一細胞RNA-Seqとリキッドバイオプシー技術を応用した膵癌の病態解明と予後予測

利用单细胞RNA-Seq和液体活检技术阐明胰腺癌的发病机制和预后

• 批准号: 18K15783
• 负责人: 松下 浩志
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2018
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2018-04-01 至 2021-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18K15783/
• 关键词: シングルセルRNAseq; 細菌叢解析; 膵臓癌; シングルセルRNAシークエンス; リキッドバイオプシー

膵癌の超音波内視鏡下針生検(EUS-FNA)材料を用いたsingle cell RNAseqを試みたが、近年、膵癌診断目的のEUS-FNAは25G針を用いる頻度が増加し、当初本研究に使用可能な検体量を確保することが困難であった。経過で切除不能膵癌患者に対する抗PD-1抗体薬使用が、microsatellite instability highの患者で使用可能となり、ある程度の組織量確保が可能となった。その後single cell化を試みたが難渋した。マウス肝細胞と同様にCollagenase type IV, DNase Iを使用してのsingle cell化を試みたが、線維芽細胞やextracellular matrixが多いためか、十分なsingle cell化が不能であった。次いでpancreatic stellate cellのisolationで用いられるCollagenase Pなどを使用、他膵島細胞のisolation方法を試したが、cell viabilityが頻回に50%を切り、回収可能な細胞数が5000を切るなど、安定したsingle cell化、十分な細胞数を確保するためのプロトコールを確立することができず、single cell RNA seqは断念した。EUS-FNA検体(組織以外の穿刺針内容物)を用いた細菌叢解析も試したが、腸内細菌叢との鑑別が困難であり、診断・予後予測に有用な結果を得ることができなかった。

In recent years, the frequency of using EUS-FNA 25G needle for cancer diagnosis purposes has increased, and it is difficult to ensure the volume of possible drugs used in this study. Anti-PD-1 antibody use in patients with unresectable cancer, high microsatellite instability, and tissue volume assurance. A single cell can be used as a catalyst. Liver cells and Collagenase type IV, DNase I are used in single cell culture, linear germ cells and extracellular matrix. In addition, the use of Collagenase P in the isolation of pancreatic stellate cells, the isolation of other cells, the frequency of cell viability, the number of cells that can be recovered, the stability of single cells, the number of cells that can be recovered, and the establishment of a single cell RNA seq. EUS-FNA samples (needle contents other than tissue) are difficult to identify, diagnose, predict, and useful for bacterial flora analysis.