新規RNA-seq解析による腸内細菌科細菌のRNA制御ネットワークの解明

通过新型 RNA-seq 分析阐明肠杆菌科的 RNA 调控网络

• 批准号: 19KK0406
• 负责人: 宮腰 昌利
• 金额: $ 9.73万
• 依托单位: University of Tsukuba
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020 至 2023
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0406/
• 关键词: 転写後調節; RNA-seq; small RNA; 3´UTR; サルモネラ; 大腸菌

細菌は様々な環境で生育するために転写、転写後、翻訳後等の各段階で遺伝子発現を適切に制御する必要があり、その機構を理解することは細菌感染症の抑止に重要である。これまでに細菌における転写後調節を司るsmall RNA (sRNA)と同様に、一部のmRNAの3´UTRが遺伝子発現を調節する機能を持つことが明らかになった。本研究では、サルモネラにおいてmRNA塩基配列から推測された複数の機能性3’UTRを同定し、それらの機能を解明することを目的とし、機能性3´UTRと塩基対形成するsRNA、mRNA、tRNAなどの転写産物のペアを新規RNA-seq法により網羅する。現在解析を進めているグルタミン合成酵素遺伝子glnAはサルモネラの病原性発現に重要であることが知られている。サルモネラにおいてglnA mRNAの3´UTRはRNase Eによって2種類のsRNA GlnZ1とGlnZ2をプロセシングすることを明らかにした。GlnZの標的mRNAを海外共同研究者が実施したサルモネラにおけるRNA-seq解析の結果を利用して探索した。GFP翻訳融合体の蛍光強度を蛍光マイクロプレートリーダーを用いて定量解析し、sucAをはじめとする複数の標的mRNAが実際に転写後調節を受けることを実証した。サルモネラのRNA-RNA相互作用を網羅的に同定するRIL-seq解析に関して、渡航先外国機関から2022年2月にMol. Cell誌に発表された。申請者は2022年9月に渡航先外国機関に滞在し、研究成果について議論した後、2022年11月にeLifeに論文を発表した。また、スペインで開催されたEMBO Workshop BacNet22でポスター発表した。

Bacteria は others 々 な family environment で す る た め に planning after writing, planning, writing, after turn 訳 の paragraphs order で posthumous son 伝 発 now を appropriate に suppression す る necessary が あ り, そ の institutions を understand す る こ と は bacteria adapting just-in-time inventory の dampening に important で あ る. こ れ ま で に bacteria に お け る planning to write after adjusting を department る with others in small RNA (sRNA) と に, a の mRNA の 3 ´ UTR が posthumous son 伝 発 を now adjust す る function を hold つ こ と が Ming ら か に な っ た. This study で は, サ ル モ ネ ラ に お い て mRNA salt base with column か ら speculation さ れ た plural の functional 3 'UTR を with し, そ れ ら の function を interpret す る こ と を purpose と し, functional 3 ´ UTR と salt base forming す seaborne る sRNA, mRNA, tRNA な ど の product planning write の ペ ア を method of new rules on RNA - seq に よ り net Luo する. Now parse を into め て い る グ ル タ ミ ン synthetic enzyme heritage 伝 son glnA は サ ル モ ネ ラ の pathogenicity 発 に now important で あ る こ と が know ら れ て い る. サ ル モ ネ ラ に お い て glnA mRNA の 3 ´ UTR は RNase E に よ っ て 2 kinds の sRNA GlnZ1 と GlnZ2 を プ ロ セ シ ン グ す る こ と を Ming ら か に し た. GlnZ の target mRNA を overseas researchers が together be applied し た サ ル モ ネ ラ に お け る RNA - seq parsing の results を し て explore し た. GFP turn 訳 fusion の 蛍 light intensity を 蛍 light マ イ ク ロ プ レ ー ト リ ー ダ ー を with い て quantitative analytic し, sucA を は じ め と す る plural の target mRNA が be interstate に planning to write after adjusting を by け る こ と を card be し た. サ ル モ ネ ラ の RNA - RNA interaction を snare に with fixed す る RIL - seq parsing に masato し て, tayouan foreign machine masato first か ら に in February 2022, Mol. Cell tzu に 発 table さ れ た. Applicants は September 2022 に tayouan foreign machine masato first hysteresis in し に research に つ い て comment し た, in November 2022 after に eLife に paper を 発 table し た. Youdaoplaceholder0, スペ スペ で で で rush されたEMBO Workshop BacNet22でポスタ で schedule た た.

项目成果

腸内細菌科細菌におけるmRNAから生成するsmall RNAによる転写後調節

肠杆菌科细菌中 mRNA 产生的小 RNA 的转录后调节

• 发表时间: 2023
• 作者: Suzanne T. Williams;David G. Herbert;Claude Vilvens;Lauren Sumner-Rooney and Yasunori Kano;宮腰昌利
• 通讯作者: 宮腰昌利

コレラ菌RIL-seq 解析から明らかになるGcvB small RNA の制御ネ ットワーク

霍乱弧菌 RIL-seq 分析揭示的 GcvB 小 RNA 调控网络

• 发表时间: 2023
• 作者: 越智郁;宮腰昌利
• 通讯作者: 宮腰昌利

Glutamine synthetase mRNA processes a small RNA from its 3´UTR to regulate 2- oxoglutarate dehydrogenase in Salmonella and E. coli

谷氨酰胺合成酶 mRNA 处理 3UTR 中的小 RNA，以调节沙门氏菌和大肠杆菌中的 2- 氧化戊二酸脱氢酶

• 发表时间: 2022
• 作者: 陳碧海;和田建彦;藪浩;Masatoshi Miyakoshi
• 通讯作者: Masatoshi Miyakoshi