Accurate predictions of complex structure and affinity between proteins and drugs
准确预测蛋白质与药物之间的复杂结构和亲和力
基本信息
- 批准号:16K07331
- 负责人:
- 金额:$ 3.24万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份:2016
- 资助国家:日本
- 起止时间:2016-04-01 至 2019-03-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
クチナーゼの分子動力学計算による反応機構解析
利用分子动力学计算分析角质酶的反应机理
- DOI:
- 发表时间:2019
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Makoto Suzuki;Asato Imao;George Mogami;Ryotaro Chishima;Takahiro Watanabe;Takaya Yamaguchi;Nobuyuki Morimoto;and Tetsuichi Wazawa;神谷 成敏
- 通讯作者:神谷 成敏
Accurate Prediction of Complex Structure and Affinity for a Flexible Protein Receptor and Its Inhibitor
- DOI:10.1021/acs.jctc.6b01127
- 发表时间:2017-06-01
- 期刊:
- 影响因子:5.5
- 作者:Bekker, Gert-Jan;Kamiya, Narutoshi;Nakamura, Haruki
- 通讯作者:Nakamura, Haruki
Thermal stability of single domain antibodies estimated by MD simulations
通过 MD 模拟估计单域抗体的热稳定性
- DOI:
- 发表时间:2019
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:N. Kamiya;B. Ma;G.-J. Bekker
- 通讯作者:G.-J. Bekker
Binding mechanism of laminarihexaose to endo-1,3-βglucanase analyzed using molecular dynamics simulations
使用分子动力学模拟分析海带六糖与内切-1,3-β葡聚糖酶的结合机制
- DOI:
- 发表时间:2018
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:N. Kamiya;G.-J. Bekker;S. Inaba;B. Mikami;M. Oda
- 通讯作者:M. Oda
Dynamic Docking of a Medium-Sized Molecule to Its Receptor by Multicanonical MD Simulations
- DOI:10.1021/acs.jpcb.8b12419
- 发表时间:2019-03-21
- 期刊:
- 影响因子:3.3
- 作者:Bekker, Gert-Jan;Araki, Mitsugu;Kamiya, Narutoshi
- 通讯作者:Kamiya, Narutoshi
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Kamiya Narutoshi其他文献
Dynamical Methods to Study Interaction in Proteins Facilitating Molecular Understanding of Cancer
研究蛋白质相互作用的动力学方法促进癌症的分子理解
- DOI:
10.1007/978-981-15-4501-6_149-1 - 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Dasgupta Bhaskar;Bekker Gert-Jan;Kamiya Narutoshi - 通讯作者:
Kamiya Narutoshi
Cutinases from thermophilic bacteria (actinomycetes): From identification to functional and structural characterization
嗜热细菌(放线菌)的角质酶:从鉴定到功能和结构表征
- DOI:
10.1016/bs.mie.2020.12.031 - 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Oda Masayuki;Numoto Nobutaka;Bekker Gert-Jan;Kamiya Narutoshi;Kawai Fusako - 通讯作者:
Kawai Fusako
癌ワクチンペプチドと免疫関連タンパク質の結合自由エネルギー計算による親和性予測
通过结合自由能计算预测癌症疫苗肽与免疫相关蛋白之间的亲和力
- DOI:
- 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Emori Miho;Numoto Nobutaka;Senga Akane;Bekker Gert‐Jan;Kamiya Narutoshi;Kobayashi Yuma;Ito Nobutoshi;Kawai Fusako;Oda Masayuki;神谷 成敏 - 通讯作者:
神谷 成敏
癌ワクチンの個別医療化に向けたMHC受容体と癌ワクチンペプチドの結合自由エネルギー計算による親和性予測
通过结合自由能计算预测MHC受体与癌症疫苗肽之间的亲和力以用于个性化癌症疫苗
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Emori Miho;Numoto Nobutaka;Senga Akane;Bekker Gert‐Jan;Kamiya Narutoshi;Kobayashi Yuma;Ito Nobutoshi;Kawai Fusako;Oda Masayuki;神谷 成敏;神谷 成敏 - 通讯作者:
神谷 成敏
ARSによる周期推定の高解像度化に関する検討
利用ARS提高周期估计分辨率的研究
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Higo Junichi;Kusaka Ayumi;Kasahara Kota;Kamiya Narutoshi;Hayato Itaya;Qilin Xie;Takahashi Takuya;Fukuda Ikuo;Mori Kentaro;Hata Yutaka;Fukunishi Yoshifumi;安江 汰騎,神谷 幸宏 - 通讯作者:
安江 汰騎,神谷 幸宏
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Complex structure and affinity prediction among cancer vaccine peptides and immune related proteins
癌症疫苗肽和免疫相关蛋白之间的复杂结构和亲和力预测
- 批准号:
20H03229 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Development of a complex structure prediction method between proteins using binding free-energy as a scoring function
使用结合自由能作为评分函数开发蛋白质之间的复杂结构预测方法
- 批准号:
25440070 - 财政年份:2013
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
相似海外基金
分子動力学シミュレーションと機械学習に立脚した有機結晶の高精度結晶構造予測
基于分子动力学模拟和机器学习的有机晶体高精度晶体结构预测
- 批准号:
24KJ1922 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
脂質膜上の流れによるペプチドの凝集促進機構を分子動力学シミュレーションで解明する
利用分子动力学模拟阐明脂质膜上的流动促进肽聚集的机制
- 批准号:
24K09409 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
CAREER: Detecting Quantum Signatures in Nonadiabatic Molecular Dynamics
职业:检测非绝热分子动力学中的量子特征
- 批准号:
2340180 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Continuing Grant
分子動力学シミュレーションによる金属/酸化チタン/結晶シリコン界面構造の解明
通过分子动力学模拟阐明金属/氧化钛/晶体硅界面结构
- 批准号:
24KJ1264 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Building a computational infrastructure for disclosing performance information of molecular dynamics software
构建用于公开分子动力学软件性能信息的计算基础设施
- 批准号:
23K11328 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
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An autonomous machine learning-based molecular dynamics method that utilizes first-principles atomic energy calculation
一种基于自主机器学习的分子动力学方法,利用第一原理原子能计算
- 批准号:
23H03415 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
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Mechanisms of HIV fitness and drug resistance inferred from high-resolution molecular dynamics and sequence co-variation models
从高分辨率分子动力学和序列共变模型推断出 HIV 适应性和耐药性的机制
- 批准号:
10750627 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Quantum Vibrational Spectra of Hydrogen in Materials by Ab Initio Semiclassical Molecular Dynamics
利用从头算半经典分子动力学研究材料中氢的量子振动光谱
- 批准号:
23K04670 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
NSF Postdoctoral Fellowship in Biology FY 2021: Molecular dynamics of assembly of the cnidarian stinging cell organelle
2021 财年 NSF 生物学博士后奖学金:刺胞动物刺细胞细胞器组装的分子动力学
- 批准号:
2208988 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Fellowship Award
Study on hydrogen isotope effects in minerals by first-principles path integral molecular dynamics calculations and high-pressure experiments
第一性原理路径积分分子动力学计算和高压实验研究矿物中氢同位素效应
- 批准号:
23H01273 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 3.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)