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全ゲノムトリオ解析を用いた胎児染色体正常患者における不育症の原因遺伝子の解析

使用全基因组三重奏分析对胎儿染色体正常的患者导致不孕的基因进行分析

基本信息

批准号：
21K16817
负责人：
吉原紘行
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

不育症の胎児側の原因として、染色体異常だけではなく遺伝子変異の存在が想定されるものの、未だ解明されていない点が多い。不育症女性とその夫、胎児の3人を対象に次世代シーケンサーを用いた解析をすることにより、胎児の遺伝子変異に起因する不育症の原因遺伝子を同定する。2022年度までに20家系以上について検体収拾ができており、当院ウイルス学教授と協力し全エクソームシークエンスによる解析を進めている。症例数を増やすためにエクソーム解析とした。絨毛組織由来のDNAと母由来のDNAを識別するためショートタンデムリピート解析を利用している。引き続き原因と考えられる遺伝子の同定を進めていく。解析パイプラインについて概説する。生殖細胞変異の検出は、確立したパイプライン（Genomon-exome, http://genomon.hgc.jp/exome/）を用いて行った。配列リードはBurrows-Wheeler Alignerを用いてhg19参照ゲノムにアライメントされ、バリアントはPicard toolsを用いてPCR duplicateを除去したのち、VarScan2を用いて検出された。Variant allele frequency (VAF) >0.2 (20%) をカットオフ値として使用した。American College of Medical Genetics and Genomicsが発表したガイドラインに従い、マイナーアレル頻度が1%を超えるSNPsを削除した。これらのバリアントは、過去に病原性が報告された原因バリアント（カテゴリー1）あるいは関連する障害を引き起こすと強く予想されるバリアント（ナンセンス、フレームシフト、スプライスサイトバリアントなど）（カテゴリー2）とした。病原性のさらなる証拠のないミスセンス変種など意義不明のその他の変種は、本研究では非診断として扱う。

The cause of infertility is the side of the fetus, the chromosomal abnormality is the existence of the chromosomal abnormality, the existence is not assumed, and the unexplained is not clear. Infertile female husband, fetus 3 people, を対Elephant, the next generation, シーケンサーを, analyzed by いたをすることにより, fetal 児の缝子変different に Cause する infertility のcause 伝子を同定する. In 2022, the 20-year-old family of more than 20 people will be sorted out by the body, and the hospital will be appointed. Professor of science and technology, エクソームシークエンスによるanalytics を入めている. The number of cases has been increased and analyzed. The origin of villus tissue is DNA and the origin of mother is DNA identification and analysis and utilization. The reason why き続きとKaoえられる伝子の同定を进めていく. Analyze the summary of the パイプラインについて. Genomon-exome, http://genomon.hgc.jp/exome/) is used for germ cell differentiation. Alignment リードはBurrows-Wheeler Alignerを Used by いてhg19 Reference ゲノムにアライメントされ, バリアントはPicard toolsを Used by いてPCR Duplicate is removed and VarScan2 is used. Variant allele frequency (VAF) >0.2 (20%) をカットオフ値として Use した. The American College of Medical Genetics and Genomics has a high frequency of 1% high-precision SNPs.これらのバリアントは, past pathogenic が report されたcause バリアント（カテゴリー1）あるいはconnectionする hinderanceをinducingきこすとStrong くyu want to do itスプライスサイトバリアントなど) (カテゴリー2) とした. The pathogenic disease is of unknown significance, and this study is non-diagnostic.