Elucidation of the human population history in boundary area between East Asia and Siberia based on ancient genome analysis

基于古代基因组分析阐明东亚和西伯利亚交界地区的人类历史

• 批准号: 19H01356
• 负责人: 佐藤 丈寛
• 金额: $ 11.07万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19H01356/
• 关键词: 古代ゲノム; 古人骨; 集団遺伝学

礼文島浜中2遺跡から出土したオホーツク文化初期（5世紀頃）の人骨（NAT004）から抽出したDNAについてショットガンシーケンスを実施した。内在性DNA含有率は人骨の保存状態の良さに反して低く、最終的な平均深度は0.98×であった。mtDNAハプログループはD4m2aであった。取得できたデータがローカバレッジであったため、pseudohaplotypeをコールして集団遺伝学的解析を行った。主成分分析では、本個体は、同遺跡のオホーツク文化終末期（12世紀頃）の人骨（NAT002）のゲノムに比べて、縄文人的遺伝要素をより多くもつことを示唆する位置にプロットされた。Dテストにおいても同様のシグナルが得られた。qpAdmによる混合モデリングでは、NAT004は縄文祖先要素とカムチャツカ祖先要素の混合個体としてモデル化することができ、縄文・カムチャツカ・アムール3系統の祖先要素の混合としてモデル化されたNAT002とは異なる祖先要素割合を示した。NAT004は、NAT002のlocal ancestry tract長に基づく混合年代推定によると、ちょうどアムール盆地からの移住が起きた頃に相当する時代の個体である。これらのことから、NAT004はアムール盆地からの遺伝子流動をまだ受けていない個体であり、NAT002のゲノムから示唆されていた、アムール盆地からの移住が起きる前の北海道北部周辺地域における縄文祖先要素とカムチャツカ祖先要素の2系統の混合集団の存在を直接確認することができた。この結果は、続縄文時代人の地理的多様性について、従来よりきめ細やかな検討が必要であることを示唆する重要な成果と考えられる。

The remains of the first two years of the culture (5th century) were unearthed on the island of Liwen (NAT004). The intrinsic DNA content rate was lower than that of the preservation state of human bones, and the final average depth was 0.98 × 100. mtDNAハプログループはD4m2aであった。Get a list of all the information you need. Principal Component Analysis (PCA) shows the location of human bones (NAT002) at the end of the 12th century. D. The same thing happened in the middle of the day. qpAdm: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT03: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT004: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT002: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT03: Mixed ancestor elements, NAT003: Mixed ancestor elements, NAT03: Mixed ancestor elements, NAT NAT004 and NAT002 's local ancestry tract are long, and the mixed ages are estimated. NAT004, NAT002, NAT003, NAT004, NAT004, NAT002, NAT003, NAT004, NAT002, NAT004, NAT0002, NAT0004, NAT0004, NAT0002, NAT0004, NAT0002, NAT0004, NAT00004, NAT0004, NAT00002, NAT00004, NAT0004, NAT0004, NAT000 The result of this is that the diversity of human geography in the literary era is necessary and important.

项目成果

Complex population history links to high linguistic diversity in the Pacific coast of North Asia

北亚太平洋沿岸复杂的人口历史与高度的语言多样性有关

• 发表时间: 2019
• 作者: Hiromi Matsumae;Takehiro Sato;Kae Koganebuchi;Nao Nishida;Ryosuke Kimura;Atsushi Tajima;Hiroki Oota;Kentaro K. Shimizu
• 通讯作者: Kentaro K. Shimizu

Genome-wide association study of semen volume, sperm concentration, testis size, and plasma inhibin B levels

精液量、精子浓度、睾丸大小和血浆抑制素 B 水平的全基因组关联研究

• DOI: 10.1038/s10038-020-0757-3
• 发表时间: 2020
• 期刊: Journal of Human Genetics
• 影响因子: 3.5
• 作者: Sato Youichi;Tajima Atsushi;Kiguchi Misaki;Kogusuri Suzu;Fujii Aki;Sato Takehiro;Nozawa Shiari;Yoshiike Miki;Mieno Makiko;Kojo Kosuke;Uchida Masahiro;Tsuchiya Haruki;Yamasaki Kazumitu;Imoto Issei;Iwamoto Teruaki
• 通讯作者: Iwamoto Teruaki

言語の多様性は人類集団史を反映しているか？

语言多样性是否反映了人类集体历史？

• 发表时间: 2019
• 作者: Hiromi Matsumae;Patrick E. Savage;Peter Ranacher;Damian E. Blasi;Thomas E. Currie;Takehiro Sato;Atsushi Tajima;Mark Stoneking;Steven Brown;Kentaro K. Shimizu;Hiroki Oota;Balthasar Bickel
• 通讯作者: Balthasar Bickel

The role of polygenic susceptibility on air pollution-associated asthma between Caucasian and Asian elderly women

多基因易感性对白种人和亚洲老年女性空气污染相关哮喘的作用

• 发表时间: 2022
• 作者: Sara Kress;Akinori Hara;Claudia Wigmann;Keita Suzuki;Qi Zhao;Atsushi Tajima;Hiroyuki Nakamura;Tamara Schikowski
• 通讯作者: Tamara Schikowski

Genome-wide analysis of the Nivkh people in the Sakhalin focused on the relationships between peopling history and linguistic diversity in Northeast Asia

对萨哈林岛尼夫赫人的全基因组分析重点关注东北亚民族历史与语言多样性之间的关系

• 发表时间: 2020
• 作者: Hiromi Matsumae;Takehiro Sato;Chiara Baribieri;Kae Koganebuchi;Nao Nishida;Eriko Ochiai;Motoki Osawa;Tadashi Imanishi;Ryosuke Kimura;Hideyuki Tanabe;Atsushi Tajima;Hiroki Oota9 Kentaro K. Shimizu
• 通讯作者: Hiroki Oota9 Kentaro K. Shimizu