琵琶湖陸封アユの生活史多型に関与する遺伝基盤と維持機構の解明

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本研究では、両側回遊性を持った海アユが琵琶湖へ進出し、気候変動下で回遊型を多様化させた遺伝基盤、そして時空間的に不均質な湖・河川環境における集団内の回遊多型の維持機構を明らかにすることを目的としている。当該年度は、昨年度と同じく琵琶湖に流入する規模の異なる4河川（大河川：安曇川・天野川、小河川：和邇川・塩津大川）を調査河川として、海アユと同じように春に琵琶湖から遡上してきた春遡河アユ、および夏中を琵琶湖で過ごし秋の産卵期前に遡上してきた秋遡河アユをそれぞれ30尾捕獲した。各河川・各遡上群について、それぞれ12尾の組織DNAを抽出してリシーケンス解析に供し（計96尾）、回遊型の多様化に関与した遺伝基盤について検討を行った。シーケンス解析では、昨年度に自身が確立したNEB Next UltraⅡ FS DNA Library Prep Kit for Illuminaのキットを用いた改良プロトコルを使用し、従来の1/4程度のコストでリシーケンスライブラリを調整することができた。調整したライブラリについて、Hiseq Xによるシーケンスを行ったところ、全個体からゲノムサイズの×7～16のカバレッジで良好なゲノムシーケンスデータを得ることができた。新たに得られたシーケンスデータをリファレンスゲノム上にマッピングし、昨年度取得済みのデータ（96尾ぶん）と合わせて、回遊型間で顕著な頻度差・分化を示す一塩基多型（SNP）をゲノムワイドに探索した。その結果、いくつかのSNPが候補として選択された。