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Identification of epistatic and breaking genes responsible for interspecific hybrid incompatibility in pepper

辣椒种间杂种不亲和性上位基因和断裂基因的鉴定

基本信息

批准号：
20H02981
负责人：
細川宗孝
金额：
$ 11.15万
依托单位：
Kindai University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本実験で使用できる精密な‘タカノツメ’のリファレンスをロングリード(HiFi リード)に基づき新しいリファレンスを整備した(Takanotsume HiFi)（Shirasawaら, 2022）。その情報を用いて、遺伝子の候補領域を約2.6Mの範囲に狭めることができた。B(b)遺伝子候補領域の配列を GeneScanに読み込ませ遺伝子を予測し、fasta ファイルを作成した。このfatsaをリファレンスとして用いることでRNA-seqを行った。その結果、約266kbp の中の14個の候補遺伝子に狭めることができた。同時に行っている、B(b)遺伝子候補領域のターゲットシークエンスによって、B(b)遺伝子を優性で持つ個体と劣性で持つ個体の塩基配列の違いを比較し、B(b)遺伝子の候補領域を狭めていくことにした。はじめにB(b)遺伝子を優性で持つか劣勢で持つかを特定するために種子親として C.annuum を用い、花粉親として C.chinense‘Charapita’を用いる交雑を行った。これは用いた種子親によって交雑後代が正常に発育するか座止を発現する現象を利用し、もし交雑によって得られた種子が発芽し正常個体であれば用いた C.annuum はB(b)遺伝子を劣性で持つ(aabb)と考えられ、また座止個体であれば用いた C.annuum はB(b)遺伝子を優性で持つ(aaBB)と考えられる。交雑に用いたC.annuum は‘伏見甘長’、‘昌介’、‘山科’、‘伊勢ピーマン’、‘三重みどり’、‘園研甘長’、‘石井みどり’、‘ちぐさ’、‘魁’、‘タカガミネ’の計10品種である。これらの品種のゲノム情報を用いて遺伝子の特定を行っている。

This article uses the "HiFi" to improve the quality of service (Takanotsume HiFi)(Shirasawa, 2022). The candidate fields of information and transmission are about 2.6M in size. B(b) GeneScan is used to determine the sequence of candidate fields. The first step is to use RNA-seq. The result is about 266kbp in 14 candidate genes. At the same time, the candidate fields of B(b) genetic sub-fields are compared with each other, and the candidate fields of B (b) genetic sub-fields are compared with each other. C.annuum, C.chinense 'Charapita', C.chinense 'Charapita' The seed parent is used for normal development, and the seed is used for germination. The seed parent B(b) is used for inferior development. The seed is used for superior development. 10 varieties of The information of the variety of the product is used in the specific operation of the product.