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Elucidating effects of inbreeding avoidance on population dynamics using long-term study of a wild population

通过对野生种群的长期研究阐明避免近交对种群动态的影响

基本信息

批准号：
22KJ3107
负责人：
澤田明
金额：
$ 3.08万
依托单位：
National Institute for Environmental Studies
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

南大東島で野外調査を実施した。109つがいの巣から、産卵日、卵数、巣立ちヒナ数などの繁殖成績に関わるデータを取得した。新規に約300個体を標識した。波照間島でも野外調査を実施した。個体群全体を対象とした個体数調査と捕獲調査を実施し、新規に約130個体を標識した。繁殖成績に関わるデータとして巣立ち後のヒナのセンサスも実施した。波照間島の個体群の基礎情報として、個体群サイズと性比を推定した結果はOrnithological Science誌21巻2号に掲載された。個体群サイズは155個体と小さく、性比（全体に占めるオスの割合）は63％と大きくオス側に偏っていることが明らかになった。小さな個体群では近親交配が起きやすくなるため、定量的に個体数の情報を得られたことは、波照間島個体群で近親交配の研究を行なう上での重要な基礎となった。沖縄島での野外調査では想定よりも巣箱利用率が低かったり、捕食被害が多かったりしたことで、得られたデータは少なくなった。野外調査の終了後、近交弱勢の原因遺伝子を探るための最も基礎となる全ゲノム情報の取得を行った。南大東島のリュウキュウコノハズク24個体のゲノムDNAを抽出し、それを全ゲノム解析の対象とした。抽出したDNAより作成したゲノムライブラリーをIllumina HiSeq X Tenで解析し、全ゲノム解読を行った。得られたデータでゲノムの新規構築（De novo assembly）を実施した。得られたゲノム情報を、遺伝子領域を予測するプログラムAugustusと、任意の塩基配列を既知の塩基配列と比較するプログラムBLASTにかけることで、リュウキュウコノハズクのゲノム上の遺伝子を予測した。これらの解析により、その後の解析でそれぞれの個体が保有する遺伝子変異を特定するためのレファレンスゲノムを得ることが出来た。

Field survey of South East Island 109 About 300 individuals are identified under the new rules. The field survey was carried out on the island of Waterama. Individual population survey, individual capture survey, new regulation, identification of approximately 130 individuals The reproductive performance is related to the development of the disease. The basic information of the individual population and the estimation of the sex ratio of the individual population are disclosed in No. 21 of Ornithological Science. 155 individuals, sex ratio (total) 63% Inbreeding in small populations is an important basis for quantitative information on the number of individuals. In the field survey of Okinawa Island, the utilization rate of the box was low, and the number of predators was high, and the number of predators was low. After the field survey, the cause of inbreeding vulnerability is explored, and the most basic information is obtained. The DNA of 24 individuals was extracted and analyzed in the South East Island. Extract DNA from DNA and make it into Illumina HiSeq X Ten. To achieve this, we need to implement a new De novo assembly. Get the information, the sub-domain prediction, the list of Augustus, the arbitrary base alignment, the known base alignment, the comparison, the list of Augustus, the arbitrary base alignment, the list of Augustus, the arbitrary base alignment, the arbitrary base alignment. The analysis of the data is based on the analysis of the individual data.

项目成果

期刊论文数量（18）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

鳥類共生性ウモウダニの負荷量に関係する宿主形質の探索

寻找与鸟类共生叶螨负荷相关的宿主性状

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
白岩颯;澤田明;中村晴歌;金杉尚紀;熊谷隼;高木昌興
通讯作者：
高木昌興

メスの生存が南大東島のリュウキュウコノハズク個体群の運命を左右する

雌性的生存决定了南大东岛琉球角鸮种群的命运。

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
長坂勇次郎;細島頌子;神取秀樹;井上圭一;八尾寛;小泉咲人，中田敏是，劉浩;澤田明（国環研・学振PD）・岩崎哲也・井上千歳・中岡香奈・中西啄実・澤田純平・麻生成美（大阪市大・理）・永井秀弥・小野遥・高木昌興（北大・理）
通讯作者：
澤田明（国環研・学振PD）・岩崎哲也・井上千歳・中岡香奈・中西啄実・澤田純平・麻生成美（大阪市大・理）・永井秀弥・小野遥・高木昌興（北大・理）

リュウキュウコノハズクのヒナの生死に気象条件は影響するのか

天气条件会影响琉球角鸮雏鸟的生存或死亡吗？

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
金杉尚紀;澤田明;熊谷隼;中村晴歌;白岩颯;高木昌興
通讯作者：
高木昌興

南大東島でリュウキュウコノハズクの巣から得られたクロズマルコガシラハネカクシ

从南大东岛琉球角鸮巢中获得的黑斑鸮

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
Pulex
影响因子：
0
作者：
橋爪拓斗;澤田明;白岩颯;金杉尚紀
通讯作者：
金杉尚紀

The effect of experience on parental role division in Ryukyu Scops Owl <i>Otus elegans</i>

经验对琉球角鸮<i>Otus elegans</i>亲本角色划分的影响

DOI：
10.2326/osj.21.35
发表时间：
2022
期刊：
ORNITHOLOGICAL SCIENCE
影响因子：
0.6
作者：
Murakami Ryota;Sawada Akira;Ono Haruka;Takagi Masaoki
通讯作者：
Takagi Masaoki

DOI：
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DOI：
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澤田明

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DOI：
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浅野英二郎;ら;Kondo N et al.;Karim MZ et al.;Miyake T et al.;Hasegawa K et al.;Mochizuki K et al.;Kondo N et al.;Mochizuki K et al.;青山陽ら;村瀬寛紀ら;澤田明;Akiyama K et al.;蕪城俊克
通讯作者：
蕪城俊克