Establishment of a synthesis method for single-stranded circular viroid RNAs and characterization of their molecular and chemical properties

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植物病原性因子として知られているウイロイドを、分子化学的側面から研究することを目的として研究を進めている。そのために、研究対象のRNAの調製と、RNAの反応を行う酵素を調製する段階にある。ウイロイドの１本鎖環状RNAの合成を行う準備として、まず手始めに病原性の知られていない１本鎖環状RNAを、これまでに開発したRNA連結手法を用いて合成しようとしている。その対象としては、イネ黄斑ウイルス (RYMV) に付随する１本鎖環状サテライトRNAというものを使っている。そのRNAは、大部分の領域でRNAが内部の配列と塩基対を形成すると予測される点で、非常にウイロイドに似た形式のものであり、化学的な反応性は似たものであることが予想される。そのサテライトRNAの220塩基からなるRNAをin vitro転写反応で合成するために、鋳型となるDNAをプラスミドにクローニングし、それを用いてRNAを合成している。アクリルアミドゲル電気泳動と、切り出したゲルからの抽出操作により、RNAの精製を行っている。また、反応に使用する、市販されていない各種酵素（コムギRNAリガーゼの各ドメインを分割して、別々に酵素反応を行うように設計した酵素、RNA連結反応の後に連結部位に残ってしまう2’-リン酸基を除去する2’-ホスホトランスフェラーゼ）の合成のために調整した発現用プラスミドを用い、酵素をin vitro転写とin vitro翻訳反応で合成を行い、合成後のタンパク質の精製条件の最適化を行っている。