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Platform of gene function analysis for Wild Oryza and understanding of seed diversity among Oryza species

Platform of gene function analysis for Wild Oryza and understanding of seed diversity among Oryza species
野生稻基因功能分析平台及了解稻种种子多样性
批准号：
20H00424
负责人：
佐藤 豊
金额：
$28.45万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
项目状态：
未结题
起止时间：
2020-04-01 至 2025-03-31
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H00424/
关键词：
野生イネ種子形質GWAS

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
当該年度、本研究提案では以下の課題に取り組んだ。(1) O. rufipogon遺伝子単離・解析プラットフォームの構築と検証(種子形質に着目)については、O. rufipogonを用いて、形質評価→GWAS解析→候補遺伝子の検証という野生イネからの遺伝子単離・機能解析プラットフォーム構築の実証を行った。当該年度は、前年度作成したGWAS用ゲノタイプファイルをもとに検出した複数のQTLについて、データベース検索等により遺伝子機能の検証に取り組んだ。その結果、種子の代謝物含量を制御すると考えられる複数の候補遺伝子を見つけることができた。なかでも、糖に関連した代謝物含量を制御する遺伝子座については、複数種類の代謝物が同一座位の遺伝子が制御する可能性を明らかにすることができた。このことにより、GWASによる遺伝子単離の有効性をあらためて確認することができた。また、病害抵抗性に関わることが示唆される別の代謝物については、GWASのピークが一遺伝子座の多型を示しており、遺伝子同定のスピードの速さも確認することができた。(2) O. rufipogonの種子形多様性をもたらすシグナル分子をコードする遺伝子の解析については、約300系統のO.rufipogonの種子形データを用いてGWAS解析により同定した新規種子形制御シグナル分子をコードする遺伝子の機能解析を行い、 データをまとめ論文として発表した。(3) 上記に加えて、O. rufipogonとO. barthiiにおける種子形質多様性に関する形質情報の取得を行った。当該年度は主に代謝物の多様性を解析した。
英文摘要
当該年度、本研究提案では以下の課題に取り組んだ。(1) O. rufipogon遺伝子単離・解析プラットフォームの構築と検証(種子形質に着目)については、O. rufipogonを用いて、形質評価→GWAS解析→候補遺伝子の検証という野生イネからの遺伝子単離・機能解析プラットフォーム構築の実証を行った。当該年度は、前年度作成したGWAS用ゲノタイプファイルをもとに検出した複数のQTLについて、データベース検索等により遺伝子機能の検証に取り組んだ。その結果、種子の代謝物含量を制御すると考えられる複数の候補遺伝子を見つけることができた。なかでも、糖に関連した代謝物含量を制御する遺伝子座については、複数種類の代謝物が同一座位の遺伝子が制御する可能性を明らかにすることができた。このことにより、GWASによる遺伝子単離の有効性をあらためて確認することができた。また、病害抵抗性に関わることが示唆される別の代謝物については、GWASのピークが一遺伝子座の多型を示しており、遺伝子同定のスピードの速さも確認することができた。(2) O. rufipogonの種子形多様性をもたらすシグナル分子をコードする遺伝子の解析については、約300系統のO.rufipogonの種子形データを用いてGWAS解析により同定した新規種子形制御シグナル分子をコードする遺伝子の機能解析を行い、 データをまとめ論文として発表した。(3) 上記に加えて、O. rufipogonとO. barthiiにおける種子形質多様性に関する形質情報の取得を行った。当該年度は主に代謝物の多様性を解析した。
期刊论文(32)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
ACE1とDEC1によるイネ節間伸長の antagonistic 制御2
ACE1和DEC12对水稻节间伸长的拮抗控制
DOI： --
发表时间： 2020
期刊：
影响因子： --
作者： [壁谷大介, 韓慶民, 永井 啓祐，森 欣順，石川 慎，Gamuyao Rico，新美 陽子，保浦 徳昇，福田 萌莉，榊原 均，古田 智敬，久野 裕，佐藤 和広，赤木 剛士，小嶋 美紀子，竹林 裕美子，福島 敦史，氷室 泰代，小林 正智，呉 健忠，アキリ 亘，吉田 綾，辻 寛之，佐藤 豊，芦苅 基行]
通讯作者： 永井 啓祐，森 欣順，石川 慎，Gamuyao Rico，新美 陽子，保浦 徳昇，福田 萌莉，榊原 均，古田 智敬，久野 裕，佐藤 和広，赤木 剛士，小嶋 美紀子，竹林 裕美子，福島 敦史，氷室 泰代，小林 正智，呉 健忠，アキリ 亘，吉田 綾，辻 寛之，佐藤 豊，芦苅 基行
Antagonistic regulation of the gibberellic acid response during stem growth in rice
DOI： 10.1038/s41586-020-2501-8
发表时间： 2020-07-15
期刊： NATURE
影响因子： 64.8
作者： [Nagai, Keisuke, Mori, Yoshinao, Ashikari, Motoyuki]
通讯作者： Ashikari, Motoyuki
イネにおける穂の分枝パターンを制御するqPbn3の遺伝学的研究
控制水稻穗分枝模式的 qPbn3 的遗传研究
DOI： --
发表时间： 2021
期刊：
影响因子： --
作者： [縣 歩美, 武田 泰実, 太田 自由, 土井 一行, 犬飼 義明, 槇原 大悟, 佐藤 豊, 北野 英己, 保浦 徳昇]
通讯作者： 保浦 徳昇
野生イネに特徴的な長い種子休眠を可能にする種子が持つ抗菌活性の評価方法の構築
开发一种评估种子抗菌活性的方法，使野生稻具有较长的种子休眠特性
DOI： --
发表时间： 2021
期刊：
影响因子： --
作者： [吉田 悠里, 佐藤 豊]
通讯作者： 佐藤 豊
共 18 条
    「動態的な著作権の制限規定」のすすめ～オーストラリア著作権法からの示唆
    • 批准号：
      18K12691
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
    • 资助金额：
      $2.16万
    • 财政年份：
      2018
    • 负责人：
      佐藤 豊
    • 依托单位：
      Yamagata University
    イネの茎頂分裂組織構築における低分子RNAの役割
    • 批准号：
      20061015
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
    • 资助金额：
      $2.11万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      佐藤 豊
    • 依托单位：
      Nagoya University
    イネの低分子RNAによるゲノム寄生因子の動態制御に関する研究
    • 批准号：
      19658003
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.24万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      佐藤 豊
    • 依托单位：
      Nagoya University
    逆遺伝学的手法による突然変異体の単離とクロロフィル分解制御機構の解明
    • 批准号：
      06J10006
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $3.07万
    • 财政年份：
      2006
    • 负责人：
      佐藤 豊
    • 依托单位：
      The University of Tokyo