包括的アプローチによる血管型エーラス・ダンロス症候群の分子遺伝学的発症機序の解明

采用综合方法阐明血管埃勒斯-当洛斯综合征的分子遗传机制

• 批准号: 19K17795
• 负责人: 山口 智美
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Shinshu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K17795/
• 关键词: 血管型エーラス・ダンロス症候群; 遺伝性結合組織疾患; 次世代シークエンス; 分子遺伝学的発症機序

エーラス・ダンロス症候群（Ehlers-Danlos Syndrome; EDS）は皮膚の過伸展性、関節の過可動性、各種組織の脆弱性を特徴とする遺伝性結合組織疾患である。その中で、血管型EDSは、動脈病変、S状結腸破裂、子宮破裂などの致命的な合併症を生じうる重症病型である。信州大学医学部附属病院遺伝子医療研究センターでは、次世代シークエンス（Next generation sequencing; NGS）を利用した遺伝性結合組織疾患・原因遺伝子パネル解析（NGSパネル解析）を実施してきた。しかし、血管型EDSが疑われた患者のうちの7割弱において病的バリアントは検出されず、コピー数異常を含む構造異常、イントロン深部・転写調節領域・他の遺伝子における病的バリアントの存在が想定された。本研究は、NGSパネル解析陰性例に対する（1）NGSデータを用いたコピー数解析、（2）mRNA解析、（3）ロングリードNGSによる全ゲノム解析を通じて、血管型EDSの分子遺伝学的発症機序の包括的解明を目指している。（1）コピー数解析：新たに69例を解析し、1例においてEDS関連遺伝子に遺伝子全域の1コピー減少を、1例においてEDS関連遺伝子に一部エクソンの1コピー増加を認めた。いずれもMLPA法による検証を行い、コピー数異常を確定した。血管型EDSにおけるNGSパネル解析結果（NGSデータを用いたコピー数解析結果を含む）についてまとめた論文が国際誌に掲載された。（2）mRNA解析：イントロン深部や転写調節領域のバリアント検出、メチル化解析への利用を想定し、新規患者の皮膚線維芽細胞培養を実施した。保管検体と併せ、RNA抽出、DNA抽出を行った。（3）ロングリードNGS解析：培養皮膚線維芽細胞が得られない検体に対し、ゲノムDNAを用いたイントロン深部や転写調節領域のバリアント検出への利用を計画した。

Ehlers-Danlos Syndrome (EDS) is characterized by skin hyperextension, joint hypermobility, and tissue fragility. Among them, vascular EDS, arterial disease, sigmoid colon rupture, uterine rupture, fatal complications, severe disease, etc. Genetics Medical Research Center, Shinshu University School of Medicine (NGS) is used to analyze genetic diseases and genetic causes. The presence of 7 weak segments of the disease in patients with vascular EDS is suspected, including structural abnormalities, structural abnormalities, deep tissue abnormalities, regulatory domains, and the presence of other weak segments of the disease. This study aimed to clarify the molecular genetic mechanisms of vascular EDS, including (1) NGS gene analysis,(2) mRNA analysis, and (3) NGS gene analysis. (1) Number analysis: 69 new cases analysis, 1 case analysis of EDS related genes, 1 case analysis of EDS related genes. The MLPA method is used to identify the number of abnormal cases. The results of analysis of NGS in vascular EDS (including the results of analysis of NGS in use) were published in international journals. (2) mRNA analysis: the use of mRNA analysis in the field of deep transcription regulation, the identification of mRNA expression, and the implementation of new regulations for the culture of skin line cells in patients. DNA extraction, RNA extraction, DNA extraction. (3) NGS analysis: culture of skin line cells to obtain the medium body, the use of DNA in the medium of deep support to write regulatory areas of the medium body, the use of NGS analysis.

项目成果

Ion Torrentシステムにおけるコピー数異常検出法の有用性：遺伝性結合組織疾患関連遺伝子カスタムパネルに注目して

Ion Torrent 系统中拷贝数畸变检测方法的实用性：重点关注与遗传性结缔组织疾病相关的定制基因组

• 发表时间: 2020
• 作者: Yamaguchi T;Hayashi S;Hayashi D;Matsuyama T;Koitabashi N;Ogiwara K;Noda M;Nakada C;Fujiki S;Furutachi A;Tanabe Y;Yamanaka M;Ishikawa A;Mizukami M;Mizuguchi A;Sugiura K;Sumi M;Yamazawa H;Izawa A;Wada Y;Fujikawa T;Takiguchi Y;Wakui K;山口智美
• 通讯作者: 山口智美

Clinical Sequencing for Vascular Ehlers-Danlos Syndrome Using Panel-Based Next-Generation Sequencing

使用基于组合的下一代测序对血管埃勒斯-当洛斯综合征进行临床测序

• 发表时间: 2019
• 作者: Yamaguchi T;Hayashi S;Hayashi D;Matsuyama T;Koitabashi N;Ogiwara K;Noda M;Nakada C;Fujiki S;Furutachi A;Tanabe Y;Yamanaka M;Ishikawa A;Mizukami M;Mizuguchi A;Sugiura K;Sumi M;Yamazawa H;Izawa A;Wada Y;Fujikawa T;Takiguchi Y;Wakui K;山口智美;山口智美
• 通讯作者: 山口智美