Complex structure and affinity prediction among cancer vaccine peptides and immune related proteins

癌症疫苗肽和免疫相关蛋白之间的复杂结构和亲和力预测

• 批准号: 20H03229
• 负责人: Kamiya Narutoshi
• 金额: $ 11.56万
• 依托单位: University of Hyogo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03229/
• 关键词: 分子動力学シミュレーション; 構造予測; 親和性予測

项目成果

癌ワクチンの個別医療化に向けたMHC受容体と癌ワクチンペプチドの結合自由エネルギー計算による親和性予測

通过结合自由能计算预测MHC受体与癌症疫苗肽之间的亲和力以用于个性化癌症疫苗

• 发表时间: 2020
• 作者: Emori Miho;Numoto Nobutaka;Senga Akane;Bekker Gert‐Jan;Kamiya Narutoshi;Kobayashi Yuma;Ito Nobutoshi;Kawai Fusako;Oda Masayuki;神谷 成敏;神谷 成敏
• 通讯作者: 神谷 成敏

Dynamic Docking Using Multicanonical Molecular Dynamics: Simulating Complex Formation at the Atomistic Level

• DOI: 10.1007/978-1-0716-1209-5_11
• 发表时间: 2021-01-01
• 期刊: PROTEIN-LIGAND INTERACTIONS AND DRUG DESIGN
• 作者: Bekker, Gert-Jan;Kamiya, Narutoshi
• 通讯作者: Kamiya, Narutoshi

熱量測定・熱分析ハンドブック 第3版

量热法和热分析手册第三版

• 发表时间: 2020
• 作者: 長門石曉;津本浩平
• 通讯作者: 津本浩平

Accurate Binding Configuration Prediction of a G-Protein-Coupled Receptor to Its Antagonist Using Multicanonical Molecular Dynamics-Based Dynamic Docking

• DOI: 10.1021/acs.jcim.1c00712
• 发表时间: 2021-09-22
• 期刊: JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING
• 影响因子: 5.6
• 作者: Bekker, Gert-Jan;Araki, Mitsugu;Kamiya, Narutoshi
• 通讯作者: Kamiya, Narutoshi

N-Terminal-Driven Binding Mechanism of an Antigen Peptide to Human Leukocyte Antigen-A*2402 Elucidated by Multicanonical Molecular Dynamic-Based Dynamic Docking and Path Sampling Simulations

• DOI: 10.1021/acs.jpcb.1c07230
• 发表时间: 2021-12-16
• 期刊: JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
• 影响因子: 3.3
• 作者: Bekker, Gert-Jan;Kamiya, Narutoshi
• 通讯作者: Kamiya, Narutoshi