In search of genes related to the life-history polymorphism in the Japanese eel Anguilla japonica: a population genomics approach

寻找与日本鳗鱼生活史多态性相关的基因：群体基因组学方法

• 批准号: 20H03065
• 负责人: 關野 正志
• 金额: $ 11.23万
• 依托单位: Fisheries Research and Education Agency
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03065/
• 关键词: 自然選択; 一塩基多型; 集団ゲノミクス; 集団遺伝学; 分子生態学

ニホンウナギは、河川などの淡水域で成長して海域で産卵する降河回遊性の通し回遊魚と言われてきたが、シラスウナギとして沿岸に来遊し、そのまま河口・内湾に定着する個体（海ウナギ）と、河川に遡上して定着する個体（川ウナギ）が存在することが明らかになっている。このように大きく異なる環境を成育場として選ぶ生活史多型のメカニズムは分かっていない。本研究では、海ウナギと川ウナギグループ間で集団ゲノム解析を行い、各グループを特徴づける変異が存在する遺伝子を同定することにより、海域と河川という成育場の選択が遺伝的に裏打ちされた自然選択の結果であるかを検証する。具体的には、静岡県と愛媛県の河口において銀ウナギ（産卵降河回遊中のウナギ）を採集し、耳石の微量元素解析により回遊履歴を推定することにより、海ウナギと川ウナギに類別する。一塩基多型マーカーによる集団ゲノム解析に基づき、海ウナギグループと川ウナギグループを特徴づけるマーカーを探索し、それらのマーカーのゲノム上の位置を明らかにすることで、生活史多型に関連すると考えられる遺伝子を抽出する。2022年度は、2017年度と2021年度に静岡県浜名湖で採集された銀ウナギ（産卵降河回遊中のウナギ）および2016-2017年度に愛媛県で採集された銀ウナギ、計159個体についてDNA抽出を行い、SNP解析のためにRAD法により塩基配列を取得した。これらの標本については、すべて耳石微量元素解析に供し、現在海ウナギと川ウナギの判定を行っているところである。

In the fresh water of the river, the growth of the spawning in the sea, the migration of the descending river, the passage of the returning fish, the existence of the individual (sea), the existence of the individual (river), the existence of the individual (river), the existence of the individual (river). The environment is diverse, and life history is diverse. The results of this study demonstrate that there are differences in the characteristics of different species in the population, and that there are differences in the characteristics of different species in the population. The specific types of otolith collected in the estuary of Shizuoka Prefecture and Ehime Prefecture are: trace element analysis, estimation of migration history, and classification of otolith. A multi-type cluster analysis is based on the analysis of the basic information, the sea and the river, and the characteristics of the cluster analysis are explored, and the location of the cluster analysis is clarified. In fiscal 2022 and fiscal 2017, Shizuoka Prefecture collected 159 individuals from Lake Hamana, and in fiscal 2016-2017, DNA extraction, SNP analysis, RAD method, and gene alignment were obtained. The determination of trace elements in otolith is carried out in the present study.