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Development of anti-scirrhous stomach cancer produced by the deep-sea actinomyces

深海放线菌抗硬胃癌的开发

基本信息

批准号：
21H03007
负责人：
坪内泰志
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Osaka Metropolitan University (2022-2023)Osaka City University (2021)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

令和4年度では研究課題対象である抗スキルス胃癌活性を呈する深海・海洋性放線菌32株のうち3株に対して、活性物質の精製法確立および、生産菌ゲノム解析を行なった。評価した3株のうち、非タンパク質性の活性化合物を生産するものが1株、ペプチド性の活性化合物を生産するものが2株と見積もられた。非タンパク質性の活性候補分子は常法に従い、C18固相抽出、酢酸エチルを用いた液液分画、C18系Preparative HPLCシステムを用い、ほぼ単一ピークになるまで精製するに至った。ペプチド性の活性化合物は硫酸アンモニウム濃縮、親水性クロマトグラフィーの一種であるHILIC系Preparative HPLCシステムを用い、精製を進めた。活性評価には弊学附属病院で樹立した培養細胞（正常線維芽細胞及びスキルス胃癌細胞株7株のうち4株）を用い、精製各段階での活性の追跡、および比活性算出に用いた。同活性化合物群を対象とするOrbitrap-MSを用いた精密質量分析では、それらのm/zが300~800の範囲内に収まることから、分析対象とする4活性化合物は低中分子化合物であることが明らかとなった。生産菌ゲノム解析では、long read dataにはONT社MinIONシステム、short read dataにはIllumina社NovaSeq、ないしはMGI社　のDNBSEQ T7を遂行し、2プラットフォームを採用した。得られた各データからopen source codeによるバイオインフォマティクス手法でwhole genome配列を構築することに成功した。決定した6株分のゲノム配列はそのゲノムサイズが6Gb~11Gbと幅広く、コードされている16S rRNA遺伝子を指標とした分析からはいずれも新種株に相当することが見出された。解析したゲノム配列は公共データベースであるDDBJに登録申請済みである。

Reiwa 4th Annual Research Project: Anti-Stomach Cancer Activity of the Zodiac Symptoms: Deep-Sea and Marine Actinomycetes 3 2 strains of のうち and 3 strains of に対して, および whose purification method of active substances has been established, and analysis of production bacteria ゲノムを行なった. Evaluation of 価した3 strains of のうち, non-タンパク qualitative active compound を production するものが1 strain, ペプチド性的 active compound をproduced by するものが 2 strains, と见记もられた. Non-sterile active candidate molecules, conventional method, C18 solid phase extraction, anhydrous acid anhydride liquid-liquid separation, C18 series Preparative HPLC システムを Use い, ほぼ単一ピークになるまで Refined するに to った.ペプチド性的 active compound は sulfate アンモニウムConcentrated, hydrophilic クロマトグラフィーの HILIC series Preparative HPLC is used and refined. Activity evaluation of cultured cells (normal line fibroblast cells and gastric cancer cells) established by the Affiliated Hospital of Medical Science 7 strains of のうち4 strains), trace the activity of each stage of purification, and calculate the specific activity of および. The same active compound group is used for Orbitrap-MS and is used for precision mass analysis. 00の within the scope of the collection of the まることから, analysis of the 徾肖とする4 active compounds and low and medium molecular compounds であることが明らかとなった. Production bacteria Analyzer, long read data ONT Corp. MinION, short read data Illumina Corp. NovaSeq, Nana MGI Corp. DNBSEQ T7 is carried out and 2 is adopted. The open source code of られたデータからopen source codeによるバイオインフォマティクス technique and whole genome arrangementをbuildすることにsuccessした. It has been decided that the 6-strain split のゲノム arrangement of the はそのゲノムサイズが6Gb~11Gb と広く、コードされている16S The analysis of the rRNA genetic index and the new strain of the new strain is quite satisfactory. Analyze the public database of DDBJ login application.