Maximum accuracy and application of diagnostic performance by integrated analysis of cancer exosome antigen and internal RNA information

通过癌症外泌体抗原和内部 RNA 信息的综合分析，实现诊断性能的最大准确性和应用

• 批准号: 20H00541
• 负责人: 石井 秀始
• 金额: $ 29.2万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H00541/
• 关键词: 膵がん; RNA修飾; 難治がん; RNA; バイオマーカー; エクソソーム

前年度に引き続き、今年度は特に海外での進捗を踏まえて、ステージ別予後分類、免疫間質の応答の検討、層別化クラス分類の検討を進めつつ、以下の項目の研究を進めた。（１）メカニズム解析：多彩なRNA修飾の生物学的な意義の把握と医学応用のための展開に焦点を当てて研究を進める。前臨床試験で臓器組織のメカニズムを明らかにし、ヒト手術材料と術前術後の血清・尿を用いて診断と創薬の基盤を構築した。RNA修飾酵素複合体を組織特異的に発現させるテトラサイクリン条件付き誘導システムを用いて、がんバイオマーカーにおけるRNA修飾を中心とした全オミックス情報の重要性をシングル細胞解析で明らかにした。（２）バイオプシー：リキッド・バイオプシーとソリッド・バイオプシーからRNA修飾を中心とした全オミックス情報を取得する。そのために、各組織からRNAを抽出してEx-TRを実施した。同一の試料から全オミックス計測して多層性に解析した（mRNA発現量とスプライシング；マイクロRNAの発現量；DNA変異とコピー数およびメチル化）。さらに腫瘍の組織でシングル細胞解析（10x）を実施し、上皮と間質に区分したデータを取得し、バイオマーカーで得られる情報の細胞の起源を検討した。特に前年度は新型コロナ感染症の影響を受けたが、今年度は研究開発の業務の内容を時間毎の割り振りやオンライン化の積極的な採用により円滑に進めることができた。シークエンスに基づくオミックス情報の解析も、計算ベースの検討をスピード感を持って進めた。動物実験に関して、大阪大学では本年度より新しい実験施設がリニューアルされたので、本研究におけるメカニズム解析でも研究の進捗を図ることができた。さらに大学院生も投入し、次世代を担う若手人材の育成にも反映させ、本研究事業の内容のインパクトの波及も戦略的に行うことができた。

Previous year's introduction, this year's special overseas progress, classification, immune matrix analysis, classification, classification, research on the following projects (1) Analysis of the biological significance of colorful RNA modification and the development of medical applications. Before the clinical trial, the tissue of the organ was examined, and the surgical material was used to construct the base plate for diagnosis and wound. RNA modification enzyme complex tissue-specific development, conditional-induced development, RNA modification center, and importance of full cell analysis (2) The RNA modification center and the information obtained from the RNA modification center are as follows: The RNA was extracted from each tissue and ex-TR was implemented. The same sample was measured in all levels and analyzed in multiple layers (mRNA production, RNA production, DNA variation). Cell analysis (10x) of the tumor tissue was performed, and cell origin of the tumor tissue was determined. In particular, in the past year, the impact of new types of infections has been affected. This year, the content of research and development has been changed. The basic information analysis module, calculation module and discussion module are used to analyze and analyze the information. Osaka University is the first university to conduct research on animal health in this year. Today, college students are involved in the development of talents for the next generation, and the contents of this research project are reflected in the development of talents.

项目成果

膵癌のシングルセルRNAシークエンスデータセットの統合と再構築

胰腺癌单细胞RNA-seq数据集的整合与重建

• 发表时间: 2022
• 作者: 竹田 佑;千々松 良太;小林 省吾;北風 雅敏;山田 大作;高 橋 秀典;森 正樹;土岐 祐一郎;江口 英利;石井 秀始
• 通讯作者: 石井 秀始

早期膵がんのバイオマーカーとしての RNA 修飾

RNA修饰作为早期胰腺癌的生物标志物

• 发表时间: 2021
• 作者: 今野 雅允;石井 秀始
• 通讯作者: 石井 秀始

エピトランスクリプトームと腫瘍多様性

表观转录组和肿瘤多样性

• 发表时间: 2021
• 作者: 石井 秀始;HaoJian Zhang
• 通讯作者: HaoJian Zhang

早期膵がんのスクリーニングに向けた線虫テスト

线虫检测用于早期胰腺癌筛查

• 发表时间: 2021
• 作者: 浅井 歩;荒尾 泰子;千々松 良太;石井 秀始
• 通讯作者: 石井 秀始

Emerging roles of long noncoding and circular RNAs in pancreatic ductal adenocarcinoma.

• DOI: 10.3389/fphys.2022.1025923
• 发表时间: 2022
• 期刊: FRONTIERS IN PHYSIOLOGY
• 影响因子: 4
• 作者: Sato, Hiromichi;Hara, Tomoaki;Tatekawa, Shotaro;Sasaki, Kazuki;Kobayashi, Shogo;Kitagawa, Toru;Doki, Yuichiro;Eguchi, Hidetoshi;Ogawa, Kazuhiko;Uchida, Shizuka;Ishii, Hideshi
• 通讯作者: Ishii, Hideshi