated Hospital of Beijing University. Activity tracking and specific activity calculation were carried out in each stage. Orbitrap-MS is used for precision mass analysis of the same active compound group in the range of m/z from 300 to 800. Production bacteria analysis, long read data, Illumina NovaSeq, MGI DNBSEQT7, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 10, 11, 12, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 10, 1 The whole genome was constructed successfully. To determine whether the 6 strains are compatible with the 6Gb~11Gb bandwidth, the 16S rRNA gene should be analyzed and compared with the new strains. Analysis of the list of public information