内在性ウイルス様配列（EVE）に由来する機能性配列についての体系的解析

内源病毒样序列 (EVE) 功能序列的系统分析

• 批准号: 19J22241
• 负责人: 川崎 純菜
• 金额: $ 2.18万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-25 至 2022-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19J22241/
• 关键词: 内在性ウイルス様配列; 機能ゲノミクス; 古代ウイルス; ウイルス多様性; ウイルス進化

内在性ウイルス様配列(EVE)とは、生物のゲノムに存在するウイルスに由来する遺伝子配列である。興味深いことに、一部のEVEは、抗ウイルス因子や胎盤形成因子として、宿主生理機能の一端を担っていることが報告されている。そこで本研究では、機能活性を持つEVEを効率的に同定・解析することを目的とし、(1)遺伝子データ解析によるEVEの網羅的探索、(2)オミクス解析によるEVE機能の検証を行う計画を立案した。本年度は、2つの研究成果を国際誌に上梓した。成果1は、遺伝子データ解析によるEVEの網羅的探索の過程で得られた成果である。今回は、RNAウイルスの一種であるボルナウイルスに由来するEVE（内在性ボルナウイルス様配列: EBL）を「ウイルスの分子化石」として解析することで、ボルナウイルスの感染がいつごろ、どんな生物において発生していたのかを推定した。その結果、約1億年前の白亜紀にはボルナウイルスの感染がすでに発生していたこと、その後もボルナウイルスの感染が多様な脊椎動物において発生していたことを明らかにした。本成果は、生物進化におけるRNAウイルスの流行と共存の歴史の理解に貢献するものである。成果2は、公共のデータベースに登録されていた4万以上のRNA-seqデータを用いて、哺乳類および鳥類におけるウイルス感染を大規模に調査したものである。この成果は、オミクス解析によるEVE機能の検証の過程で得られた。この結果は、当初の研究計画において予想されていたものではなかったが、ウイルス学および公衆衛生学における重要な発見につながる可能性があったため、追加の解析を行った。その結果、ヒトに肝炎や脳炎といった重篤な疾患を引き起こす危険性のあるウイルスを新たに同定した。以上より、データベースに蓄積され続けているデータがウイルス感染調査へ転用可能であることを示した。

Intrinsic EVE (Intrinsic EVE) is the genetic element of the organism. A part of the EVE, an anti-placenta factor and a placental factor are involved in the physiological function of the host. This study aims at: (1) exploring the EVE network by analyzing its functional activity;(2) establishing a project for evaluating its functional activity. This year's research results are published in the International Journal. Results 1. The process of EVE exploration was achieved by analyzing the genetic data. Now, EVE (Intrinsic Expression List: EBL), a species of RNA, indicates the origin of RNA and its molecular fossils. It is estimated that RNA and its molecular fossils are infected by RNA and its biological origin. As a result, infection in a variety of vertebrates began about 100 million years ago during the White Age. This work contributes to understanding the prevalence and coexistence of RNA in biological evolution. Outcome 2: More than 40,000 RNA-seq infections in mammals and birds have been investigated on a large scale. The results of this analysis are presented in the EVE function verification process. The results of this research project are expected to be of great importance to public health and to the analysis of additional data. The result is that hepatitis C is a serious disease, and it is a new disease. The above information is available for investigation.

项目成果

脊椎動物ゲノムに隠された1億年にわたるボルナウイルス感染の歴史

脊椎动物基因组中隐藏着博纳病毒感染一亿年的历史

• 发表时间: 2021
• 作者: Junna Kawasaki;Shohei Kojima;Yahiro Mukai;Keizo Tomonaga;Masayuki Horie.;川崎純菜;川崎純菜;川崎純菜
• 通讯作者: 川崎純菜

100-My history of bornavirus infections hidden in vertebrate genomes

• DOI: 10.1073/pnas.2026235118
• 发表时间: 2021-05-18
• 期刊: PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
• 影响因子: 11.1
• 作者: Kawasaki, Junna;Kojima, Shohei;Horie, Masayuki
• 通讯作者: Horie, Masayuki

One hundred million years history of bornavirus infections hidden in vertebrate genomes

• DOI: 10.1101/2020.12.02.408005
• 发表时间: 2020-12
• 期刊: bioRxiv
• 作者: Junna Kawasaki;Shohei Kojima;Yahiro Mukai;K. Tomonaga;Masayuki Horie

内在性ボルナウイルス様配列の網羅的解析：中生代から現代にわたるボルナウイルス感染履歴の追跡

内源性博纳病毒样序列的综合分析：追踪中生代至今博纳病毒感染的历史

• 发表时间: 2020
• 作者: 川崎純菜;小嶋将平;向井八尋;朝長啓造;堀江真行
• 通讯作者: 堀江真行

Comprehensive analysis of viral fossil records to infer the history of RNA viral infections on a geological timescale.

综合分析病毒化石记录，推断地质时间尺度上 RNA 病毒感染的历史。

• 发表时间: 2020
• 作者: 川崎純菜;小嶋将平;朝長啓造;堀江真行;Junna Kawasaki
• 通讯作者: Junna Kawasaki