Development of Linked DNA Marker to Isolation of Gene Controlling Disease Susceptibility to Black Spot in Strawberry Based on NGS Analysis.

基于 NGS 分析，开发连接 DNA 标记以分离控制草莓黑斑病易感性的基因。

• 批准号: 24651234
• 负责人: YAMAMOTO Mikihiro
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2012
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2012-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-24651234/
• 关键词: イチゴ; 黒斑病; DNAマーカー; 次世代シーケンス; 病害罹病性; 病害抵抗性; 国際情報交換

To develop DNA maker for isolation of disease specificity gene, we have combined AFLP (amplified fragment length polymorphism) bulk tagging method, NGS (next generation sequencing) and sequence clustering by CD-HIT-EST. Both bulks of genomic DNA derived from disease susceptible and resistant genotype were prepared according to AFLP method. Determined sequences were clustered into 89,531 by CD-HIT-EST. Total of 3,679 sequence clusters was filtered by read count bias (a ratio of read count derived from susceptible bulk / resistant bulk). To check availability of these sequence clusters as linked makers, PCR primers were designed through mapping of sequences on Fragaria vesca genome. Currently, of tested 231 primer combinations, 126 primer sets showed polymorphic amplification. These results reveal that along with our methods was proven to be useful for development of DNA makers; we have succeeded to develop at least 126 linked makers to disease specificity locus (loci).

为了开发分离疾病特异性基因的DNA maker，我们将AFLP（扩增片段长度多态性）批量标记法、NGS（下一代测序法）和CD-HIT-EST序列聚类技术相结合。采用AFLP法制备了易感基因型和抗病基因型的基因组DNA。通过CD-HIT-EST将确定的序列聚类为89,531。通过读取计数偏差（读取计数从敏感体/抗性体中得出的比率）过滤了总共3,679个序列簇。为了验证这些序列簇作为连锁标记的有效性，我们设计了PCR引物，并对花菇基因组的序列进行了定位。目前，在测试的231个引物组合中，126个引物组存在多态性扩增。这些结果表明，随着我们的方法被证明是有用的DNA制造者的发展；我们已经成功地开发了至少126个与疾病特异性位点（loci）相关的基因。

项目成果

アマ科植物の異形花型自家不和合性の解析V. AFLP断片解析への次世代シークエンサーの利用

亚麻科植物异形花型自交不亲和性分析五、利用新一代测序仪进行AFLP片段分析

• 期刊: 園芸学研究別冊
• 作者: Arai;T.; Yamamoto;Y.; Awata;A.; Kamiya;K.; Ishibashi;M.; Arai;M. A.;荒井緑;M. A. Arai;荒井緑,赤嶺隆太,S. K. Sadhu,F. Ahmed,石橋正己;米山達朗,荒井緑,小谷野喬,T. Kowithayakorn,S. K. Sadhu,F. Ahmed,石橋正己;M. A. Arai;山本幹博,吉良聡,牛島幸一郎;M. A. Arai;牛島幸一郎,中野龍平,池田和生,久保康隆,山本幹博
• 通讯作者: 牛島幸一郎,中野龍平,池田和生,久保康隆,山本幹博

イチゴ黒斑病菌の宿主特異的毒素（AF毒素）感受性の遺伝的背景（4）NGS解析に基づいたDNAマーカー作出

草莓黑斑菌宿主特异性毒素（AF毒素）敏感性的遗传背景（4）基于NGS分析的DNA标记创建

• 发表时间: 2014
• 作者: 池本 早紀;牛島 幸一郎;稲垣 善茂;能年 義輝;豊田 和弘;一瀬 勇規;山本 幹博
• 通讯作者: 山本 幹博

イチゴ黒斑病菌の宿主特異的毒素(AF毒素) 感受性の遺伝的背景 （3）次世代シーケンサーを利用したAFLP解析

草莓黑斑菌宿主特异性毒素（AF毒素）

• 发表时间: 2013
• 作者: 山本幹博,吉良聡,牛島幸一郎;M. A. Arai;牛島幸一郎,中野龍平,池田和生,久保康隆,山本幹博;山本幹博・吉良 聡・牛島幸一郎
• 通讯作者: 山本幹博・吉良 聡・牛島幸一郎

イチゴ黒斑病菌の宿主特異的毒素(AF毒素)感受性の遺伝的背景(3)次世代シーケンサーを利用したAFLP解析

草莓黑斑菌宿主特异性毒素（AF毒素）易感性遗传背景（3）利用新一代测序仪进行AFLP分析

• 发表时间: 2013
• 期刊: 日本植物病理学会報
• 作者: Arai;T.; Yamamoto;Y.; Awata;A.; Kamiya;K.; Ishibashi;M.; Arai;M. A.;荒井緑;M. A. Arai;荒井緑,赤嶺隆太,S. K. Sadhu,F. Ahmed,石橋正己;米山達朗,荒井緑,小谷野喬,T. Kowithayakorn,S. K. Sadhu,F. Ahmed,石橋正己;M. A. Arai;山本幹博,吉良聡,牛島幸一郎
• 通讯作者: 山本幹博,吉良聡,牛島幸一郎

イチゴ黒斑病菌の宿主特異的毒素(AF毒素)感受性の遺伝的背景(4)NGS解析に基づいたDNAマーカー作出

草莓黑斑菌宿主特异性毒素（AF毒素）敏感性的遗传背景（4）基于NGS分析的DNA标记创建

• 发表时间: 2014
• 作者: 佐藤康治;小林大毅;大利徹;M. A. Arai;池本早紀,牛島幸一郎,稲垣善茂,能年義輝,豊田和弘,一瀬勇規,山本幹博
• 通讯作者: 池本早紀,牛島幸一郎,稲垣善茂,能年義輝,豊田和弘,一瀬勇規,山本幹博