タンパク質の特徴的な立体構造を活かした振動エネルギー移動機構の解明
タンパク質の特徴的な立体構造を活かした振動エネルギー移動機構の解明
批准号:
19J20486
负责人:
山下 聡
金额:
$1.98万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2019
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2019-04-25 至 2022-03-31
中文摘要
2021年度はタンパク質内エネルギー移動における距離依存性と方位依存性を調べた.距離依存性に関しては,シミュレーションを行っている研究室との共同研究を行い,実験データをより詳細に議論した.シミュレーションによって得られたタンパク質構造をもとに,実験結果を解析すると,タンパク質内でのエネルギーの流れは拡散的であるということが明らかとなった.さらに定量的に議論するために,古典的な熱の拡散モデルと実験結果を比較した.その結果,タンパク質内のエネルギーの流れを古典的な熱拡散モデルによってうまく再現することができた.これはタンパク質内部が非常に密に原子が詰まった構造であることによると考えられる.この研究をまとめ,Journal of Physical Chemistry B誌に投稿した.方位依存性に関して,前年度までで精製法を確立していた3つの変異体に対して,エネルギー移動を観測した.3つの変異体へのエネルギーの流れを比較すると,熱源分子から温度計分子へのエネルギーの流れはほとんど差がなかった.測定した3つの変異体では,熱源分子と温度計分子が接しており,その距離が同じである.エネルギーに差が見られなかったことは,方位に依存せず距離に依存依存してエネルギーが伝わっていることを示唆している.このことはタンパク質の原子が密に詰まっている構造に起因すると考えられる.これらの研究に加え,タンパク質内部の過渡的な温度を定量化する研究も行い,論文にまとめ,Journal of Physical Chemistry誌に掲載された.
英文摘要
2021年度はタンパク質内エネルギー移動における距離依存性と方位依存性を調べた.距離依存性に関しては,シミュレーションを行っている研究室との共同研究を行い,実験データをより詳細に議論した.シミュレーションによって得られたタンパク質構造をもとに,実験結果を解析すると,タンパク質内でのエネルギーの流れは拡散的であるということが明らかとなった.さらに定量的に議論するために,古典的な熱の拡散モデルと実験結果を比較した.その結果,タンパク質内のエネルギーの流れを古典的な熱拡散モデルによってうまく再現することができた.これはタンパク質内部が非常に密に原子が詰まった構造であることによると考えられる.この研究をまとめ,Journal of Physical Chemistry B誌に投稿した.方位依存性に関して,前年度までで精製法を確立していた3つの変異体に対して,エネルギー移動を観測した.3つの変異体へのエネルギーの流れを比較すると,熱源分子から温度計分子へのエネルギーの流れはほとんど差がなかった.測定した3つの変異体では,熱源分子と温度計分子が接しており,その距離が同じである.エネルギーに差が見られなかったことは,方位に依存せず距離に依存依存してエネルギーが伝わっていることを示唆している.このことはタンパク質の原子が密に詰まっている構造に起因すると考えられる.これらの研究に加え,タンパク質内部の過渡的な温度を定量化する研究も行い,論文にまとめ,Journal of Physical Chemistry誌に掲載された.
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A study of distance dependence on vibrational energy transfer in proteins taking advantage of the periodic character of α helices
利用 α 螺旋的周期性特征研究蛋白质振动能量转移的距离依赖性
DOI:
--
发表时间:
2021
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Satoshi Yamashita]
通讯作者:
Satoshi Yamashita
study of distance dependence on vibrational energy flow in proteins taking advantage of the periodic character of α helices
利用 α 螺旋的周期性特征研究蛋白质振动能量流的距离依赖性
DOI:
--
发表时间:
2019
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Satoshi Yamashita,Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Yasuhisa Mizutani, Satoshi Yamashita]
通讯作者:
Satoshi Yamashita
Vibrational Energy Transfer from Heme through Atomic Contacts in Proteins
通过蛋白质中的原子接触从血红素进行振动能量转移
DOI:
10.1021/acs.jpcb.8b03518
发表时间:
2018
期刊:
The Journal of Physical Chemistry B
影响因子:
--
作者:
[Yamashita Satoshi, Mizuno Misao, Tran Duy Phuoc, Dokainish Hisham, Kitao Akio, Mizutani Yasuhisa]
通讯作者:
Mizutani Yasuhisa
High Suitability of Tryptophan Residues as a Spectroscopic Thermometer for Local Temperature in Proteins under Nonequilibrium Conditions
色氨酸残基作为光谱温度计非常适合非平衡条件下蛋白质的局部温度
DOI:
10.1063/5.0079797
发表时间:
2022
期刊:
J. Chem. Phys.
影响因子:
--
作者:
[Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, Yasuhisa Mizutani]
通讯作者:
Yasuhisa Mizutani
Dependence of Vibrational Energy Transfer on Distance in a Four-helix Bundle Protein: Equidistant Increments with the Periodicity of α Helices
四螺旋束蛋白中振动能量转移对距离的依赖性:随 α 螺旋周期性的等距增量
DOI:
10.1021/acs.jpcb.2c00956
发表时间:
2022
期刊:
The Journal of Physical Chemistry B
影响因子:
--
作者:
[Satoshi Yamashita,Misao Mizuno, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao, and Yasuhisa Mizutani]
通讯作者:
and Yasuhisa Mizutani
共 8 条
地域脱炭素のための未利用メタンの再発見とカーボンフリー水素化技術との融合
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批准号:23H00527
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
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资助金额:$30.37万
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财政年份:2023
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负责人:山下 聡
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依托单位:
メタンハイドレート賦存域での海底湧出ガス採取方法の確立
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批准号:21K18739
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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资助金额:$4.08万
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财政年份:2021
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负责人:山下 聡
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依托单位:
SOX9の標的となるlncRNAの同定とその軟骨分化において機能の解析
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批准号:16K21014
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.66万
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财政年份:2016
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负责人:山下 聡
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依托单位:
熱帯林における人為活動が菌類の遺伝構造と菌食性昆虫群集へ及ぼす影響
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批准号:09J01840
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.79万
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财政年份:2009
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负责人:山下 聡
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依托单位:
東南アジアにおける森林環境の人為改変が菌食性昆虫の群集構造に及ぼす影響
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批准号:19780123
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.12万
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财政年份:2007
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负责人:山下 聡
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依托单位:
森林におけるキノコ食昆虫群集の構造と胞子分散への寄与
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批准号:03J00810
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.15万
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财政年份:2003
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负责人:山下 聡
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依托单位:
Scd2トランスジェニックラットの発がん感受性
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批准号:15790211
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项目类别:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
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资助金额:$2.24万
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财政年份:2003
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负责人:山下 聡
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依托单位:
応力変化に伴う土質材料の構造の乱れ評価と再圧密法に関する研究
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批准号:11750434
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.41万
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财政年份:1999
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负责人:山下 聡
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依托单位:
凍結・融解作用が土の単調および繰返しせん断特性に及ぼす影響
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批准号:09750565
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.6万
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财政年份:1997
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负责人:山下 聡
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依托单位:
多機能三軸試験装置の開発と変位制御液状化試験の適用性
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批准号:08750600
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.64万
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财政年份:1996
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负责人:山下 聡
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依托单位:
繰返し載荷を受けた初期および誘導異方性砂の変形強度特性
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批准号:05750463
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1993
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负责人:山下 聡
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依托单位:
構造異方性が繰返し三軸試験と中空ねじり試験による液状化強度の関係に及ぼす影響
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批准号:03750413
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.45万
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财政年份:1991
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负责人:山下 聡
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依托单位:
繰返し三軸および中空ねじる試験による液状化強度に及ぼす応力履歴の影響
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批准号:02750408
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.51万
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财政年份:1990
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负责人:山下 聡
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依托单位:
軸対称条件および単純せん断条件の下における飽和砂の液状化特性
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批准号:01750465
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1989
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负责人:山下 聡
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依托单位:
海外基金